五月，贵池、青阳寇犯泾县，总兵李嘉万等败死，杨名声退至太平黄花岭。寇陷广德，米兴朝军溃，奔孝丰，再退歙北篛岭外。初，泾县、广德同时告警，周天受遣援皆不及，而参将丁文尚守泾，又退走，寇遂由三谿窜旌德孙村。广德寇窥伺宁国，天受击却之。寇由宁国县东岸至旌德，与泾县合势，嘉定陷，薛焕寻克之，收太仓。寇攻镇江，陷青浦，陷松江。
寇之守江宁也，以安庆、庐州为犄角，以太平、芜湖为卫护。芜湖之南，有固城南漪、丹阳白臼诸湖，上可通宁国之水阳江、清弋江，下则止於东坝。掘东坝而放之，则可经太湖历苏州以达於娄江。芜湖孤悬水中，寇守之则易，官军攻之则难。是以踞五年血战不退，而黄池、湾沚屡次失利，皆以我无水师，寇坚忍善守。官军围攻屡年，往往因水路无兵，不能断其接济。今苏州既失，面面皆水，寇若阻河为守，陆军几无进攻之路，城外几无立营之所。则欲攻苏州，须立太湖水师，使太湖尽为我有，而后西可通宁国之气，东可拊苏州之背。因建淮阳、宁国、太湖速立水师之策。
寇陷江阴，玉良连以炮艇破嘉兴三塔、普济二寺，平新塍寇垒，移营逼西门、南门，破垒七。平望镇者，浙江之嘉兴、湖州，江苏之吴江总汇处也。寇踞沿河六里桥、梅堰诸处，遍筑坚垒，密钉排椿，扼险以阻江、浙之路。湖州赵景贤毁沿河寇垒，分军进克平望，会军於米市湖，尽毁炮台巢穴，进围嘉兴。寇既陷松江，遣其党窥上海。薛焕乘其不备，直捣南门而入，杀黄衣目十三名，夺船七十馀艘，立复府城。自松江至上海，沿途团练截杀殆尽。
六月，杨辅清纠旌德、太平大股犯宁国。寇自长兴窜陷安吉，王有龄遣彭斯举赴援，遇於孝丰，失利，退走昌化。寇直犯於潜，陷之，杭省大恐。寇复由黄渡再陷嘉定，纠土匪进踞南翔镇，逼上海四十馀里，再陷平望。苏州、嘉兴寇势复合。於潜寇连陷临安、馀杭，分扰富阳，吴云会洋将华尔攻青浦急，伪宁王周文嘉乞援於苏州，秀成率大股亲援，我军败绩。寇收枪炮乘船再犯松江，陷之。江阴寇分党筑垒申港，掠船谋北渡，李若珠饬艇师破毁之，伪丞相方得胜遁。玉良以地雷崩嘉兴南门城垣，寇严拒不得进。刘季三等连克馀杭、临安。浙西寇回窜孝丰，突犯建德。
七月，秀成毁松江城堞，率伪会王蔡元隆、伪纳王郜永宽北犯上海，号十万，焚掠泗泾，七宝民团御之，多死伤。寇屯徐家汇，薛焕督文武登陴固守。寇诈为官军赚城，城上诇知，创却之。洋轮之泊黄浦江者，升开花炮於桅发之，寇始败退。孝丰寇陷广德，游击黄占起、江国霖战死。江长贵突围退至安吉，米兴朝奔四安。未几，赵景贤复广德，寇再陷踞之。寇复陷江阴杨厙汛城，逼常熟二十馀里。黄浦轮船洋兵以开花炮测击上海寇垒，六发，创及秀成。是夜秀成解围还青浦。时善兴寇告急，遂趋浙江。
初，副将陈汝霖率民团救松江，迨上海解围，洋将华尔会守松江，赐号常胜军。秀成陷嘉善，陷平湖，锡龄阿兵勇皆溃，寇旋去，收之。寇陷金坛，知县李淮守百四十馀日，粮尽援绝，川兵通寇，杀参将周天孚，陷之，李淮等皆战死。丹阳寇纠党六七千由新丰等处分道扑水师，谋掠舟北渡，并沿河筑垒，架炮轰射，周希濂督艇师乘烟雾对击，寇不支，遁回丹阳。玉良攻嘉兴两月不下，先后集兵三万有奇，而苏、常以北无牵掣之师，松江、青浦之寇可直入嘉兴，常州、宜兴之寇可直入长兴，建平、广德之寇可直入安吉，宁国、泾县之寇可直入於潜。
寇前自长兴迳逼省垣，虽经击退，并立复数城，而广德遂至不守。迨收复广德，而嘉善、平湖又复失陷。寇处处牵掣我军，近复添筑营垒炮台，又偷劫五龙桥头卡，多方误我军，实有罢乏不堪之势。秀成以嘉兴围急，率大股来援。玉良督战五日，胜负未决。秀成分股上趋石门，谋断大营后路。地形多支河，塘路绝，无可归。我军惧奔，玉良负创，疾驰还杭省。贼既解嘉兴之困，复陷石门，分两路直逼杭省：一趋塘栖，民团御之，退掠新市；一趋临平，吴再升败之，转走海宁。彭斯举等击斩颇众，寇悉退还石门。未几，石门寇亦退，再升进驻石门。马德昭由临平、长安相继前进。
八月，寇陷昭、常，再攻平湖、嘉善，陷之。是时秀成自嘉兴还苏州，奉秀全伪诏，趋还江宁，令经营北路。初，咸丰三年，林凤祥、李开芳北犯不返，秀成未敢轻举。適江西、湖北匪目四十馀人具降书投秀成，邀其上窜，自称有众数十万备调遣。秀成覆书允之，留陈坤书驻守苏州，自返江宁，请先赴上游招集各股，再筹进止。秀全大怒，责其违令。秀成反复争辩，坚执不从，秀全卒不能强。於是取道皖南，上窜江、鄂。