及裕讨循，诏毅知内外留事。毅以丧师，乞解任，降为后将军。寻转卫将军、 开府仪同三司、江州都督。毅上表曰：
臣闻天以盈虚为运，政以损益为道。时否而政不革，人凋而事不损，则无以救 急病于已危，拯涂炭于将绝。自顷戎车屡骇，干戈溢境，所统江州，以一隅之地当 逆顺之冲，自桓玄以来，驱蹙残败，至乃男不被养，女无匹对，逃亡去就，不避幽 深，自非财殚力竭，无以至此。若不曲心矜理，有所厘改，则靡遗之叹奄焉必及。
夫设官分职，军国殊用，牧养以息务为大，武略以济事为先。兼而领之，盖出 于权事，因藉既久，遂似常体。江州在腹心之内，凭接扬豫，籓屏所倚，实为重复。 昔胡寇纵逸。朔马临江，抗御之宜，盖权尔耳。今江左区区，户不盈数十万，地不 逾数千里，而统旅鳞次，未获减息，大而言之，足为国耻。况乃地在无虞，而犹置 军府文武将佐，资费非要，岂所谓经国大情，扬汤去火者哉！自州郡边江，百姓辽 落，加邮亭险阂，畏阻风波，转输往复，恆有淹废，又非所谓因其所利以济其弊者 也，愚谓宜解军府，移镇豫章，处十郡之中，厉简惠之政，比及数年，可有生气。 且属县凋散，示有所存，而役调送迎不得止息，亦谓应随宜并合以简众费。刺史庾 悦，自临莅以来，甚有恤隐之诚，但纲维不革，自非纲目所理。寻阳接蛮，宜示有 遏防，可即州府千兵以助郡戍。
于是解悦，毅移镇豫章，遣其亲将赵恢领千兵守寻阳。俄进毅为都督荆宁秦雍 四州之河东河南广平扬州之义成四郡诸军事、卫将军、开府仪同三司、荆州刺史， 持节、公如故。毅表荆州编户不盈十万，器械索然。广州虽凋残，犹出丹漆之用， 请依先准。于是加督交、广二州。
毅至江陵，乃辄取江州兵及豫州西府文武万余，留而不遣，又告疾困，请籓为 副。刘裕以毅贰于己，乃奏之。安帝下诏曰：“刘毅傲很凶戾，履霜日久，中间覆 败，宜即显戮。晋法含弘，复蒙宠授。曾不思愆内讼，怨望滋甚。赖宰辅藏疾，特 加遵养，遂复推毂陕西，宠荣隆泰，庶能洗心感遇，革音改意，而长恶不悛，志为 奸宄，陵上虐下，纵逸无度。既解督任，江州非复所统，而辄徙兵众，略取军资， 驱斥旧戍，厚树亲党。西府二局，文武盈万，悉皆割留，曾无片言。肆心恣欲，罔 顾天朝。又与从弟籓远相影响，招聚剽狡，缮甲阻兵，外托省疾，实规伺隙，同恶 想济，图会荆郢。尚书左仆射谢混凭藉世资，超蒙殊遇，而轻佻躁脱，职为乱阶， 扇动内外，连谋万里。是而可忍，孰不可怀！”乃诛籓、混。
刘裕自率众讨毅，命王弘、王镇恶、蒯恩等率军至豫章口，于江津燔舟而进。 毅参军硃显之逢镇恶，以所统千人赴毅。镇恶等攻陷外城，毅守内城，精锐尚数千 人，战至日昃，镇恶以裕书示城内，毅怒，不发书而焚之。毅冀有外救，督士卒力 战。众知裕至，莫有斗心。既暮，镇恶焚诸门，齐力攻之，毅众乃散，毅自北门单 骑而走，去江陵二十里而缢。经宿，居人以告，乃斩于市，子侄皆伏诛。毅兄模奔 于襄阳，鲁宗之斩送之。
毅刚猛沈断，而专肆很愎，与刘裕协成大业，而功居其次，深自矜伐，不相推 伏。及居方岳，常怏怏不得志，裕每柔而顺之。毅骄纵滋甚，每览史籍，至蔺相如 降屈于廉颇，辄绝叹以为不可能也。尝云：“恨不遇刘项，与之争中原。”又谓郗 僧施曰：“昔刘备之有孔明，犹鱼之有水。今吾与足下虽才非古贤，而事同斯言。” 众咸恶其陵傲不逊。及败于桑落，知物情去己，弥复愤激。初，裕征卢循，凯归， 帝大宴于西池，有诏赋诗。毅诗云：“六国多雄士，正始出风流。”自知武功不竞， 故示文雅有余也。后于东府聚樗蒱大掷，一判应至数百万，余人并黑犊以还，唯刘 裕及毅在后。毅次掷得雉，大喜，褰衣绕床，叫谓同坐曰：“非不能卢，不事此耳。” 裕恶之，因挼五木久之，曰：“老兄试为卿答。”既而四子俱黑，其一子转跃未定， 裕厉声喝之，即成卢焉。毅意殊不快，然素黑，其面如铁色焉，而乃和言曰：“亦 知公不能以此见借！”既出西籓，虽上流分陕，而顿失内权，又颇自嫌事计，故欲 擅其威强，伺隙图裕，以至于败。
初，江州刺史庾悦，隆安中为司徒长史，曾至京口。毅时甚屯窭，先就府借东 堂与亲故出射。而悦后与僚佐径来诣堂，毅告之曰：“毅辈屯否之人，合一射甚难。 君于诸堂并可，望以今日见让。”悦不许。射者皆散，唯毅留射如故。既而悦食鹅， 毅求其余，悦又不答，毅常衔之。义熙中，故夺悦豫章，解其军府，使人微示其旨， 悦忿惧而死。毅之褊躁如此。