当时有的士兵身感寒冷，请求发给短袄，宣帝不给他们。有人说：“原有许多旧的短袄，可以赐给他们。”宣帝说：“短袄是公家的，作为人臣不能私自施舍给人。”于是上奏朝廷将六十岁以上的军人遣散了一千多人，将吏中在战争中死亡的为他们回家治丧。然后班师。天子派人到蓟犒劳大军，给宣帝增封昆阳，舆已封的两县一起作为食邑。
原先，宣帝到襄平时，曾梦见天子枕着自己的膝盖说：“看我的脸。”低下头去看发现天子舆平时不一样，很害怕。在此之前，曾诏令宣帝从便道去镇守关中；等到了白屋，诏令宣召宣帝，在三天之内，来了五道诏书。手诏说：“最近常恐惧不安地盼望你的到来，到了之后就直接推门进来，看我的脸。”宣帝非常惊慌，就乘轻便驿车日夜兼程，从白屋出发四百余里路，一天就赶到了。进到嘉福殿卧室，走到御床前。宣帝流着眼泪问候病情，天子拉着宣帝的手，看着齐王说：“把后事托付给你。死居然还是可以控制的。我忍死等你，得以相见，再没有什么遣恨了。”宣帝舆大将军曹爽接受遣诏辅佐少主。
齐王继承帝位之后，宣帝升迁为侍中、持节、都督中外诸军、录尚书事，和曹爽各自统兵三千，共同执掌朝政，轮流在殿中值班，可以坐舆上殿。曹爽想让尚书上奏事情先通过自己，就向天子进言，改任宣帝为大司马。朝中商议认为前后大司马全都死在位上，于是任命宣帝为太傅，进入殿内不用小步快走，朝见天子行礼不用报姓名，上殿时可以佩剑穿鞋，一切如同汉萧何的旧例。宣帝家婚嫁丧葬之事的费用全部由官府供给，任命世子司马师为散骑常侍，子弟三人为列侯，四人为骑都尉。宣帝坚决辞让了子弟们的官衔没有接受。
正始元年春正月，东倭的使节经辗转翻译前来纳贡，焉耆、危须各国，弱水以南，鲜卑人名声显赫之王，都派遣使者前来献纳。天子把功劳归于宰相，又增加了宣帝的封邑。
起初，魏明帝喜好修筑宫室，规模都豪华壮丽，百姓深以为苦。宣帝从辽东归来时，服劳役的还有一万多人，玩赏物品动辄数以千计。到此时都奏请停止，节约费用使役者回去种田，天下欣慰仰赖。
正始二年夏五月，吴国将全琮侵犯芍陂，朱盘、茎俭围困!泌，诸葛瑾、楚鲎在担史掳掠，宣童请求亲自讨伐。议论者都说，贼寇远来围困叁芝球，不可能很快占领该城。让他们在城下受到挫折，就会有自破之势，可用良策抵抗。宣帝说：“边城受侵犯却安坐在朝廷之上，边疆不安定，百姓心中就会产生疑惑，这是国家的大忧患。”
六月，统率各路军马南征，天子送出津阳盟。宣童因为南方天气炎热潮湿，不宜持久，就命轻骑兵前去挑战，朱然不敢冒然出动。于是休整战士，精选精锐之师，招募率先登城的勇士，严明号令，显示一定要攻打之势。吴军夜间逃走，直追到三州口，斩杀俘获了一万余人，收缴了敌军的船只物资返回。天子派遣侍中常侍在宛犒劳大军。
秋七月，给宣帝增加郾、临颖封邑，与以前的四个县合在一起，食邑共有万户，子弟有十一人为列侯。宣帝的功勋声望日益增高，却更加谦卑恭让。因为太常常林是同乡中有德望的长者，每次见到他都要下拜。常告诫子弟说：“骄傲自满是道家所忌讳的，四时还有推移变化，我有什么德能来承受这些。谦逊再谦逊，大概可以免灾吧!”
正始三年春，天子追封宜帝先父京兆尹司马防为舞阳成侯。
三月，宣帝奏请凿通广漕渠，引黄河之水流入汴河，灌溉东南大片坡地，开始在淮河以北大面积耕种。
在此之前，吴国派遣大将诸葛恪驻守于皖，边境城镇深受其害，宣帝想亲自去攻打诸葛恪。朝中议者大多认为敌据守着坚固之城，屯积了粮食，就是想把官军引诱来。现在孤军去远攻，他们的救兵一定会赶来，我军进退很难，不能战胜。宣帝说：“敌所擅长的是水战，现在攻打他们的城池，以此来观察其变化。如果发挥他们的长处，弃城逃跑，这正是朝廷取胜之计。如果敌敢固守，湖水冬天浅，船无法行驶，势必会放弃水战而自救，这是他们的短处，也对我们有利。”
四年秋九月，宣帝督领各路人马进击诸葛恪，天子送出津阳门。军队到舒，诸葛恪焚烧了积蓄的财物，弃城逃跑。
宣帝认为消灭敌人的关键，在于积蓄粮食，于是大规模屯田，拓宽了淮阳、百尺两条水渠，又修整了颖水南北的坡地，有一万多顷。从此，淮北地区到处有粮仓，从寿阳到京城，农官和屯田的军队连接。
五年春正月，宣帝从淮南回到京城，天子派人持符节慰劳大军。
尚书邓飏、李胜等人想让曹爽建立功名，劝他去讨伐蜀国。宣帝劝阻他，不听从，曹爽果然无功而返。
六年秋八月，曹爽取消了中垒中坚营，把兵力归属弟弟中领军曹羲。宣帝认为这是先帝旧有的军制而制止他，未成功。
冬十二月，天子下韶书命令宣帝朝见时可以乘舆上殿。
七年春正月，吴军进犯祖中，内地各族居民万余家为避敌北渡沔水。宣帝认为沔南近敌，如果百姓跑回去，一定还会招致敌祸，应该暂且把百姓留住。曹爽说：“现在不能很好地守卫沔水以南地区而把百姓留住，不是长远之计。”宣帝说：“不对。大凡事物放在安全的地方就安全，放在危险的地方就危险。所以兵书上说‘成和败，在于形；安与危，在于势’。形与势，是驾御众人的纲，不可以不认真对待。假如让敌人用二万兵力截断了沔水，用三万兵力与沔水以南的各路兵马相对峙，一万兵力在相中横行，将用什么办法解救呢?”曹爽不同意这个意见，最终还是命百姓返回南边。敌军果然袭击并攻占了祖中，损失以万计。
八年夏四月，夫人张氏去世。