朱博升任大司农。一年多后，犯了小遇错，降职当了犍为太守。此前南蛮若儿屡次成为盗贼，朱博深厚结交他的兄弟，让他们作内应，袭击杀死若儿，郡中清静。
朱博调任山阳太守，因为生病而免去官职。又被征召当了光禄大夫，升任廷尉，职责是掌管解决疑难之事，主持平议天下的狱讼。朱博担心被属吏所欺骗，任职后，召见正监典法掾史，对他们说：“廷尉本来是从武官出身，不通晓法律，幸而有诸位贤吏，又有什么可担忧的！然而廷尉自从治理郡县，判决狱讼以来将近二十年，单单是耳濡目染的时间也很长了，三尺法律条文，人事尽在其中。掾史试着和正监一起写出过去判决狱讼时官吏讨论难以明白的几十个案件，拿来询问廷尉，廷尉能够替你们再行臆断。”正监认为朱博衹是要逞强，料想他不一定能够做到，就一起逐条陈述出来。朱博把掾史都召来，一同坐着来问难，朱博为他们判断刑罚的轻重，十个裹说对了八九个。属吏都佩服朱博的干练，才能超过常人。朱博每次升调改换官职，所到之处总是像这样来显出变幻莫测，以明确地告诉卜属长官自己是不可以欺瞒的。
过了很久，朱博升任后将军，和红阳侯立相友善。王立有罪回到封地去，有司举奏王立的党羽和朋友，朱博坐罪免官。后来过了一年多，哀帝登上帝位，由于朱博是有名的大臣，就召见他，朱博从家裹被起用，又当了光禄大夫，升任京兆尹，几个月后超擢为大司空。
当初，汉朝兴起，承袭了秦代官制，设置丞相、御史大夫、太尉。到武帝时废罢太尉，才设置了大司马，冠以将军的称号，没有印信属吏。到成帝时，何武是九卿之一，建议说：“古时候百姓质朴，政事简约，国家的辅佐大臣一定要选用贤人圣人，然而还要效法天上的Et月星三光，设置三公的官位，各有专职。现在末世的衰败习俗是，政事烦杂，宰相的才能无法比得上古代，而丞相一个人兼任三公的职事，所以政治长久地衰败而不能清明安定。应该设置三公的官位，确定卿大夫的责任，划分职务，授与政事，来考察功绩成效。”过后皇上询问老师安昌侯张禹。张禹认为何武的意见是对的。当时曲阳侯王根任大司马骠骑将军，而何武任御史大夫。于是皇上赐给曲阳侯王根大司马的印信，设置属吏，罢除骠骑将军的官位，任命御史大夫何武为大司空，封为列侯，俸禄都增加到和丞相一样，来备足三公的官位。议论的人大多认为古代和现在制度不同，汉朝从天子的尊号下到佐史都和古代不相同，而仅仅改动了三公，职务很难分辨明确，对政事治理没有益处。当时御史府官员的一百多处住所的井水都干涸了；又御史府中有众多的柏树，常常有几千只野乌鸦栖息在上面，晨去暮来称为‘朝夕乌，，乌鸦飞走几个月没有回来，年长的人对此感到非常奇异。后来过了两年多。朱博任大司空，上奏说： “帝王的治国之道不一定要互相承袭，都根据当世的要务而各有变化。高皇帝以圣德接受天命，创建王业，设置御史大夫，地位次于丞相，掌管整饬法律制度，按照职责来参预政事，统辖百官，上下级相互监督，经历二百年时间，天下安定平静。现在改为大司空，和丞相同等地位，没有得到神明的佑护。按照先例，挑选郡国守相政绩突出的当中二千石的官员，挑选中二千石的官员任御史大夫，胜任职位的当丞相，地位等次很有顺序，以此来尊崇皇上圣德、尊重国家宰相。现在中二千石的官员没有经历御史大夫而任丞相，权力很轻，不是尊重国家政治的方法。我认为大司空的官位可以废弃，重新设置御史大夫，遵循原来的官制。我愿意竭尽才力，任御史大夫来作百官的表率。”哀帝听从了他的意见，就改任他为御史大夫。适逢大司马傅喜免官，哀帝就任命阳安侯丁明为大司马卫将军，设置属吏，大司马冠以将军的称号和原来一样。后来过了四年，哀帝就改丞相为大司徒，又设置了大司空、大司马。
