古巴革命后，格瓦拉先后出任过陆军副总司令、央行总裁及工业发展部长。从1959年到1964年这段他担任古巴政府要职期间的表现，我们已可看出他的两个思考主线：
其一，他那种泛拉丁美洲，甚至泛全球的革命浪漫主义开始增强，认为古巴知识青年以意志力为基础的革命实验，应向所有被帝国主义及独裁者双重压迫的国家推展。
其二，他是个中庸社会主义者，认为古巴应摆脱依靠糖出口美国的方向，走出另外一种更加多元自主的发展道路。当时的古巴在美国的杯葛颠覆下，被迫不得不向苏联靠拢，对此他大为不满。
其后，1964年格瓦拉失势，隐居古巴西南海外的松岛，在那里专心著述。他那本对后来激进新左派曾发挥过很大启蒙作用的《游击战》，即在那个时候完成。在那本著作里，他认为革命家从不等待革命情势的到来，而是要去创造革命情势。他不认为城市内的共党官僚体系或工人组织可以发挥革命的作用，而是应由纯粹理想主义的知识分子组织乡村游击队，每个游击小组是个小马达，全部加起来就会成为革命的大马达。这就是他的“革命核心点理论”。
为了推广他的理论，1965年初他曾从古巴失踪了大约半年之久。这个谜团在多年后被揭开，即他写的《非洲之爱：刚果革命斗争日记》。原本他率领百名古巴游击战士到了刚果，要协助刚果人民摆脱殖民帝国的噩梦，但他的“非洲之爱”最后被证明本身即是个不可能成立的噩梦。他和游击队员对刚果毫无理解，只有意志和信心完全没用。刚果经验是格瓦拉浪漫主义的首度遇挫。
但刚果经验并未让格瓦拉灰心。1966年11月，他又率领一小队知识分子游击战士，化装为乌拉圭商人，进入南美的玻利维亚，而后辗转到了玻国中部的大谷区和大河区。但在玻利维亚即将满一周年的时候，他们的游击战却告失败，格瓦拉亦告死亡，这段经验，他都写在《玻利维亚日记》里。这本日记忠实地把他在玻利维亚所遭遇到的艰难革命历程，做了最坦白的纪录。
其实，格瓦拉在玻利维亚遇挫，并不难理解。自从古巴革命成功后，美国即开始担心拉丁美洲会否脱出掌控，而让美国利益受损。于是，美国一方面封锁古巴，另一方面则和拉丁美洲国的右翼政府加强合作，要肃清各国的反美游击活动。美国对巴拿马施加压力，在那里设置了反游击战基地，自拉美各国征得2万多人加以集训，这个基地后来也是美国颠覆尼加拉瓜右翼桑定政府的基地。此外，美国的特种绿贝雷帽部队也进入拉丁美洲各国。美国部队在战场上使用遥感探测的科技，格瓦拉的游击队甚至连煮饭都会被侦测到。在美国和各个右翼政府合作下，格瓦拉的游击战已形同少数人与大举动员的美国之间的战争，格瓦拉当然不可能成功。
因此，格瓦拉在玻利维亚的革命经验有如一场梦靥，玻利维亚乃是南美洲穷国，游击队的活动地区更是最穷的地方，那里疫情盛行，生存维艰，甚至连基本的枪械弹药都补给困难，他的游击战士愈打愈少，终于在1967年10月9日结束了他璀璨、短暂、让人感动的一生。
格瓦拉传奇英雄的地位，在他死后开始形成，正如同耶稣是在受难中成就了伟大一样。他的死亡被20世纪反抗哲学家沙特推荐为“当代最伟大的英雄”，1960年代欧美新左翼知识青年运动有如狂飚般兴起，有7个人物被列为新左派英雄，格瓦拉为7人之首。他那张头戴游击扁帽，像电影明星克拉克盖博的肖像，被反叛青年印在海报上、杂志里，更多的则是印在年青人的T恤上。他被人膜拜，乃是因为他的一生在这个一切都庸俗化的时代已形同一则不可能的神话，他用这种不可能向人们的良心发出呼唤，并对世界的不公不义作出浪漫的抵抗。举世之人都像古巴人一样称他为“切”（CHE），那是亲切的“大兄”，格瓦拉大兄（CHE GUEVARA）成了他的代号。
