六月，曾国荃会水师破菱湖北岸十三垒、南岸五垒，斩馘九千馀。寇之踞湖北咸宁、蒲圻、通城者，我军均克复。寇由武宁犯建昌。金华寇出扰曹宅等处，李元度克义宁。张玉良等率水陆军围攻兰谿不下。寇侦严州军单，筑垒女埠，下窜严州，陷之，寻为张玉良所复。寇陷上高，扰万载。知县翁延绪等克复武宁。水师李德麟等击毁黄山、黄田、石牌三港寇船，寿星沙寇退回江阴。苏州寇扰青浦，李恒嵩自北簳山移屯塘桥，以固松江门户。嘉定寇纠苏州寇犯上海，我军御於真如。寇渡河窜华漕，夺踞参将王占魁垒，薛焕遣军夺还。寇走南翔，再败退嘉定。时江水盛涨，国藩檄杨载福图池州，牵掣南岸。载福攻十日不能下，乃率李成谋三营至旧县，侦北岸无为濒江垒寇避水移神塘里河，驶击破之，进攻州城。陈玉成、杨辅清死力抗拒。还军次大通，败青阳寇，还屯黄石矶。
七月，玉成纠辅清众十馀万自无为州犯英山，绕宿松，径攻太湖，为救援安庆计。寇排队山冈作长蛇势。复有寇数万自龙山宫对岸至塔下，袤延二十馀里，分路诱我军，我军坚守不动。夜大雨，贼汹涌潮进，城中飞丸随雨落，至晨围始解。玉成乃自小池驿进至清河高楼岭，欲结桐城寇包裹我军，以解安庆之围。攻扑六昼夜，玉成、辅清援桴鼓督军，挥刀砍不前者。我军奋击，大挫其锋。玉成、辅清率大队窜至高河铺、马鞍山，桐城围复合。安庆围师悉平城外诸垒。秀成自窜踞瑞州，分陷上高、新昌、奉新等县，以瑞州为老巢。官文檄元度会军攻克新昌、奉新、上高，败寇均趋瑞州。乃遣游击贺接华等会军直捣郡城，攻复之。官文以德安寇谋窥荆襄，派水陆诸军节次严剿，寇坚守，有冒死突出者，诸军击溃，寇不得入城。寇复出抄我军后以援前寇，乃断其归路，寇奔河西，伏兵四合，架梯入，立复府城。
程学启克安庆北门外三石垒，北门寇路已绝。德安寇窜河南信阳，转犯罗山、光山、商城，兵团截击，退奔皖境。鲍超督诸军大破丰城西北岸寇垒，东岸屯寇惊溃，刘于浔乘之，收樟树镇。初，超自九江进军，秀成闻风远遁，率瑞州、奉新、清安、安义之寇，先分万人扰抚州；令玉成率悍党二万攻丰城，而自领大队由临江踞樟树、沙湖、丰城一带，绵亘百馀里。先一日，超至丰城对河，值寇在樟树为浮桥，阵山冈，超分中、后、左、右四队齐进，寇摇旗迎拒，战一时许，大败，馘八千馀人。
八月，克安庆城，城外四伪王窜集贤关。安庆既复，东南之势益促。水军进克池州，乘胜下剿，复铜陵县。时伪右军刘官才方盘踞池州，与安庆相犄角。内则坚守石埭、太平，阻徽师进兵之路；外则上犯德、建、鄱阳，为江省北边之患。今与安庆相继而下，皖南军势益张。国荃与多隆阿会议，以桐城为七省要道、安庆咽喉，寇死守待援；玉成尚拥众数万，徘徊於集贤关内外，谋与桐城合并。乃会军进击，玉成、辅清皆大败，越山而逸，遂复其城。宿松、黄梅、蕲州、广济相继下。多隆阿进屯蕲州曹家渡，扼下游败寇，以绝黄州寇援。李续焘等会同水师进攻黄州，寇筑垒浚壕以抗我军。蒋凝学令投诚刘维桢服寇衣，伪为援众；复造玉成伪文，诱寇出，而设伏以待，寇果出，为我军所歼，立复黄州。
时秀成窜出丰城，踞白马寨，遣党攻抚州。鲍超驰至，抚围立解。寇走贵谿，得广东新寇，合大众据湖防河口，势甚汹涌。超分五路应之，蹋毁七十馀垒，进复铅山。国藩移驻安庆省城。初，侍贤攻严州，两月不能下，乃於乌石、方门二滩连环筑垒，逼近外壕。城内粮尽援绝，副将罗大春受重伤，率将士突北门出，城遂陷。秀成自桐庐、新城进陷馀杭。寇之窜贵谿者，闻鲍超自抚州至，豫遁走。初，闽寇三起，与花旗广匪先后由建昌窜至广信，与秀成并为一路。鲍超会屈蟠大破广信寇垒，立解城围。秀成败走铅山，筑七垒，与城寇相守御。超踵至，悉覆其垒，渡河攻城，克之。秀成窜围广丰，不克，分窜玉山，筑垒十馀，复为道员王德榜所破。
秀成全股悉自江西窜犯浙境，一由玉山陷常山，一由广丰犯江山，龙游踞寇同时出扰，衢州危迫。是月知府张诗华克复泸谿、兴安各城。福建援军张启煊击寇浦江，失利，陷之。寇直犯五指山，金华大股踵至，米兴朝等迎击失利。义乌、东阳相继不守。启煊退守诸暨辟水岭，寇至再溃。九月，寇陷处州。
大军之破安庆也，无为州寇马玉棠妻子居安庆，曾国荃生致之，密谕玉棠献无为城。无为居皖北形势，控金陵，引芜湖，为寇必争之路。附近泥汊口、神塘河诸处，石垒星列，以阻我军。曾国荃会同水师抵泥汊口，垒高难仰攻，乃令筑寨安营，而自率劲旅迅赴杨家桥、凤凰颈，决堤断寇归路。寇大恐，遁入城。越日，攻神塘河，寇亦遁归，乘胜直抵城下。至是玉棠事泄，伪顶王朱王阴幽之。玉棠党举兵攻王阴，我军乘之，寇大溃。毙伪豫侯、丞相等，城立复。