等到高祖起事做了沛公，萧何曾经任丞督事。沛公到了咸阳，诸位将领都争相跑到储存金帛财物的府库去瓜分。衹有萧何先进去收藏起秦丞相御史的律令图书。沛公之所以详细地知道天下要塞，户VI多少；强弱分布，人民痛恨忧苦的事情，就是因为萧何收得了秦的图书。
起初，诸侯们互相约定，先进入函谷关击破秦的就在其地称王。沛公已经先平定了秦，项羽后到，要攻打沛公，沛公向他谢罪，才得以解脱。项羽于是在咸阳城进行屠杀焚烧，和范增谋划说：“巴蜀道路险阻，秦的移民都居住在蜀。”于是说：“蜀、汉也是关中的地盘。”于是立沛公为汉王，把关中地分为三份，把秦的降将封王来抗拒汉王。汉王很生气，要策划攻打项羽。周勃、灌婴、樊啥都鼓励汉王，萧何劝谏说： “虽然在汉中为王不好，但不是比死好些吗?”汉王说：“怎么就会死呢?”萧何说：“现在兵士不如人家多，百战百败，除了死还能怎样? 《周书》说‘天给予却不去接受，反会遭受其害，。俗语说‘天汉’，以汉配天，名称非常美好。能够在一入之下受委屈，却在万乘诸侯之上伸张其志的，是商汤、武王。为臣希望大王在漠中称王，休养百姓，招致贤才，收用巴蜀的财力，回军平定三秦，就可以谋取天下了。”汉王说：“好。”于是去封国即位，任命萧何为丞相。萧何举荐韩信，汉王任命他为大将军，说服汉王使他领兵束进平定三秦，其事迹在《信传》。
萧何以丞相身份接管留守巴、蜀，镇抚、谕告境内百姓，使其供给军食。漠二年，汉王和诸侯攻打楚，萧何守在关中，侍卫太子，治理梁阳。制定法令规约，建立宗庙、社稷、宫室、县邑，经常上奏，皇上许可的就去执行。如果来不及上奏，就按适宜的方式施行，皇上回来后再告诉皇上。计算户V1转运粮饷供给军需，汉王多次丧师逃跑，萧何经常征发关中兵士，立前线以补充，皇上因此把关中事务专门交给萧何。
汉三年，和项羽在京、索之间对峙，皇上多次派使者慰劳丞相。鲍生对萧何说：“现在大王曰晒衣裳，露湿车盖，却多次慰劳您，这是对您有疑心。为您着想，不如把您的子孙兄弟中能打仗的都派到军队中去，皇上就更信任您了。”于是萧何听从了他的计策，汉王非常高兴。
汉五年，已杀掉项羽，即了帝位，按功劳封赐，群臣争功，一年多难以决定，皇上因萧何功劳最大，先封为酆侯，食邑八千户。功臣们都说：“我们亲自披着锁甲，拿着兵器，多的经历百余战，少的也有几十回合，攻城略地，多少不等。现在萧何没有汗马功劳，衹是舞文弄墨发表议论，不去打仗，地位却在我们之上，为什么?”皇上说： “各位知道打猎的事吧?”都说： “知道。”又问： “知道猎狗吗?”回答说： “知道”。皇上说：“打猎，追杀野兽的是狗，而发纵指示野兽所处的是人。现在各位衹能追逐获得野兽，功劳和猎狗类似；至于萧何，发纵指示，功劳与猎人一样。而且各位衹是以己身跟随我，多的三两个人，萧何全族几十人都跟随我，功劳不可忘记!”以后群臣都不敢说了。
列侯受封完毕，上奏位次，都说：“平阳侯曹参受伤七十处，攻城略地，功最多，应列为第一。”皇上已经使功臣屈从而多封了萧何，至于位次没有办法再为难他们，然而心裹想让萧何位居第一。当时关内侯鄂秋为谒者，进言说： “群臣的议论都不对。曹参虽然有野战略地的功劳，这衹是一时的事。皇上与楚相持五年，损兵折将，多次轻身逃跑，然而萧何常从关中派军队来补充。不是皇上诏令召来士卒，却有数万人在皇上乏绝时赶到。