恭帝名德文，字德文，是安帝的同母弟弟。起初封琅邪王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加授侍中，兼任司徒、录尚书六条事。元兴初，升任车骑大将军。桓玄执政后，升任太宰，加授衮衣冠冕的礼服，用绿捩绶带。桓玄篡位后，任帝为石阳县公，和安帝一起住在寻阳。到桓玄失败时，随败军到江陵。桓玄死后，桓振突然来到，跃马挥戈，直到台阶前，瞪着眼睛对安帝说：“臣一家有什么对不起国家的地方，竟然屠杀诛灭成这个样子?”帝于是走下坐床对桓振说：“逭难道是我们兄弟的意思吗!”于是桓振下马行礼。平息桓振后，再次为琅邪王。又兼任徐州刺史，不久任大司马，兼任司徒，加特殊礼遇。义熙五年，设置左右长史、司马、从事中郎共四名属官，加授羽葆和鼓吹。十二年，诏书说：“大司马昭显的德行使皇室宗亲更加盛美，太尉的道德功勋光大，全都使人伦常道美善有序，使阴阳上下谐调融合，有才俊的人引领景仰，想辅佐他料理国政。可是他平素好尚谦虚自抑，四门不开，符合大雅谦虚之道，其实违背急于求贤助世之务。从前用蒲草裹轮载送征聘来的贤人，非凡的人才就不断出现；束平开府，人才济济，朕心中想望。可以敕令二府，依照旧例召贤，必将选拔出贤德的人才，效法前辈。”于是开始选拔自己下属的官员。当时太尉刘裕都督中外诸军，有诏说：“大司马地位尊隆责任重大，亲贤没有二心。虽然他的官府受朝廷节制，他本人可以不必遵守常规来表达敬意。”刘裕北征的时候，帝向安帝上疏，请求领本部人马，登程出征前，拜谒先祖陵墓。朝廷听从了他的意见，于是和刘裕一起出发。当有关部门提出参与戎事不得拜辞陵庙时，帝再次上疏说：“臣随军离京，将经过很长时间，不能够在祖先陵墓前表达自己的情思，心中有无尽的怅惘。希望开恩，特许这一要求，使臣的诚意得以表达出来，上路便没有遗憾了。”批准了他。等到姚泓被消灭，才回到了京都。
十四年十二月戊寅，安帝去世。刘裕诈称遣诏说：“衹有我们大晋，顺应辉煌的天命，业绩统领九州，光辉庇护四海。朕因为德行不足，正逢多难之时，幸亏依靠辅政大臣，拯救了国家的颠覆。仍然凭恃着保卫佑护，战胜消除了祸乱，于是朝廷稳固，一统天下。正要凭仗辅政大臣，更新发展洪大的事业，却身染重病，看来难以痊愈。仰赖祖宗神灵的嘱咐，要将重任交付亲近贤明的人。大司马、琅邪王，是先皇骨肉，德行昭着光大，由你来当储君，是众望所归。希望你君临晋国，继承遣业，谨慎治理国家，融和天下百姓。实行我最后的告诫，不要败坏了我们高祖的伟大使命。”遣一天，登皇帝位，大赦。
元熙元年春正月壬辰初一，改年号。由于安帝还没有被安葬，不朝会。立褚氏为皇后。甲午，征召刘裕还朝。戊戌，有彗星出现在太微星垣的西边。庚申，将安皇帝葬在休平陵。帝接受朝拜，悬置乐器但不奏乐。任命骠骑将军刘道怜为司空。秋八月，刘裕迁移到寿阳镇守。任命刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕自动解除扬州刺史的职务。冬十月乙酉，刘裕任命他的儿子桂阳公义真为扬州刺史。十一月丁亥初一，有日食。十二月辛卯，刘裕被加授特殊礼遇。己卯，太史上奏，黑龙四次出现在东方。
二年夏六月壬戌，刘裕到达京师。傅亮秉承刘裕秘密授意，劝恭帝禅位，起草了韶书，请恭帝书写它。恭帝欣然对身边的人说：“晋氏早就失去了天下，现在又有什么遗憾。”于是用红纸书写好诏书。甲子，退位到琅邪王的府第。刘裕让恭帝当零陵王，居住在秣陵，用晋朝的纪年，车辆旗帜服饰颜色一概和他从前的一样，但实际已是有名无实。从此以后，恭帝忧虑着灾祸的降临。褚后经常在他的身边，饮食用的东西物品，都经褚后的手，所以宋人没有能够找到空子下手。宋永初二年九月丁丑，刘裕派皇后的哥哥叔度去请皇后；过了一会见，兵丁越墙进去，在内房杀了恭帝。时年三十六岁。谧号恭皇帝，葬在冲平陵。
帝幼年时性情比较残忍急躁，后来在封国时，曾经让善于射箭的入射马作为游戏。不久有人说：“马是国姓，却自己去杀马，太不吉利了。”恭帝也醒悟，非常悔恨做了遣件事。从那以后深信佛教，将成千上万的钱币铸在一起，造出一丈六尺高的铜像，亲自到瓦官寺迎接，步行随从了十多里。安帝是白痴，恭帝常常侍奉在他身边，关照冷暖起居饮食，因为恭谨而出名，当时的人们都称道这事。当初，元帝在丁丑年称晋王，立宗庙时，让郭璞占筮，说“享二百年”。从丁丑到禅代的这一年，是庚申年，正是一百零四年。但是丁丑开始有西晋，庚申就成了宋的年代，中间余下的衹有一百零二年罢了。郭璞大概因为一百零二年的期限短了，所以倒过来委婉地说成是二百年。
史臣曰：安帝即位的时期，正是紧张战乱的时期，道子、元显专权，君主昏庸而臣子乱法，这样怎能不亡国。即使手中掌握兵马，心中存念故国朝廷的人，也因回首四顾不见贤良的人，一下子就四散了。于是桓玄乘这个机会，势头超过了狂风卷地，六军都被消灭，皇帝流亡。所以宋直担并不是司马氏的臣子，瑟墨哪裹是置塑的敌寇。至于当朝而遇上颠覆，那就敷恭皇帝最不幸了。室迈之地的民众，怎会去烟熏丹穴，会稽山下的人们，难道会感叹作别人的臣民。离别了皇宫而返回旧家，写红纸诏书而不遗憾。天地间五运的更替变革，三正纪年的命数走到尽头，好比深秋时节万物凋零，是自然之理。看到晋已飘摇零落，也有人会哭泣流泪。
赞曰：安帝继承了放纵无度的国运，大盗趁势猖狂起来。恭帝暂时受命，事情由别人决定。就如保留周赧王，却是楚怀王取代。虚假的尊位和称号，不同的方法却同归于灭亡。