后来郑朋行奸邪之事，萧望之和他断绝关系，不再往来。郑朋和大司农史李宫一起等待任命，周堪单独推荐李宫做黄门郎。郑朋是楚地的人，心中怀恨，转而要求加入许、史，推脱所说许、史两家坏话的责任说： “这都是周堪、刘更生教给我的，我是关东人，怎么会知道这些呢？”于是侍中许章上奏皇帝请求召见郑朋。郑朋出宫后扬言说：“我被召见了，报告了前将军小过五条，大罪一条。中书令在旁边，知道我所说的情况。”萧望之听说这件事，就用它来责问弘恭、石显。石显、弘恭害怕萧望之自己申诉，皇帝会把这个案件交给别的官吏，就要挟郑朋和待诏华龙。华龙在宣帝时和张子娇等人待诏，因为品行不端没有被任用，想依附周堪等人，周堪等人不接纳他，所以和郑朋结交。弘恭、石显命令二人上告萧望之等人想要罢免车骑将军并疏远许、史两家的情况，等待萧望之出朝休假之曰，指使郑朋、华龙上告他们。这件事交给弘恭问明情况，萧望之应对说： “外戚担任要职多数奢侈淫侈，我是为了匡扶国家，不是要干坏事。”弘恭、石显上奏“萧望之、周堪、刘更生勾结朋党互相推举，多次诽谤大臣，攻击离间皇亲国戚，想要凭此专权揽势，作为臣子不忠心，欺骗皇帝不讲道义，请谒者传唤他们并送交廷尉。”当时皇帝刚刚继位，不明白“谒者传唤送交廷尉”就是开入监狱，准许了他们的奏摺。后来皇帝召见周堪、刘更生，回答说已关进监狱。皇帝大吃一惊说：“不就是让廷尉问明情况吗？”拿这件事责备弘恭、石显，他俩都叩头谢罪。皇帝说：“让他们出来办事。”弘恭、石显就派史高说：“皇帝刚刚继位，还没有以道德教化使天下人听闻，而首先审问师傅，既然将九卿大夫下狱，应该通过审问然后减刑。”当时就下诏给丞相和御史大夫：“前将军萧望之教授我八年，没有别的罪过，现在事实为时已久，记忆不清难以说明。应当赦免萧望之的罪过，收回前将军光禄勋印绶，和周堪、刘更生都免职成为庶人。”而郑朋做了黄门郎。
几个月之后，皇帝下诏书给御史大夫：“国家将要兴隆，应该尊重师傅，原前将军萧望之教导我八年，用经学来导引我，他的功劳很大。应赐萧望之关内侯的爵位，食邑六百户，任给事中之职，每月初一、十五朝拜，座位次于将军。”天子正想倚靠他做丞相，遇到萧望之的儿子散骑中郎萧伋上书申诉萧望之以前的冤屈，此事被交给有关部门，回报“萧望之从前的罪过明明白白，没有诬陷之事，而他却指使儿子上书申诉，引用表明自己无辜的《诗》，有失大臣的礼仪，对皇帝不敬，请予以逮捕。”弘恭、石显等人知道萧望之素有高尚的气节，不肯屈服受侮辱，建议说：“萧望之从前任前将军辅佐国政，想排斥许、史两家，专权控制朝政。侥幸没被治罪，又被赐予爵位食邑，参与讨论国家政治，不悔改过错思服罪行，还心裹怀着怨恨，指使儿子上书，把不是归于皇帝，自以为凭着师傅的身份，终究不会被治罪。如果不让萧望之在牢狱中受些侮辱，堵塞他不满的心情，那么圣朝就无法给他施以恩泽。”皇帝说：“萧太傅为人素来刚直，怎么肯接受官吏的审问？”石显等人说：“人的生命至关重要，萧望之所犯的罪，是说错了话的小罪，一定不会让您担心的。”皇帝就批准了他的报告。
