二年春二月辛丑，建威将军刘裕在束阳打败徐道覆。乙卯，桓玄自称为大将军。丁巳，冀州刺史孙无终被桓玄杀害。夏四月癸巳初一，有日食。秋八月，桓玄又自称为相国、楚王。九月。南阳太守庾仄起兵，被桓玄打败。冬十一月壬午，桓玄将皇帝迁到永安宫。癸未，把太庙裹的祖先牌位移到琅邪国。十二月壬辰，桓玄篡夺皇帝位，让昼壹作平固王。辛亥，皇帝被囚禁在寻阳。
三年春二月，安帝在寻阳。庚寅夜，江水涌入互题，冲走财物淹死人。乙卯，建武将军刘裕统率沛国人刘毅、束海人何无忌等起兵。丙辰，在塞旦斩担宝委任的鳖蛆刺史但恺，在卢堕斩担宝委任的壹业刺史但丛。丁巳，义军渡过垦逗。三月戊午，刘裕在江乘斩桓玄的部将吴甫之，在醚斩皇直苏。己未，担玄的部众溃乱逃跑。庚申，刘裕设留台，置百官。壬戌，桓玄的司徒王箠推举塑噬暂为镇军将军、涂业刺史、都督荡涂蛮邀壹冀幽差八州诸军事、假节。型整任命王赣兼任握蛆刺史、绿尚书事。辛酉，塑隘杀尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥、司州刺史退谨。辛未，垣室挟持窒童西走。丙戌，秘密下韶说因为被桓玄幽禁逼迫，国事无法处理。命令武陵王司马遵依照旧有的典章规定，秉承皇帝旨意总领百官处理政事，加授侍中，其余官职如旧。并且大赦除了谋反大逆罪以下的犯人，仅有鱼室同族人不能宽恕。夏四月己丑，大将军、武陵王司马遵行使皇帝权力，总理朝政。庚寅，宝童到达辽庐。庚戌，辅国将军何无忌、振武将军刘道担在鱼旦和垣宝部将厘整、何适之交战，大败他们的军队。桓玄挟持安帝束走。五月癸酉，冠军将军刘毅与桓玄在峥嵘洲交战，又打败敌军。己卯，帝再一次到江陵。辛巳，荆州别驾王康产、卖登太守王剩之侍奉帝住在直璺。壬午，督护冯迁在貊盘洲斩了桓玄。皇帝从江陵返回京城。甲申，下诏说：“奸贼凶人篡位谋逆，自古就有。朕不能遏制防止他们，以至于流亡在外。依靠镇军将军刘裕发挥英才大略，有绝代的忠诚和勇武，以及冠军将军刘毅等忠臣名将，共同制定良策。义兵的声威传开后，士人庶民来效忠，江山才得以安定，四海黎民一起欢庆。特此大赦，凡是因威逼而事奉屈服于叛逆者的，一概不问罪。”戊寅，将祖先牌位归位太庙。闰月己丑，盘旧部扬武将军担递攻陷堰，刘堑、包躯；退守到曼堡，窒童再次被劫持到贼营裹。六月，垫刺史王壁讨伐伪銮业刺史堕画，斩了他。秋季七月戊申，永安皇后何氏去世。八月癸酉，将叠童童皇后合葬在丞垩堕。九月，前给事中旦壁、秘书丞王艳谋反，被处死。冬十月，卢钟侵扰卢丛，刺史呈庐之被卢钟打败，俘虏了堕兴相医腆主而离去。摹查擅死，兄长的儿子慕容超继承伪位。
盏塑元年春正月，玄童在红尘。一太守叠塞之兴义兵，袭击攻破塞屋。己丑，型堑进驻墨垩。担握带着塞童驻屯在丝达。辛卯，塞主在韭选打败但钟的部将温揩，进兵驻在挺直，被担铲打败。振武将军型道捏攻打担遂，打跑了他。塞童回来，与堕巫王回到道捏的船上。戊戌，下诏说：“朕因为缺乏仁德，过早继承洪大的基业。不能够使远近四方安定和平，制服好人叛逆。逆臣蛙乘机肆行作乱，竟然欺瞒上天和百姓，篡夺皇帝的位置。朕遭流亡，沦落到荒远的地方，宣皇的基业，衰颓败落。幸有镇军将军刘裕忠诚勇武英明果断，忠诚冠绝古今。运筹谋划定计时，坚贞贤良的人协同他一起费心；含愤挥泪率众誓师时，忠义的战士被他的忠心感动。