当初，何武任大司空，又和丞相翟方进一起上奏说：“古时候挑选诸侯中有德才的人作州伯，《书》上说： ‘和十二个州伯商量。’这是用来扩展视听范围、明察隐微之处的方法。现在部刺史占据州伯的官位，主持一州的纲纪，挑选推举大吏，所举荐的官位高达九卿，所厌恶的马上斥退，责任重而职权大。《春秋》的大义，是任用尊贵的人来管理卑贱的人，不用地位低的来统管地位高的。刺史地位在大夫之下，却统管二千石的官员，轻重不相称，丧失了地位等级的次序。我们请求废弃刺史，改设州牧，来应合古代的制度。”奏书被批准了。到朱博奏请恢复御史大夫的官位时，又上奏说：“汉家至德广大，在天下万里疆域裹设置郡县。部刺史奉命主管一州的政务，监督考察郡国，官吏和百姓都安定平静。按照先例，在部任职九年的举荐为守相，其中有卓异的才能、功绩显著的就进升提拔，职位低而奖赏丰厚，官员都勉力立功乐于进取。先前丞相翟方进奏请废弃刺史，改设州牧，俸禄为真二千石，地位次于九卿。九卿空缺，用政绩突出的州牧来补充，那么中等才能的人就会苟且保住自己罢了，恐怕功绩会衰败，为非作歹的人会制止不住。我请求废弃州牧，像原来那样设置刺史。”奏书被批准了。
朱博为人廉正节俭，不喜爱美酒女色游玩宴乐。从卑微低贱到富有尊贵，吃饭没有多种菜肴，案桌上不超过三个碗盘。夜裹安寝，很早起床，妻子很少能见他一面。有一个女儿，没有儿子。然而他乐于交结士大夫，当郡守九卿时，宾客满门，想要做官的就推举他，想要报仇的就解下佩剑给他带上。朱博像这样来趋办世事，对待士人，因此凭自己的力量有所建树，然而最终还是因此败亡。
当初，哀帝的祖母定陶太后想要求取尊号，太后的堂弟高武侯傅喜任大司马，和丞相孔光、大司空师丹一起坚持正直的主张。孔乡侯傅晏也是太后的堂弟，阿谀谄媚想要顺从太后的意
旨，适逢朱博刚刚被征召任用为京兆尹，就和他相勾结，图谋使太后获取尊号，来推广孝道。因此师丹首先被免官，朱博替代他当了大司空，屡次在内廷朝见进献密封的奏章，说：“丞相孑L光的志向在于保住自己，不能为国扰忧；大司马傅喜极其尊贵，是最亲近的亲戚，却奉承大臣，和大臣结成朋党，对政事治理没有益处。”皇上于是罢免傅喜，放逐他回到封地去，把孔光免为平民，让朱博替代孔光任丞相，封为阳乡侯，食邑二千户。朱博献上奏书推辞说： “按照先例，封给丞相的食邑不超过一千户，而惟独我超过规定，确实又惭愧又恐惧，希望退还一千户。”皇上允许了他的请求。傅太后怨恨傅喜不止，派孔乡侯傅晏婉言劝说丞相，命他上奏免去傅喜的侯位。朱博接受了太后的命令，和御史大夫趟玄商量，趟玄说：“事情先前已有判决，这样做岂不是不太合适？”朱博说： “已经答应了孔乡侯，是太后的意旨。平民相求，尚且为他去死，何况至尊的太后呢？我衹有一死罢了。”趟玄于是答应下来。朱博不愿意单独斥责举奏傅喜，由于原来的大司宰泛乡侯何武先前也因过错坐罪，免职回到封地，事情和傅喜相类似，就一起举奏：“傅喜、何武先前居官，都对政事治理没有益处，虽然已经斥退免官，但爵位和封地的赏赐也不是他们所应当得到的，请把他们都免为平民。”皇上知道傅太后平素怨恨傅喜，怀疑朱博、赵玄接受了太后的旨意，就召趟玄到尚书那裹去审问实情。趟玄招供服罪，皇上命令左将军彭宣与中朝官员一起审问。彭宣等弹劾奏道：“朱博是宰相，赵玄是上卿，傅晏由于是外家亲属而受封，居特进之位，都是辅佐大臣，皇上所信任的人，不考虑竭尽忠诚，以公事为重，致力于推广恩德教化，作百官的表率，都知道傅喜、何武先前已经蒙皇上恩诏作出决断，事情经过了三次赦免。朱博坚持旁门左道，损害皇上的恩德，来交结取信于显贵的外戚，背叛君主，偏向大臣，倾覆扰乱了政事的治理，是奸臣的首领，附和臣下，欺骗皇上，作为臣子不忠实，不守臣道。趟玄知道朱博所说的不合法制，歪曲道义附和听从，是大不敬。傅晏和朱博商量免去傅喜的侯位，是失礼不敬。我们请求皇上命谒者召来朱博、趟玄、傅晏下到廷尉关押犯人的牢狱裹去。”皇上命令说：“将军、中二千石、二千石的官员、诸位大夫、博士、议郎讨论。”右将军娇望等四十四人认为“如彭宣等所言，可以允许。”谏大夫龚胜等十四人认为“按《春秋》的大义，臣子用邪恶狡诈来事奉君主，国法难容。鲁国大夫叔孙侨如想要专擅鲁国的国政，就向晋国诬陷他的族兄季孙行父。晋国拘捕囚禁行父来扰乱鲁国，《春秋》重视并记载了这件事。现在傅晏放弃教令毁灭宗族，干预扰乱朝廷政事，结交大臣来欺骗皇上，由他设下计谋，是祸乱的主要来源。应该和朱博、趟玄同一罪名，罪名都是大逆不道。”皇上减免趟玄死罪三等，削去傅晏四分之一的食邑，让谒者持节召丞相到关押犯人的牢狱裹去。朱博自杀，封邑被收回。