他以为科举人才是未来的官，官是要能作史论的，至少也要懂得历史。可是科举制度的积弊是使所有未来的官都用全力于摹墨卷，作小楷。结果是每人都写得一笔好字，可是内容却什么都没有，既不知过去，更不知现在。让这一批人来当国，“尚安得济实用”！他提出三点办法来补救：第一是改革科举的内容。策问五道分五门发题：一曰博通史鉴；二曰精熟韬钤；三曰制器通算；四曰洞知阴阳占候；五曰熟谙舆地情形。第一科是史学，一个未来官必需的学识；第二科是军事学；第三科是实用科学；第四科是天文学；第五科是地理学。应考的人可以自己选一专门的科目考试。这意见原来是道光二十二年（1842）两广总督祁提出的，这一年正是鸦片战争结束，订定南京条约，开五口通商的一年。祁所提出的意见显然是受了西方文化的影响，代表中国士大夫中的维新分子的意见。可是他的提议被当时的守旧派所反对，不能通过。王茂荫却完全接受了他的意见，在咸丰元年，第一次上折请求按祁的办法改革。后来又上折尖锐地对反对者加以驳问，他说：
当时部议之驳五门发策也，称士子淹博有素，不必专门名家。试问今日制器通算者为谁？精熟韬钤者为谁？（《王侍郎奏议》卷九《请刊发海国图志并论求人才折》）
第二是考试务重文义。他说：
近来殿试朝考之后，考列前十卷与一等者，但传其字体之工，曾不闻以学识传者。考列在后之卷，又但传闻某书极劣，某笔有误，曾不闻以文艺黜者。此士子所以专务作字也。作字必无间断而始工，读书遂以荒芜而不顾，士习空疏，实由于此。请嗣后令读卷阅卷大臣，勿论字体工拙，笔画偶疏，专取学识过人之卷。进呈钦定以后，即将前十卷与一等卷所以过人之处，批明刊发，使天下晓然于朝廷所重在文不在字，庶士子咸知所向。（《王侍郎奏议》卷一《振兴人才以济实用折》）
他要求以后考试不重表面上形式上的书法，着重在实学—学识过人。
第三是广保举以求真才。他是反对现行的科举制度的。他以为在这样的制度下，决不能招致所有的人才：“若伏处在野，或不工制义，或力难应举，则虽有怀奇负异之士，恐终淹没。”他要求“令各省州县并教官留心察访，或博古通今、才识非常，或专门名家、精通一艺，或膂力过人，胆勇足备者”，保举。经考试后，送部引见，随材酌用，以济科举制度之穷。并反驳部议说：
部议之驳广保举也，称文武各有乡会试，凡才学出众、武艺精通者，皆已甄拔无遗。试问年来杀贼攻城诸将，如罗泽南、王鑫、杨载福、李续宾等，均非得自科举，甄拔何以有遗？前议之未尽有明征。今议之当详，自可见此为长久得人之法。（《王侍郎奏议》卷九《请刊发海国图志并论求人才折》）
综合他的意见，一方面改革科举制度，除去专重小楷的弊端，注重真才实学。所谓实学，分历史、军事、科学、天文、地理五科。一方面求人才于科举之外，只要有专长的都可替朝廷作事。在八十年后的现代人看来，这样的意见是平淡无奇的。可是在八十年前，在科举制度下，尤其他本人也是从科举出身的，提出这样意见，是很值得注意的。
关于他的品性行谊，方宗诚在《神道碑铭》中说：
公识量沉宏，事无巨细，必研究原委，不敢苟且迁就。居官数十年，未尝携妻子侍奉，家未尝增一瓦一垄。粗衣粝食，宴如也。故海内称大臣清直者必曰王公。
王茂荫是安徽歙县人。歙县人多出外经商，徽商在清代后期在全国商业界很有地位，很活跃，有徽帮之称。徽帮的经营业务，主要的是茶商、钱庄和典铺。王茂荫生长在徽商的社会里，又长期家居，他的生活和思想意识深受徽商的影响，在政治上自然而然成为商人阶级的代言人，特别是以开钱庄典铺为主的徽商的代言人，卫护他们的利益。在讨论官票宝钞和大钱的时候，处处为商人特别是开钱庄、典铺的徽商说话。正因为如此，咸丰四年三月上谕申斥他“专为商人指使，且有不便于国而利于商者，亦周纳而附于条款内”；“只知以专利商贾之词，率行渎奏，竟置国事于不顾，殊属不知大体。”被传旨严行申饬。
他的著作有《王侍郎奏议》十一卷（御史任内为台稿三卷，太仆寺卿任内为寺稿二卷，侍郎任内为省稿四卷，起用后为续稿一卷。又补遗一卷。）前十卷其门人易佩绅刻于四川藩署，后一卷刻于苏州。