汉与楚在荣阳相守多年，军中没有现存的粮食，萧何从关中转运粮饷，供给不缺。陛下虽多次丢失山东，萧何常保全关中以待陛下，这是万世的功劳。现在即使没有曹参这样的人一百个，汉又能损失什么呢?汉的获得不一定非等待他们才能保全。为什么要以一旦之功加于万世之功之上呢!萧何应当第一，曹参次之。”皇上说：“好。”于是令萧何为第一，恩赐佩剑穿履上殿，进朝廷不必小步急行。皇上说： “我听说进贤要受上赏，萧何功劳虽高，有了鄂君才得以彰明。”于是在鄂秋原来所食关内侯邑二千户之上，又加封为安平侯。这天，全部封赏萧何的父母兄弟十几人，都有食邑。又加封萧何二千户，“用来报答在咸阳服役时惟独萧何多送我二百钱。”
陈稀反叛，皇上亲自率军，到了邯郸。韩信在关中谋反，吕后采用萧何的计策杀了韩信。在《信传》有记载。皇上听说已杀了韩信，派使者拜丞相为相国，加封五千户，命令士卒五百人和一个都尉为相国护卫。诸君都庆贺，衹有召平表示哀悼。召平，是原来秦的束陵侯。秦灭亡后，成为平民，很穷，在长安城东种瓜，瓜非常甜美，所以世间所谓“束陵瓜”，就是从召平开始的。召平对萧何说：“灾祸从此开始了。皇上露营在外，而您在朝中留守，没有遭受箭石之苦，而给您加封置卫，是因为现在淮阴侯刚在内部反叛，对您有疑心。给您配置守卫护卫您，不是用来恩宠您的。希望您辞谢封赏不受，以全部家产资助军队。”萧何听从了召平的计策，皇上很高兴。
这年秋天，黥布造**，皇上亲自率军攻打，多次派使者问相国在做什么。回答说： “因为皇上在军中，所以相国安抚勉励百姓，倾家所有资助军事，像陈稀造**时那样。”门客又劝说萧何道：“您不久就会被灭族了。您位为相国，功劳第一，无以复加。然而您刚入关时，本来很得民心，已有十几年了。都已亲附您了，您仍孜孜不倦以得民和。皇上之所以多次问您，是怕您倾动关中。现在您为什么不多买田地，低息借贷以自损声名，皇上一定会安心。”于是萧何听其计策，皇上于是很高兴。
皇上平定黥布后归来，百姓在路上拦住皇上，上书说相国强行贱买百姓田宅数千人。皇上回朝后，萧何去谒见。皇上笑道：“现在相国竟向百姓取利!”把百姓上的书都给了萧何，说：“您自己向百姓谢罪吧!”之后萧何为百姓请求说：“长安地窄，上林中有很多空地，丢弃不用，希望能让百姓进去耕种，不要收了藁秸做兽食。”皇上大怒道：“相国接受了人的很多贿赂，替他们请求我的林苑!”于是把萧何下交给廷尉，带上刑具拘禁起来。数El后，王卫尉侍奉皇上，上前问道： “相国犯了什么大罪，陛下那么粗暴地拘禁他?”皇卜说：“我听说李斯为秦皇帝作丞相，有善行就归于主上，有错就归于自己。现在相国受了商人贿赂，为他们请求我的林苑，来自己讨好于百姓，所以拘捕治罪。”王卫尉说：“供职办事有利于民的就向上请求，是真正的宰相的责任。陛下怎么能怀疑相国接受了商人的钱呢!况且陛下抗拒楚军数年，陈、黥布反叛时，陛下亲自率军前往，那时相国守在关中，关中稍有举动关西就不归陛下所有了。相国不在此时图利，难道会贪图商人的钱吗?而且秦因为听不进说自己的过错而丢掉了天下，李斯的与君分过，又何足效法!陛下何至于把宰相看得此浅薄!”皇上不高兴。这一天，派使者拿着符节赦免放出了萧何。萧何年纪已老，一向恭谨，光着脚入朝谢罪。皇上说：“相国不要这样!相国为百姓请求我的林苑未得允许，我不过是桀纣之主，而相国是贤相。我之所以拘捕相国，是想让百姓知道我的过错。”