神爵三年，萧望之代替丙吉做御史大夫。五凤年间匈奴大乱，论者大多认为匈奴为害很长时间，可以趁它内乱发兵消灭它。皇帝下韶派遣中朝大司马车骑将军韩增、富平侯张延寿、光禄勋杨惮、太仆戴长乐询问萧望之有何计策，萧望之应对说：“据《春秋》记载晋国士句率领军队侵略齐国，听说齐侯去世，就率领军队回国了，君子称赞他不征伐正在办丧事的国家，认为他的恩德足以使齐国新国君佩服，道义足以震动诸侯。从前的单于仰慕我朝教化，一心向善，以弟辈自居，派遣使者请求和亲，四海之内的人们都很高兴，夷狄各族没有不听说的。条约没有奉行到底，单于不幸被叛臣所杀，现在去讨伐它，是趁别人内乱而幸灾乐祸的行为，他们一定会逃走远避。不以仁义而战，恐怕劳而无功。应该派遣使者吊唁慰问，在他们衰弱的时候帮助他们，在他们有困难的时候救助他们，四方夷狄，都会佩服汉朝的仁义。如果因此承蒙恩惠能复归王位，一定会向汉朝称臣，这是一件盛大的德政。”皇帝听从他的建议，其后终于派军队护送辅佐呼韩邪单于安定了他的国家。
当时大司农中丞耿寿昌上奏建议设立常平仓，皇帝认为很好，萧望之反对。丞相丙吉年老，受到皇帝敬重，萧望之又上奏说：“有些老百姓生活困乏，盗贼不断出现，二千石级的官员多有能力低下不称职的。三公的人选不当，日月星辰就会失去光辉，今年正月日月无光，责任在我们大臣身上。”皇帝认为萧望之的意思是轻视丞相，于是命令侍中建章卫尉金安上、光禄勋杨惮、御史中丞王忠，一起质问萧望之。萧望之脱下官帽辩论，皇帝因此不高兴。
后来丞相司直鲧延寿上奏： “侍中谒者良奉旨下韶给萧望之，他衹拜了两拜。良和萧望之说话，萧望之不起立，还故意垂下双手，反而告诉御史说‘良礼节不周，。按旧例丞相有病，第二天御史大夫就要问候病情；上朝时在大殿中聚会，御史大夫应在丞相后面，丞相道别，大夫稍微前进，作揖。现在丞相数次生病，萧望之不去探病；在大殿聚会，和丞相用相同的礼节。有时议事意见不合，萧望之说： ‘君侯您的年纪难道能做我的父辈吗！’知道御史不得擅自使用权力，萧望之却多次派留守官吏自备车马，回杜陵照看家事。让少史戴着法冠为他的妻子引路，又派他们去做买卖，这些人私下给他补助一共有十万三千。萧望之是大臣，通晓经术，职位在九卿之上，为众人所仰慕，竟然至于不守法不注意修养，傲慢不逊，贪污所监管的财物达二百五十以上，请允许逮捕囚禁治罪。”皇帝立即下策给萧望之说： “有关官员上告你苛求我派遣的使者礼节不周，遇到丞相没有礼貌，听不到你廉洁的名声，傲慢不逊，无法扶持朝政，不能做百官的表率。你不深入思考，陷入这种污秽的境地，我不忍心让你受到法律的制裁，就派光禄勋杨惮传达韶令，把你降职为太子太傅，给予印绶。把原来的印绶交给使者，然后就去上任。你应该遵守道德，彰明孝义，端正自己的思想品行，不要有什么过失，不要有什么别的话。”
萧望之被降职以后，黄霸接任御史大夫。几个月之后，丙吉去世，黄霸接任丞相。黄霸去世，于定国又接替他，萧望之就被废用，不能做丞相。当太傅，给皇太子讲授《论语》和《仪
礼。丧服》。
