那些小人没有长远的考虑，只是想在仓猝之间，拉拢他们所看重的和友善的。‘定策国老’、‘门生天子’之祸，能说得完吗？”皇帝大为感动，说：“将司马光的上书送到中书省。”司马光见到韩琦等说：“诸公没来得及商定，他日宫中半夜传出寸纸，把某人作为继承人，而且全国的人不敢违背。”韩琦等双手作揖说：“不敢不尽力。”不久，下诏让英宗负责宗正事务，英宗一再推辞，不肯答应，于是被立为皇子。英宗又说自己有病，不肯入宫。司马光说：“皇子推辞富贵，已经快一个月了，可见他比一般人贤惠得多。然而，对父亲的召唤不答应，君王征召，却不肯应征，希望以臣下的道义来责备皇子，想必他一定会入宫。”皇上照他说的办，英宗果然接受了征召。
兖国公主嫁给李玮，李玮不能胜任宰相的职务，皇上下诏调李玮到卫州，李玮的母亲就去归附其兄李璋，公主回到宫中居住。司马光说：“皇帝陛下想念章懿太后，所以让李玮娶了公主。现在是母子分离，家事零落，唯独皇上未感觉到没有恩泽吗？李玮已经被罢黜，公主怎么会没有罪呢？”皇帝明白了，下诏让公主到沂国，对待李氏的恩惠也不变。朝廷要晋升他为负责起草皇帝诏书的官，他一再推辞，于是改授为天章阁待制兼侍讲，并负责谏院的工作。当时朝廷对许多违法的事多姑息迁就，小官吏们起哄就可以驱逐执法官；负责皇帝坐车的官吏违令、傲慢，竟能撤换宰相；卫士们行凶造反，可监狱不去穷追他们的责任；兵士辱骂三司使而不被认为是冒犯长官。司马光说这些都是犯死罪的发端，不能不将他们正法。
充媛董氏死后，被赠淑妃称号，大臣停止上朝，为她服丧。官员们都前去抚慰，为其议定谥号，实行册封的礼节，送葬时为其配备仪仗队。司马光说：“董氏的位次本来低微，病危将死时才拜为充媛。古时候妇人没有谥号，近代的制度也只有皇后才有。仪仗队本来是用于奖赏有军功的人的，从来没有用于妇人。唐朝平阳公主有率兵辅佐唐高祖平定天下的功劳，才享此殊荣。到了韦庶人才开始下令妃子下葬的日子都给予鼓吹，但这不是要让它成为制度，不值得效法。”当时有关部门议定后宫的封赠办法，皇后和妃子全部要封赠三代，司马光说：“妃子不应当与皇后一样，西汉时的袁盎引导慎夫人离开与皇后同坐的席位，也正是这个缘故。仁宗天圣年间行郊祀祭礼，太妃只赠给二代，何况是妃子呢？”英宗即皇帝位，患病，慈圣光献皇后和他一同处理政务，司马光上疏说：“过去章献明肃皇后有保佑先帝的功劳，只是因为亲近、任用外戚小人，遭到国内人士的非议。现在处理政务，大臣中忠诚厚道的像王曾，清廉纯正的像张知白，刚正不阿的如鲁宗道，正直无私的像薛奎，等等，应该相信重用他们；猥琐、卑鄙的像马季良，谗害忠良的像罗崇勋，等等，应当疏远他们。这样天下的人就会心悦诚服。”
英宗皇帝病愈，司马光料想一定会追尊继皇子的事，于是上书说：“汉宣帝是孝昭帝的后代，但终究不去追尊卫太子、史皇孙；光武帝继承西汉元帝，也不追尊钜鹿、南顿君，这是永久的法则。”后来皇上下诏让两制集体商议濮王的典章礼节，学士王珪等互相观望不敢首先表态，司马光独自挥笔写道：“作为一个人的后嗣，就是为人之子，不能顾及自己的亲属。大王应该准许封赠他的父亲，称为皇伯，给他高官和大的封国，以表示对他的尊敬和荣宠。”商议定了，王珪即命令属吏将司马光的手稿作为商议的结果。呈上去后，与大臣们的意见不一样，六位御史力争，都因此而遭到贬斥。司马光请求将他们留下，没被准许，于是请求与他们一同受贬。
起初，西夏派使者来参加祭祀，延州指挥使高宜负责护送作伴，他对西夏使者很傲慢，并出言侮辱西夏国王。使者回去之后，报告了朝廷。司马光与吕诲请皇上对高宜治罪，皇上没有听从。第二年，西夏人犯边，杀掠官吏和平民。赵滋在雄州为官，只是凭他的勇猛和强悍治理边境，司马光先前就认为这样很危险。此时，契丹人在界河捕鱼，在白沟的南面砍伐柳树，朝廷认为雄州知州李中祐没有才能，准备派人取代他。司马光说：“我们的国家在少数民族归附我们的时候，我们和他们计较细枝末节；等到他们桀骜不驯的时候，又听其所为，姑息他们。近来西边的祸害起于高宜，北边的祸害因为赵滋，可是时下却认为这两个人是贤人，所以边境的官吏都以惹是生非为本事，渐渐发展到不可阻挡。应该给边境的官吏下令，在边疆处理小事动辄用武的人，按犯罪论处。”