没人能知道为什么裕仁在这个关键的时刻选择朝香宫接替这个职务，尽管伯格米尼相信这是为了考验朝香宫，他曾在1938年2月的陆军兵变中，在一个政治问题上站在天皇的弟弟秩父宫一边反对裕仁。在皇家的名册谱牒中，裕仁把他作为一个态度“不好”的皇室成员而单独打入另册，并显然是要给他这位皇叔在南京一个机会去改过自新。
当时这看起来好像是一个不重要的人事更换，但后来对于成千上万的中国人的性命来说，这将证明是一个致命的重大更换。
很难说明当时在现场的日本军队中到底发生了什么事，因为许多详情细节是在多年后的军事法庭审判中由松井和他的同事们交待的，或可能是由不可靠的人提供的，因此引用这些材料时需要谨慎。但是如果这些证言是可信的，那么情况就是这样的。警惕这个新到来的皇族成员滥用权力的潜在危险，松井对侵人南京的军队发布了一系列道义命令。他命令部队在距南京城墙几公里的地方停下来重新集结，只让少数纪律良好的大队进人中国的首都，完成占领任务，这样一来，这支军队将“使中国人眼前发亮，从而使他们对日本产生信任感。”他还在病床前召开参谋会议并宣布：
帝国军队进入一个外国的首都是我国历史上的一件大事……将为世界所嘱目。因此，不得让任何部队在纪律松懈的情况下进城……要让他们事前知道要记住的事项和城内各国权益之所在。绝对不许进行抢劫。必要时要布置岗哨。即使是出于大意而强占财物或引起火灾，也要严加惩处。要派许多宪兵队和辅助宪兵队与部队一道进城，以防止违法行为的发生。
但是在松井无法控制的地区到处都有不法事件在发生。12月5日，事情继续发展，朝香宫乘飞机离开东京，并在3天后到达前线就职。在离前线指挥部不远的靠近南京大约10公里左右的一座被遗弃的乡间别墅里，朝香宫见到了他在巴黎的同事中岛将军，他的左臀部的伤口正在痊愈。中岛告诉朝香宫，日军就要包围南京地区的30万中国军队，而且最初的谈判表明，他们准备投降。
朝香宫听了这个报告之后，据说他的司令部就发出了一系列加盖他私人印章的命令，并标有“绝密，阅后销毁”的字样。我们现在知道这些命令清楚地写道：“杀掉所有俘虏。”我们所不清楚的是，是否是朝香宫本人发布的这些命令。【朝香宫的情报参谋太宰治后来向朋友们承认是他自作主张伪造了这个命今。另一个日本军官田中隆吉说，在1938年4月，当时的日本陆军74大队队长太宰治给他讲了一个有趣的故事。太宰治告诉他，当他的部队在杭州湾登陆并向内地推进时，大约30万中国军队被切断了撤退之路，于是他们放下武器并向日军授降。据太宰治说，“要安置这么多的俘虏，要给他们食物，这是个大问题”。就像这个故事发展的那样，很快采取了一个方法去解决食物问题：“我立即命令所有的部队：‘我们必须全部杀掉这些俘虏！’于是我利用军事指挥官的名义，用电报发出这些命令。命令的文本要被销毁。”我们从不知道这个故事的真伪，但必须指出，即使太宰治的确擅自伪追了杀人命令，也不能免除朝香宫对这场大屠杀的责任。如果屠杀开始，朝香宫也能够发布一个命令取消这场大屠杀，并把他的情报参谋送上法庭。】
到日军进人南京之时，消灭所有中国战俘的命令不仅已被印成文件，而且已经散发到低级军官的手中。1937年12月13日，日军第66大队接到如下命令：
大队战地通讯员2点钟收到团指挥部命令：遵照旅指挥部命令，所有战俘要被杀掉。执行办法：把战俘分成每12人一组，一组一组枪毙。
下午3点半召开各连指挥官会议，就处理战俘问题交换意见。经讨论决定，把战俘平均分配给各连(1连，2连和4连)，按50人一组从关押地带出去枪决。1连在驻地以南的庄稼地执行；2连在驻地西南的洼地执行；4连在驻地东南的庄稼地执行。
战俘关押区必须严加警戒。我们的意图绝对不能让战俘发觉。
各连要在5点前完成准备。执行行动从5点开始，7点半结束。
这道命令存在着残忍的逻辑。可以不给战俘食物，因为他们必定要被杀掉。杀死他们不但能解决粮食问题，而且减少了报复的可能性，因为死人是不可能组成游击队力量的。
[NextPage第二章 恐怖的六星期2]
但执行命令是另一回事。当日军在12月3日黎明前的几小时冲进城市，他们进入了一座人口远远超过他们的城市。后来的历史学家估计，有50多万市民和9万中国军队被围困于南京城内，而袭击这座城市的日本兵只有5万人。中岛将军意识到杀死10几万中国战俘绝非易事：“处置1千，5千、甚至1万人，即使只是解除他们的武装也是极其因难的……如果他们制造麻烦，后果将不堪设想。”杀害战俘由于人力有限，日军极力制造骗局。这种集体大屠杀的策略分成几个步骤：先是向中国人许诺，只要停止抵抗，就会受到良好待遇，哄骗他们向日本占领军投降，再把他们分成100-200人一组，然后把他们骗到南京附近的不同地方杀死。中岛认为，一且失去了进一步抵抗的可能性，大部分战俘都会极为沮丧并服从日本人的任何命令。
这一切比日本人事先预料的更容易。只发生了零星的抵抗；实际上几乎没有抵抗。当日军围攻这座城市时，许多中国士兵丢下武器弃城而逃，后来向日军投降，希望获得良好待遇。一且这些人缴械投降并束手就擒，剩下的事情就好办了。
中国士兵的不抵抗行动在一个前日本士兵东史郎的日记中得到了更详尽的说明，他描述了南京陷落后不久中国军队投降的场面。当他们突然接到围赶大约2万名战俘的命令时，他所在的部队在市中心不断派出岗哨和分配宿营地。
东史郎和其它日本兵到9,10公里之外搜寻这些战俘．夜幕降临时，日本兵终于听到了像青蛙发出的隆隆声，他们还看到无数烟头在黑暗里一闪一闪。“那是一个宏大的场面”，东史郎写道：“7，000名战俘都集中在一个地方，聚集在两面白旗之下，那旗子挂在一个枯树枝上在夜空中飘动。”战俘们衣衫褴褛，乱七八糟，有的穿着蓝色棉军服，蓝色棉外衣，带着帽子。有的用毯子盖着脑袋，有的拎着粗布袋，有的还背着棉褥子。日军让战俘排成4队，队前竖着白旗。这几千名中国士兵耐心地等待着日本人把他们带走，并告诉他们投降过程中的下一步该做什么。