当初，匈奴呼韩邪单于来朝见，皇帝下诏让公卿议论召见的礼仪，丞相黄霸、御史大夫子定国以为： “圣明帝王的制度，施行德政，推行礼制，先京都而后地方，先国内而后境外。《诗经》说：‘遵循礼节不越位，四处视察得以推广；相土的威德壮壮烈烈，四海之外都要拥戴。，陛下圣明仁德充满天地之间，光辉普照四方极远之地，匈奴单于仰慕我国的风俗教化，捧着珍宝前来朝贺，从古至今还未有过。接见他的礼仪应该和诸侯王一样，位置在诸侯王以下。”萧望之认为“单于不实行我们的历法制度，所以称做敌国，应该以不称臣的礼节相待，位置在诸侯王之上。外夷叩头自称属国，汉朝谦让不称其为臣，这是笼络的道理，通达谦虚带来的福气。《尚书》说‘戎狄荒忽归附’，是说他们前来归附，但地处偏远反覆无常。如果匈奴的后代终有流窜抢掠的行动，没有来朝拜进贡，不能算做是叛臣。诚信谦让推行到蛮貉之地，福运继承流传到无穷无尽，这是千秋万代的长远之计。”皇帝采纳了他的意见，下诏书说：“听说五帝三王对教化无法推行的地方，也不用政令统治。现在匈奴单于自糊匕边的属国，定时来朝拜，我的能力有所不及，德政不能加于远方的他们。就用客人的礼仪招待他，让单于的位置在诸侯王之上，行礼谒见时称臣而不称名字。”
等到宣帝卧病在床，选择可以托付后事的大臣，召外戚侍中乐陵侯史高、太子太傅萧望之、少傅周堪到宫中，封史高为大司马车骑将军，萧望之为前将军光禄勋，周堪为光禄大夫，都接受遣韶辅政，领尚书事。宣帝去世，太子继承帝号，就是孝元帝。萧望之、周堪本来以师傅的身份被皇帝尊重，皇帝即位之后，数次在闲暇时召见，讨论治乱之道，陈述做帝王的事情。萧望之推荐皇族中通晓经术学问的散骑谏大夫刘更生做给事中，和侍中金敞一起在皇帝左右任拾遣之职。四人同心谋划计议，用古代的制度劝勉引导皇帝，有很多事情希望扶持和纠正，皇帝对他们非常信任并采纳他们的意见。
当初，宣帝不大信奉儒术，而信奉法家，而中书宦官掌权。中书令弘恭、石显长期管理中枢机要，熟悉条文法令，也和车骑将军史高互为表裹，议论朝政经常独自坚持旧例，不听从萧望之等人的意见。弘恭、石显又经常因为意见偏执狭隘被人驳倒。萧望之认为中书是政治的关键职务，应当用贤明的人选，从武帝在后宫游宴，任用宦官，但并非国家的传统制度，又违背古时不接近受过刑罚的人的原则，陈述想要用士人替换的想法，从此和史高、弘恭、石显非常抵触。元帝刚刚继位，处事谦让难以改变旧规，商议许久不能决定，就将刘更生调任宗正。
萧望之、周堪数次推荐有名的儒生和优秀人才来任谏官。会稽郑朋私下想攀附萧望之，就上疏说车骑将军史高派遣宾客到郡国裹做坏事谋求私利，还谈到许、史两家子弟的罪行。皇帝把奏章交给周堪看，周堪上奏让郑朋在金马门等待命令。郑朋给萧望之上书说：“将军亲身实践周公、召公的德政，具备孟公绰的才质，拥有卞庄的威严。到了六十岁的时候，身居重臣之位，官职达到将军，实在是士的最高成就呀。田野黎民没有不欢喜的，都说将军是国家的人才。现在将军追求的目标是管仲、晏子呢？还是废寝忘食勤于政事的周公、召公呢？如果像管仲晏子就罢休了，那么在下就要像季札那样回延陵山野之中，修整农田，养鸡种黍，等着让两个儿子有所成就，我就这样到老得没牙齿吧。如果将军光明正大超越常行聚集心思，堵塞邪气歪风的危险小路，宣扬中庸的正常政治，振兴周公、召公的遣业，亲自日夜操劳，兼听各种意见，那么在下愿意竭尽区区之力，磨炼锋芒，贡献万一之力。”萧望之接纳了郑朋，尽心地接待他。郑朋则屡次称赞萧望之，贬低车骑将军，说许氏、史氏的过失。