于是宗周出奏曰：“陛下方下诏求贤，姜埰、熊开元二臣遽以言得罪。国朝无言官下诏狱者，有之自二臣始。陛下度量卓越，妄如臣宗周，戆直如臣黄道周，尚蒙使过之典，二臣何不幸，不邀法外恩？”帝曰：“道周有学有守，非二臣比。”宗周曰：“二臣诚不及道周，然朝廷待言官有体，言可用用之，不可置之。即有应得之罪，亦当付法司。今遽下诏狱，终于国体有伤。”帝怒甚，曰：“法司锦衣皆刑官，何公何私？且罪一二言官，何遽伤国体？有如贪赃坏法，欺君罔上，皆可不问乎？”宗周曰：“锦衣，膏粱子弟，何知礼义？听寺人役使。即陛下问贪赃坏法，欺君罔上，亦不可不付法司也。”帝大怒曰：“如此偏党，岂堪宪职！”有间曰：“开元此疏，必有主使，疑即宗周。”金光辰争之。帝叱光辰，并命议处。翼日，光辰贬三秩调用，宗周革职，刑部议罪。阁臣持不发，捧原旨御前恳救，乃免，斥为民。
归二年而京师陷。宗周徒步荷戈，诣杭州，责巡抚黄鸣骏发丧讨贼，鸣骏诫以镇静，宗周勃然曰：“君父变出非常，公专阃外，不思枕戈泣血，激励同仇，顾藉口镇静，作逊避计耶？”鸣骏唯唯。明日，复趣之。鸣骏曰：“发丧必待哀诏。”宗周曰：“嘻，此何时也，安所得哀诏哉！”鸣骏乃发丧。问师期，则曰：“甲仗未具。”宗周叹曰：“嗟乎，是乌足与有为哉！”乃与故侍郎朱大典，故给事中章正宸、熊汝霖召募义旅。将发，而福王监国于南京，起宗周故官。宗周以大仇未报，不敢受职，自称草莽孤臣，疏陈时政，言：
今日大计，舍讨贼复仇，无以表陛下渡江之心；非毅然决策亲征，无以作天下忠义之气。
一曰据形胜以规进取。江左非偏安之业，请进图江北。凤阳号中都，东扼徐、淮，北控豫州，西顾荆、襄，而南去金陵不远，请以驻亲征之师。大小铨除，暂称行在，少存臣子负罪引慝之心。从此渐进，秦、晋、燕、齐必有响应而起者。
一曰重藩屏以资弹压。淮、扬数百里，设两节钺，不能御乱，争先南下，致江北一块土，拱手授贼。督漕路振飞坐守淮城，久以家属浮舟远地，是倡之逃也；于是镇臣刘泽清、高杰遂有家属寄江南之说。军法临阵脱逃者斩，臣谓一抚二镇皆可斩也。
一曰慎爵赏以肃军情。请分别各帅封赏，孰当孰滥，轻则收侯爵，重则夺伯爵。夫以左帅之恢复而封，高、刘之败逃亦封，又谁不当封者？武臣既滥，文臣随之，外臣既滥，中珰随之，恐天下闻而解体也。
一曰核旧官以立臣纪。燕京既破，有受伪官而叛者，有受伪官而逃者，有在封守而逃者，有奉使命而逃者，法皆不赦。亟宜分别定罪，为戒将来。
至于伪命南下，徘徊顺逆之间，实繁有徒；必且倡为曲说，以惑人心，尤宜诛绝。
又言：
当贼入秦流晋，渐过畿南，远近汹汹，独大江南北晏然，而二三督抚不闻遣一骑以壮声援，贼遂得长驱犯阙。坐视君父之危亡而不救，则封疆诸臣之当诛者一。凶问已确，诸臣奋戈而起，决一战以赎前愆，自当不俟朝食。方且仰声息于南中，争言固圉之策，卸兵权于阃外，首图定策之功，则封疆诸臣之当诛者又一。新朝既立之后，谓宜不俟终日，首遣北伐之师。不然，则亟驰一介，间道北进，檄燕中父老，起塞上名王，哭九庙，厝梓宫，访诸王。更不然，则起闽帅郑芝龙，以海师下直沽，九边督镇合谋共奋，事或可为。而诸臣计不出此，则举朝谋国不忠之当诛者又一。罪废诸臣，量从昭雪，自应援先帝遗诏及之，今乃概用新恩。诛阉定案，前后诏书鹘突，势必彪虎之类，尽从平反而后已，则举朝谋国不忠之当诛者又一。臣谓今日问罪，当自中外诸臣不职者始。
诏纳其言，宣付史馆，中外为悚动。而马士英、高杰、刘泽清恨甚，滋欲杀宗周矣。
宗周连疏请告不得命，遂抗疏劾士英，言：
陛下龙飞淮甸，天实予之。乃有扈跸微劳，入内阁，进中枢，宫衔世荫，晏然当之不疑者，非士英乎？于是李沾侈言定策，挑激廷臣矣。刘孔昭以功赏不均，发愤冢臣，朝端哗然聚讼，而群阴且翩翩起矣。借知兵之名，则逆党可以然灰，宽反正之路，则逃臣可以汲引，而阁部诸臣且次第言去矣。中朝之党论方兴，何暇图河北之贼？立国之本纪已疏，何以言匡攘之略？高杰一逃将也，而奉若骄子，浸有尾大之忧。淮、扬失事，不难谴抚臣道臣以谢之，安得不长其桀骜，则亦恃士英卵翼也。刘、黄诸将，各有旧汛地，而置若弈棋，汹汹为连鸡之势，至分剖江北四镇以慰之，安得不启其雄心，则皆高杰一人倡之也。京营自祖宗以来，皆勋臣为政，枢贰佐之。陛下立国伊始，而有内臣卢九德之命，则士英有不得辞其责者。