更多的人在消费格瓦拉
而一生都是传奇的格瓦拉，他的革命生涯传奇，他的死亡也是传奇，甚至他的遗骸也都是传奇。他死亡之后，玻利维亚军方和美国中情局将他的手割下送给了卡斯特罗，但尸体本身却和其他游击队员被草草埋到了一个秘密坟墓里，几经玻利维亚的改朝换代，他的墓渐渐被遗忘。而后，1997年7月，终于找到了这个坟墓，在经过鉴定无误后，当年9月他和同埋的其他5名游击战士的骸骨被送回古巴。古巴为了安葬他们，特地在距离首都哈瓦那东南方300公里的圣塔克拉那辟建纪念馆。1997年10月14日，星期二，他们的骸骨抵达该市，整个城市一片的花海，数十万人挤到那里。1959年元旦，当时格瓦拉所率的第八纵队在一番血战后攻下圣塔克拉那，他率队进城时受到英雄般的欢迎，该役之后，古巴的革命大军有如洪水决堤，不可遏抑。隔了38年，他的遗骸再度进城，这时他已是全球的受难英雄，受到的欢呼更胜过从前。而这一年，乃是格瓦拉逝世30周年，除了纪念堂外，这一年的10月，也是全球的“格瓦拉月”。在欧洲和美国，印着他相片的T恤和纪念品都告大卖，有好几本他的传记在出版，美国华纳电影公司推出他的传记电影，一个摇滚乐团推出新专辑，以他的肖像为封面。许多中年一辈的人则到玻利维亚他当年被杀的无花果村去朝圣，那些荒凉的高山小径，刹那之间成了国际观光的热点。
在这个一切都商品化的时代，格瓦拉已成了一个好商品。对此，他的女儿阿蕾达例说得很好：“有许多投机的人都在剥削着他的形象，这当然让人觉得有点讨厌，但只要一想到青年男女们都穿着印了他照片的T恤，我们应当知道这对他们而言，是有某种他们相信的东西在里面，这是件好事。”
一个传奇英雄出现后，注定会一直传奇下去。1997年他逝世30周年的纪念高峰期过了之后，2003年巴西电影界拍了一部喜剧片，情节是格瓦拉并未死亡，他逃到了巴西的亚马逊原始雨林，在那里开了一家店，专卖印着自己肖像的T恤，这是“后现代式”的小聪明。许多人犬儒般认为现在已是个“无事可为”的时代，当他们自己没有了热情，就去嘲谑一切的热情。
而最特殊的，乃是巴西另外拍了一部电影，以他早年的摩托车之旅为主轴，这部电影是2004年坎城影展的话题影片之一。这部电影2004年6月在巴西首映。
在这个一切都成了商业，甚至英雄人物也在商业中被消费的时代，格瓦拉的意义被扭曲，被改变，甚至被变成喜剧，这正如同有关耶稣的电影也可以被拍得和情色诱惑联系起来一样。但尽管意义可变，格瓦拉那真实的反抗意义却是不可能改变的。近年来，中南美洲几次重大革命事件，从墨西哥的“扎巴蒂斯塔农民及原住民起义”到秘鲁的国巴克游击队占据日本大使馆事件，他们所用的标志，都是格瓦拉的那张头像照片。近年来，中南美洲多位追求国家自主、反抗美国宰制的领袖，如巴西总统理拉，委内瑞拉总统查维兹，他们也都是格瓦拉的信徒。由于他们追求国家的自主，当然难免遭到丑化，甚至有被颠覆的危险，但我们至少可以相信，有了格瓦拉的呼唤，拉丁美洲尽管在美国强势宰制下前途仍然坎坷，但这条自主不屈从的路，早晚一定会被走出来的。