时枢辅诸臣多下狱者，宗周言：“国事至此，诸臣负任使，无所逃罪，陛下亦宜分任咎。禹、汤罪己，兴也勃焉。曩皇上以情面疑群臣，群臣尽在疑中，日积月累，结为阴痞，识者忧之。今日当开示诚心，为济难之本，御便殿以延见士大夫，以票拟归阁臣，以庶政归部、院，以献可替否予言官。不效，从而更置之，无坐锢以成其罪。乃者朝廷缚文吏如孤雏，而视武健士不啻骄子，渐使恩威错置。文武皆不足信，乃专任一二内臣，阃以外次第委之。自古未有宦官典兵不误国者。”又劾马世龙、张凤翼、吴阿衡等罪，忤帝意。
三年以疾在告，进祈天永命之说，言：
法天之大者，莫过于重民命，则刑罚宜当宜平。陛下以重典绳下，逆党有诛，封疆失事有诛。一切诖误，重者杖死，轻者谪去，朝署中半染赭衣。而最伤国体者，无如诏狱。副都御史易应昌以平反下吏，法司必以锻炼为忠直，苍鹰乳虎接踵于天下矣。愿体上天好生之心，首除诏狱，且宽应昌，则祈天永命之一道也。
法天之大者，莫过于厚民生，则赋敛宜缓宜轻。今者宿逋见征及来岁预征，节节追呼，闾阎困敝，贪吏益大为民厉。贵州巡按苏琰以行李被讦于监司。巡方黩货，何问下吏？吸膏吮脂之辈，接迹于天下矣。愿体上天好生之心，首除新饷，并严饬官方，则祈天永命之又一道也。
然大君者，天之宗子；辅臣者，宗子之家相。陛下置辅，率由特简。亦愿体一人好生之心，毋驱除异己，构朝士以大狱，结国家朋党之祸；毋宠利居成功，导人主以富强，酿天下土崩之势。
周延儒、温体仁见疏不怿。以时方祷雨，而宗周称疾，指为偃蹇，激帝怒，拟旨诘之。且令陈足兵、足饷之策，宗周条画以对，延儒、体仁不能难。
为京尹，政令一新，挫豪家尤力。阉人言事辄不应，或相诟谇，宗周治事自如。武清伯苍头殴诸生，宗周捶之，枷武清门外。尝出，见优人笼箧，焚之通衢。周恤单丁下户尤至。居一载，谢病归，都人为罢市。
八年七月，内阁缺人，命吏部推在籍者，以孙慎行、林钎及宗周名上。诏所司敦趋，宗周固辞不许。明年正月入都，慎行已卒，与钎入朝。帝问人才、兵食及流寇猖獗状。宗周言：“陛下求治太急，用法太严，布令太烦，进退天下士太轻。诸臣畏罪饰非，不肯尽职业，故有人而无人之用，有饷而无饷之用，有将不能治兵，有兵不能杀贼。流寇本朝廷赤子，抚之有道，则还为民。今急宜以收拾人心为本，收拾人心在先宽有司。参罚重则吏治坏，吏治坏则民生困，盗贼由此日繁。”帝又问兵事。宗周言：“御外以治内为本。内治修，远人自服，干羽舞而有苗格。愿陛下以尧、舜之心，行尧、舜之政，天下自平。”对毕趋出。帝顾体仁迂其言，命钎辅政，宗周他用。旋授工部左侍郎。逾月，上《痛愤时艰疏》，言：
陛下锐意求治，而二帝三王治天下之道未暇讲求，施为次第犹多未得要领者。首属意于边功，而罪督遂以五年恢复之说进，是为祸胎。己巳之役，谋国无良，朝廷始有积轻士大夫之心。自此耳目参于近侍，腹心寄于干城，治术尚刑名，政体归丛脞，天下事日坏而不可救。厂卫司讥察，而告讦之风炽；诏狱及士绅，而堂廉之等夷；人人救过不给，而欺罔之习转甚；事事仰成独断，而谄谀之风日长。三尺法不伸于司寇，而犯者日众，诏旨杂治五刑，岁躬断狱以数千，而好生之德意泯。刀笔治丝纶而王言亵，诛求及琐屑而政体伤。参罚在钱谷而官愈贪，吏愈横，赋愈逋；敲扑繁而民生瘁，严刑重敛交困而盗贼日起。总理任而臣下之功能薄，监视遣而封疆之责任轻。督、抚无权而将日懦，武弁废法而兵日骄，将懦兵骄而朝廷之威令并穷于督、抚。朝廷勒限平贼，而行间日杀良报功，生灵益涂炭。一旦天牖圣衷，撤总监之任，重守令之选，下弓旌之招，收酷吏之威，布维新之化，方与二三臣工洗心涤虑，以联泰交，而不意君臣相遇之难也。得一文震孟而以单辞报罢，使大臣失和衷之谊；得一陈子壮而以过戆坐辜，使朝宁无吁咈之风。此关于国体人心非浅鲜者。
陛下必体上天生物之心以敬天，而不徒倚风雷；必念祖宗鉴古之制以率祖，而不轻改作。以简要出政令，以宽大养人才，以忠厚培国脉。发政施仁，收天下泮涣之人心，而且还内廷扫除之役，正懦帅失律之诛，慎天潢改授之途。遣廷臣赍内帑巡行郡国为招抚使，赦其无罪而流亡者。陈师险隘，坚壁清野，听其穷而自归。诛渠之外，犹可不杀一人，而毕此役，奚待于观兵哉。