宋仁宗用于赠送、赏赐的东西，价值竟达百余万。司马光率领同僚三次上书，劝谏说：“国家还有大的忧患，内外贫乏，不可专门效仿乾兴的旧事。如果必须赠送、赏赐，应准许大臣向上进献所得赏赐金钱来帮助营建山陵。”皇上没有答应。司马光便把皇上赏赐的珠宝作为谏院的办公费，黄金送给舅家，坚决不肯自己留在家里。皇后归政后，有关部门制订法律，规定皇后想要的东西，要上奏两次才供给。司马光说：“应该转交给有关的部门来负责供给，并要如数告诉皇后，防止有人从中作弊。”
曹佾没有什么功劳被任命为使相，两府都升官。司马光说：“皇帝陛下想要慰藉母亲的心，而提拔无名之辈，这样守卫的老将、侍奉的小臣，一定会有所希冀。”不久，又晋升都知任守忠等官员，司马光又争辩，他议论说：“任守忠是个大奸臣，陛下被立为皇子，也不是任守忠的意思，他阻止和破坏重大决策，破坏各种事情，幸好先帝没有听从；等到陛下继承皇位后，他又多次干坏事，是国家的大贼。请将斩首于都市，以答谢天下。”由于他的这一议论，任守忠被贬为节度副使，让他到蕲州，天下人对此都感到高兴。
皇上下诏征发陕西义勇二十万人，百姓为此惊扰，而且这些人纪律混乱，根本就不能任用。司马光慷慨激昂地加以评论，把情况告诉韩琦，韩琦说：“用兵贵在先声夺人，谅祚现在正桀骜不训，如果他听说一下增兵二十万，难道不会感到震惊害怕吗？”司马光说：“用兵之所以贵在先声夺人，是因为这毕竟不真实，仅可以欺骗一时罢了。现在我们虽然增兵，实际上这些兵不堪用，不超过十天，他们就会知道我们的实情，人家还会有什么可怕的呢？”韩琦说：“你只看到庆历年间乡兵打了胜仗，担心现在又会像那样，现在已下圣旨与百姓约定，永远不再充军防守边防。”司马光说：“朝廷曾经失信于民，老百姓不会相信，即使我司马光也不能不怀疑。”韩琦说：“我在这个位置上，你不要有忧虑。”司马光说：“您在这里，可以这样，他日别人处在这个位置，因为公事征兵，招兵运粮、守边，这些都是易如反掌的事。”韩琦不再作声，可事情也就这样了，也并没有停止老百姓的兵役。还不到十年，就都像司马光所忧虑的情形了。
王广渊被安置到集贤院，司马光认为他奸邪不可亲近，说：“过去汉景帝重用卫绾，周世宗不看重张美。王广渊在仁宗在世时，私自结交陛下，难道可以说是忠臣吗？应该贬黜他，以严肃天下。”不久司马光被提升为龙图阁直学士。
宋神宗即位后，司马光又被提拔为翰林学士，司马光极力推辞。皇帝说：“古时候的君子，有的有学问而不写文章，有的写文章而无学问，只有董仲舒、扬雄二者兼之。你有文章、学问，为什么要推辞呢？”司马光回答说：“我不能作四六骈体文。”皇帝说：“就像两汉的诏书就可以了；何况你能在进士考试中获得很高名次，却说不能作四六骈文，这是为什么？”终究推辞不掉。
御史中丞王陶因为议论宰相不值日而被罢官，让司马光代替他。司马光说：“王陶由于议论宰相被罢免了官职，那么御史中丞我现在不能担任。我希望等到宰相值日后，再来就职。”他的话被答应了。他又上书谈论修心的三个要领：仁、明、武；治国的三个主要问题：任人、信赏、必罚。他的议论十分周详。他还说：“我事奉三朝皇帝，都以这六句话为中心进献忠言，我一生努力学习所获得的，都在这里。”他任音乐院内臣，宋朝常常任用供奉官以下的官吏，调到内殿做一段时间的领班就调出去了；但近年有的官吏暗中领取国家财物，这不是祖宗的本意。因此，司马光议论说高居简是奸邪之人，请求疏远和流放他。他接连上了五次奏章，皇帝终于罢黜了高居简，并全部罢免了那些转寄资财为自己牟取私利的人，后来留下二人，司马光又极力抗争。张方平担任参知政事，司马光说他与众望不符，皇帝没有听从。但继续让他担任翰林兼侍读学士。
司马光常常忧虑历代史书繁浩，君主无法全部浏览，于是他撰写《通志》八卷，呈献给皇上。英宗看了十分高兴，下令置局秘阁，让他继续写这部书。宋神宗并赐名为《资治通鉴》，还为这部书亲自撰写《序》，让人每天为他进读。
朝廷下诏录用颍邸直省官四人为閤门祗侯，司马光说：“朝廷在刚建立的时候，大政施展困难，所以必须使用左右旧人作为心腹耳目，把他们叫做随龙，但这并不是平时的常法。閤门祗侯在文臣是馆职，怎么可以让服役的仆人担任呢？”