所以挥戈一击，奸猾奔走逃散，将帅威风势不可挡，大恶之人授首伏罪。可是余孽桓振仍然猖狂，继续逞凶于型竖。庆幸的是上天保佑社稷，义军接连报捷，凶暴的恶党沮丧溃败，朕得以返回。逭实在是祖宗神灵的庇护，勤王者的功勋。朕岂能独自一人享受那份福气，想和亿兆百姓，共庆遣国运的新生。特此大赦，改年号，衹有桓玄桓振的族人和同党不在赦免之列。赐百官官秩二级，赐鳏寡孤独每人五斛谷，大会饮宴五天。”二月丁巳，留台备好车马，去江陵迎回皇帝。弘农太守戴宁之、建威主簿徐惠子等人围谋反叛，被处死。平西参军谯纵害死平西将军、益州刺史毛璩，领蜀地反叛。三月，桓振再次袭击江陵，荆州刺史司马休之逃奔到襄阳。建威将军刘怀肃讨伐桓振，斩了他。帝自江陵到达京城。乙未，百官到宫门请罪。下韶说：“这不是各位的过错，还是回去各司其职吧。”戊戌，为章皇后举哀三日，在西堂临吊。刘裕和何无忌等人上表请求准许让位，没有准许。庚子，任命琅邪王德文为大司马，武陵王司马遵为太保，加授镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。甲辰，下诏说：“自从不久前国难发生之后，人口物产大量减少，可是日常的供给，还没有改变旧有的规定，岂是古人告诫的对百姓像对待伤口一样爱护，像禹汤那样将过失归于自己的行为!可以斟酌减免和俭省。”夏四月，刘裕回去镇守京口。戊辰，在东堂饯行。五月癸未，禁止制造绢扇和赌博游戏。游击将军、章武王司马秀，益州刺史司马轨之谋反，被处死。桓玄的故将桓亮、苻宏、刁预侵犯湘州，守将打跑了他们。秋八月甲子，封临王的儿子脩之为会稽王。冬十一月，乞伏干归攻打仇池，仇池公杨盛大破他们。这一年，凉武昭王玄盛派遣使者上表愿称藩国。
二年春正月，益州刺史司马荣期在白帝攻打谯纵的部将谯子明，打败了他。夏五月，封高密王的儿子法莲为高阳王。秋七月，梁州刺史杨孜敬犯了罪，被处死。冬十月，根据匡复的功劳，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅为南垩邮公，右将军何无忌为安成郡公，其余人的封赏各有等次。乙亥，任命左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗贼杀死零陵太守阮野。
三年春二月己酉，车骑将军刘裕来朝见。杀东阳太守殷仲文、南峦校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。己丑，大赦，解除造酒的禁令。夏五月，大水灾。六月，姚兴部将赫连勃勃在朔方自称天王，国号夏。秋七月戊戌初一，有日食。汝南王遵之犯了罪，被处死。八月，派遣冠军将军刘敬宜持节监督征讨蜀的各种军务事宜。冬十一月，赫连勃勃大败秃发僻檀，僻檀逃奔到南山。遣一年，高云、冯跋杀死慕容熙，高云僭登皇帝位。
四年春正月甲辰，任命琅邪王德文兼任司徒，车骑将军刘裕为扬州刺史、录尚书事。庚申，侍中、太保、武陵王司马遵去世。夏四月，散骑常侍、尚书左仆射孑安国去世。甲午，加授吏部尚书孟昶为尚书左仆射。冬十一月辛卯，大风拔树。癸丑，有雷。梁州刺史杨思平犯了罪，处死后陈尸街头。当月，秃发雇檀僭登凉王位。十二月，陈留王曹灵诞去世。