石显等人将皇帝的批覆封好交给谒者，下令亲手交给萧望之，于是命令太常火速带领执金吾骑兵飞驰去包围他的宅第。使者到，传萧望之。萧望之想自杀，他的夫人阻止了他，认为这不是皇帝的旨意。萧望之以此询问门生朱云。朱云是一个爱好名节的人，就劝萧望之自杀。当时萧望之仰天长叹说：“我曾经担任过将相之职，年纪也已超过六十岁，年老而进监狱，苟且偷生，不也太鄙陋了吗厂就叫着朱云的字说：“游，取和药来，我宁可死也不久留人世！”终于喝毒酒自杀了。皇帝听说这件事十分震惊，拍手叹气说：“先前我就怀疑他不肯进牢狱，结果真的杀了我的好老师！”当时太官刚刚端上午餐，皇帝就推开饭食，为萧望之哭泣，悲哀之情感动了左右侍从。立刻召来石显等人以计划不周详责问他们。他们都脱下帽子谢罪，很长时间才作罢。
萧望之有罪而死，有关部门请求废除他的爵位封邑。皇帝却下诏加恩，长子萧伋继承关内侯。皇帝追思萧望之不能忘怀，逢年过节就派使者祭祀萧望之的坟墓，整个元帝时代都是如此。萧望之有八个儿子，做到大官的有萧育、萧咸、萧由。
萧育字次君，年轻时因父恩荫任太子庶子。元帝登基，担任郎官，因为有病免职，后来当御史。大将军王凤因为萧育其父之名望和他自己才能突出，任命他为功曹，升任谒者，担任出使匈奴的副校尉。后来做茂陵县令，遇到考察，萧育名列第六。而漆县县令郭舜排最后一名，被责备，萧育给他讲情，扶风发怒说：“你考第六名，自己才脱身，有什么功夫替同僚说情呢？”等到考试完毕出场，传召茂陵令到后曹去，要让他汇报任职期间的情况。萧育径直走出后曹，文书跟着拉住他，萧育按住佩刀说：“萧育是杜陵的大丈夫，为什么要到后曹！”就急步走出，想弃官而去。第二天早晨，皇帝下诏将他召入，任命为司隶校尉。萧育经过扶风府门口，官员掾史几百人在车前拜见。后来因违背大将军的意旨而免官。又担任中郎将出使匈奴。历任冀州、青州两郡刺史，长水校尉，泰山太守，进京任大鸿胪。因为鄂县有名的盗贼梁子政凭仗山势为害一方，很久未能捉拿伏法，萧育任右扶风敷月之后，将梁子政一伙尽数诛杀。后来因为和定陵侯淳于长特别要好而被免官。
哀帝时候，南郡一带长江水面多有盗贼，封萧育为南郡太守。皇帝因为萧育是耆宿名臣，就用三公使用的车子将萧育载入宫中接受策命，说：“南郡盗贼成群为害百姓，我非常担心这件事。因为太守一向威望很高，所以委任做南郡太守，到任之后，衹应为民除害，维护安全。不要拘于小节。”赏赐黄金二十斤。萧育到南郡，盗贼被消灭。因病免官，又任命为光禄大夫执金吾，在职位上享尽天年。
萧育为人威严勇猛，做官数次被免职，很少提升。小时候和陈咸、朱博为友，在当时很有名。过去有王阳、贡公是好友，所以长安有句俗话说：“萧育、朱博结绶交好，王阳、贡公弹冠相知”，是说他们互相推荐以至显达。开始时萧育和陈咸都因为是公卿的儿子而闻名，陈咸是最早进宫的，十八岁任左曹，二十多岁任御史中丞。当时朱博还是杜陵亭长，受陈咸、萧育所引荐，进入王氏门下。后来同时担任刺史、郡守、国相，到后来任九卿。朱博先任将军上卿，经历的官位比陈咸、萧育多，一直到丞相。萧育和朱博后来有嫌隙，不能善终，所以世人认为交朋友是件难事。