是时，帝忧兵事，谓可属大事者惟嗣昌，破格用之。道周守经，失帝意，及奏对，又不逊。帝怒甚，欲加以重罪，惮其名高，未敢决。会刘同升、赵士春亦劾嗣昌，将予重谴，而部拟道周谴顾轻。嗣昌惧道周轻，则论己者将无已时也，亟购人劾道周者。有刑部主事张若麒谋改兵部，遂阿嗣昌意上疏曰：“臣闻人主之尊，尊无二上；人臣无将，将而必诛。今黄道周及其徒党造作语言，亏损圣德。举古今未有之好语尽出道周，无不可归过于君父。不颁示前日召对始末，背公死党之徒，鼓煽以惑四方，私记以疑后世，掩圣天子正人心息邪说至意，大不便。”帝即传谕廷臣，毋为道周劫持相朋党，凡数百言。贬道周六秩，为江西按察司照磨，而若麒果得兵部。
久之，江西巡抚解学龙荐所部官，推奖道周备至。故事，但下所司，帝亦不覆阅。而大学士魏照乘恶道周甚，则拟旨责学龙滥荐。帝遂发怒，立削二人籍，逮下刑部狱，责以党邪乱政，并杖八十，究党与。词连编修黄文焕、吏部主事陈天定、工部司务董养河、中书舍人文震亨，并系狱。户部主事叶廷秀、监生涂仲吉救之，亦系狱。尚书李觉斯谳轻，严旨切责，再拟谪戍烟瘴，帝犹以为失出，除觉斯名，移狱镇抚司掠治，乃还刑部狱。逾年，尚书刘泽深等言：“二人罪至永戍止矣，过此惟论死。论死非封疆则贪酷，未有以建言者。道周无封疆贪酷之罪，而有建言蒙戮之名，于道周得矣，非我圣主覆载之量也。陛下所疑者党耳，党者，见诸行事。道周抗疏，只托空言，一二知交相从罢斥，乌睹所谓党，而烦朝廷大法乎？且陛下岂有积恨道周，万一圣意转圜，而臣已论定，悔之何及。”仍以原拟请，乃永戍广西。
十五年八月，道周戍已经年。一日，帝召五辅臣入文华后殿，手一编从容问曰：“张溥、张采何如人也？”皆对曰：“读书好学人也。”帝曰：“张溥已死，张采小臣，科道官何亟称之？”对曰：“其胸中自有书，科道官以其用未竟而惜之。”帝曰：“亦不免偏。”时延儒自以嗣昌既已前死矣，而己方再入相，欲参用公议，为道周地也，即对曰：“张溥、黄道周皆未免偏，徒以其善学，故人人惜之。”帝默然。德璟曰：“道周前日蒙戍，上恩宽大，独其家贫子幼，其实可悯。”帝微笑，演曰：“其事亲亦极孝。”行甡曰：“道周学无不通，且极清苦。”帝不答，但微笑而已。明日传旨复故官。道周在途疏谢，称学龙、廷秀贤。既还，帝召见道周，道周见帝而泣：“臣不自意今复得见陛下，臣故有犬马之疾。”请假，许之。
居久之，福王监国，用道周吏部左侍郎。道周不欲出，马士英讽之曰：“人望在公，公不起，欲从史可法拥立潞王耶？”乃不得已趋朝。陈进取九策，拜礼部尚书，协理詹事府事。而朝政日非，大臣相继去国，识者知其将亡矣。明年三月，遣祭告禹陵。濒行，陈进取策，时不能用。甫竣事，南都亡，见唐王聿键于衢州，奉表劝进。王以道周为武英殿大学士。道周学行高，王敬礼之特甚，赐宴。郑芝龙爵通侯，位道周上，众议抑芝龙，文武由是不和。一诸生上书诋道周迂，不可居相位，王知出芝龙意，下督学御史挞之。
当是时，国势衰，政归郑氏，大帅恃恩观望，不肯一出关募兵。道周请自往江西图恢复。以七月启行，所至远近响应，得义旅九千余人，由广信出衢州。十二月进至婺源，遇大清兵。战败，被执至江宁，幽别室中，囚服著书。临刑，过东华门，坐不起，曰：“此与高皇帝陵寝近，可死矣。”监刑者从之。幕下士中书赖雍、蔡绍谨，兵部主事赵士超等皆死。
道周学贯古今，所至学者云集。铜山在孤岛中，有石室，道周自幼坐卧其中，故学者称为石斋先生。精天文历数皇极诸书，所著《易象正》、《三易洞玑》及《太函经》，学者穷年不能通其说，而道周用以推验治乱。殁后，家人得其小册，自谓终于丙戌，年六十二，始信其能知来也。
叶廷秀，濮州人。天启五年进士。历知南乐、衡水、获鹿三县，入为顺天府推官。英国公张惟贤与民争田，廷秀断归之民。惟贤属御史袁弘勋驳勘，执如初。惟贤诉诸朝，帝卒用廷秀奏，还田于民。
崇祯中，迁南京户部主事，遭内外艰。服阕，入都，未补官，疏陈吏治之弊，言：“催科一事，正供外有杂派，新增外有暗加，额办外有贴助，小民破产倾家，安得不为盗贼。夫欲救州县之弊，当自监司郡守始。不澄其源，流安能洁。乃保举之令行已数年，而称职者希覯，是连坐法不可不严也。”帝纳之，授户部主事。帝以傅永淳为吏部尚书。廷秀言永淳庸才，不当任统均。甫四月，永淳果败。道周逮下狱，廷秀抗疏救之。帝怒，杖百，系诏狱。明年冬，遣戍福建。