一天司马光留下来与皇帝说话，皇帝说：“现在天下一片混乱，这大概就是孙叔敖所说的‘国家现在执行的政策，是民众所厌恶的’。”
司马光说：“是的，陛下应当论证其是非。现在条例司所制订的那些条例，唯独王安石、韩绛和吕惠卿认为是对的，陛下怎么能够就与这三个人共同治理天下呢？”皇帝想要重用司马光，征求王安石的意见。王安石说：“司马光外表直言劝谏皇上，内心却在讨好下臣。所说全部是危害国家政务的，和他在一起的人，也都是对国政有危害的人，如果想将司马光安置在身边，让他参预讨论国家大事，这关系到国家走向繁荣还是走向削弱。司马光的才能本来不足以对国政形成危害，但是他处在高位，那些有不同意见的人会倚附他，以他为依托。韩信树起汉的红色旗，赵地士兵的勇气就全没有了。现在任用司马光，就等于是给那些持反对意见的人树红色旗。”
王安石因为韩琦上疏，就呆在家里请求辞职。皇帝于是任命司马光为枢密副使，司马光推辞说：“陛下所以任用我，大概是因为我狂妄直率，也许对国家有点好处。如果仅仅是用俸禄和职位使我荣耀，而不听我的意见，是将官位当作私恩，而不是真正任用人。我只是拿俸禄和职位作为自己的荣耀，而不能拯救百姓于灾难之中，这等于是盗窃国家的名位和车服仪制来为自己谋利。陛下如果真能够罢掉制置条例司，追还提举官，不施行青苗、助役等法令，虽然不任用我，我得到的恩赐也很多了。现在说青苗法害处的，不过是说使者骚动州县，这仅仅是现在的祸患而已。可是我所忧虑的，乃是十年之后，而不是今天的事。一般说来，老百姓的贫富，与他们的勤劳和懒惰有关，懒惰的人常常贫乏，所以必定求助于别人。现在拿出钱借给百姓而指望收取他们的利息，富裕的人不愿意借，而使者又以多借出去为功劳，这一切都是强行分配。国家担心他们拖欠债务，一定要让穷人和富人互相担保，以后贫穷的人不能偿还债务，就会向四方逃走；富裕的人不能离开，一定倒被责令偿还其他人家所欠的债。春天开始到秋天结算，数额一天天增大，贫困的人跑光了，富裕的人也变成穷人了。十年以后，百姓没有能生存的了。现在又全部散发常平仓的钱谷，来实行青苗法，日后如果想要恢复常平仓，有那么容易吗？富裕人家也没有了，常平仓也废了，再加上军队开销，因而很快就会造成饥荒，这样老百姓中那些赢弱的一定会死于沟壑，强壮的一定会聚集起来造反为盗，这是事情发展的必然结果。”他上书陈述达七、八次，皇帝派人对他说：“枢密，是负责军事的，为官各有职责，不应该拿其他事情来推辞自己的本职工作。”司马光回答说：“我没有接受任命，就还是侍从，对于任何事情没有不能说的。”王安石出来主持政事，司马光于是获得请求辞职的机会，于是离开了京城。
司马光以端明殿学士的身份出知永兴军。宣抚使下命令分拨义勇戍守边疆，挑选军队中的骁勇武士，招募市井中那些不怕死的少年为奇兵，并征调百姓制作干粮，全部修筑城池望楼，关辅一带因此而被骚扰，不得安宁。司马光极力呼吁：“国家和人民都困弊疲乏，不可以再生事，京兆一路全部是内郡，修缮并不是当务之急。宣抚的命令，不敢听从，如果说在军事方面缺乏什么，我担负责任。”于是一路独免骚扰。后来，又调他到许州任知州，他急忙朝见皇帝，不想赴任；请求回洛阳西京御史台任职，从此绝口不谈政事。皇上请求进谏的诏令下达以后，司马光读后感动得流了泪，想默不作声又不能自禁，于是他又陈述了六件事，还写信谴责宰相吴充，这些事情见于《吴充传》。
蔡天申担任察访官的时候，作威作福，河南尹、转运使对他恭敬得像对待上司一样；当朝拜谒应天院神御殿时，官府单独为他设了一班，以示不敢与他对抗。司马光回头对台吏说：“把蔡寺丞带回本班。”官吏于是带蔡天申站到监竹木务官富赞善之后，蔡天申很感窘迫和沮丧，当天就离开了。
元丰五年，司马光忽然患言语不流畅的疾病，自己怀疑将离开人世，便预备了遗书，将其放在屋内卧房里，打算一旦病情加重，就将它托好友送给皇上。官制施行，皇帝指着御史大夫说：“非司马光不可。”又打算让他担任东宫太子的师傅。蔡确建议说：“国家的太子刚刚定下来，希望能稍微推迟一下。”这时《资治通鉴》还没有全部完成，皇帝特别注重这本书，认为比荀悦的《汉纪》还要好，皇上多次催促他快些完稿，并把颍邸旧书二千四百卷赏赐给他。书写完后，加授他为资政殿学士。