五年，之锡卒，以贵州总督杨茂勋为河道总督。六年，决桃源烟墩、萧县石将军庙，逾年塞之。又决桃源黄家嘴，已塞复决，沿河州县悉受水患，清河冲没尤甚，三汊河以下水不没骭。黄河下流既阻，水势尽注洪泽湖，高邮水高几二丈，城门堵塞，乡民溺毙数万，遣官蠲赈。冬，命明珠等相视海口，开天妃、石闼、白驹等闸，毁白驹奸民闭闸碑。
八年，决清河三汊口，又决清水潭。副都御史马绍曾、巡盐御史李棠交章劾茂勋不职，罢之，以罗多为河道总督。九年，决曹县牛市屯，又决单县谯楼寺，灌清河县治。是岁五月暴风雨，淮、黄并溢，撞卸高堰石工六十馀段，冲决五丈馀，高、宝等湖受淮、黄合力之涨，高堰几塌，淮阳岌岌可虞。工科给事中李宗孔疏言：“水之合从诸决口以注於湖也，江都、高、宝无岁不防堤增堤，与水俱高。以数千里奔悍之水，攻一线孤高之堤，值西风鼓浪，一泻万顷，而江、高、宝、泰以东无田地，兴化以北无城郭室庐。他如渌阳、平望诸湖，浅狭不能受水。各河港疏濬不时，范公堤下诸闸久废，入海港口尽塞。虽经大臣会阅，严饬开闸出水，而年深工大，所费不赀，兼为傍海奸灶所格，竟不果行。水迂回至东北庙湾口入海，七邑田舍沈没，动经岁时。比宿水方消，而新岁横流又已踵至矣。”御史徐越亦言高堰宜乘冬水落时大加修筑。於是起桃源东至龙王庙，因旧址加筑大堤三千三百三十丈有奇。腊后冰解水溢，沿河村舍林木剷刷殆尽。
十年春，河溢萧县。六月，决清河五堡、桃源陈家楼。八月，又决七里沟。以王光裕总督河道。光裕请复明潘季驯所建崔坝镇等三坝，而移季太坝於黄家嘴旧河地，以分杀水势。是岁，茆良口塞。十一年秋，决萧县两河口、邳州塘池旧城，又溢虞城，遣学士郭廷祚等履勘。十二年，桃源七里沟塞。十三年，决桃源新庄口及王家营，又自新河郑家口北决。十四年，决徐州潘家塘、宿迁蔡家楼，又决睢宁花山坝，复灌清河治，民多流亡。十五年夏，久雨，河倒灌洪泽湖，高堰不能支，决口三十四。漕堤崩溃，高邮之清水潭，陆漫沟之大泽湾，共决三百馀丈，扬属皆被水，漂溺无算。上遣工部尚书冀如锡、户部侍郎伊桑阿访究利病。是岁又决宿迁白洋河、于家冈，清河张家庄、王家营，安东邢家口、二铺口，山阳罗家口。塞桃源新庄。
十六年，如锡等覆陈河工坏溃情形，光裕解任勘问。以安徽巡抚靳辅为河督。辅言：“治河当审全局，必合河道、运道为一体，而后治可无弊。河道之变迁，总由议治河者多尽力於漕艘经行之处，其他决口，则以为无关运道而缓视之，以致河道日坏，运道因之日梗。河水裹沙而行，全赖各处清水并力助刷，始能奔趋归海。今河身所以日浅，皆由从前归仁堤等决口不即堵塞之所致。查自清江浦至海口，约长三百里，向日河面在清江浦石工之下，今则石工与地平矣。向日河身深二三四丈不等，今则深者不过八九尺，浅者仅二三尺矣。河淤运亦淤，今淮安城堞卑於河底矣。运淤，清江与烂泥浅尽淤，今洪泽湖底渐成平陆矣。河身既垫高若此，而黄流裹沙之水自西北来，昼夜不息，一至徐、邳、宿、桃，即缓弱散漫。臣目见河沙无日不积，河身无日不加高，若不大修治，不特洪泽湖渐成陆地，将南而运河，东而清江浦以下，淤沙日甚，行见三面壅遏，而河无去路，势必冲突内溃，河南、山东俱有沦胥沈溺之忧，彼时虽费千万金钱，亦难剋期补救。”因分列大修事宜八：曰取土筑堤，使河宽深；曰开清口及烂泥浅引河，使得引淮刷黄；曰加筑高家堰堤岸；曰周桥闸至翟家坝决口三十四，须次第堵塞；曰深挑清口至清水潭运道，增培东西两堤；曰淮扬田及商船货物，酌纳修河银；曰裁并河员以专责成；曰按里设兵，画堤分守。廷议以军务未竣，大修募夫多，宜暂停。疏再上，惟改运土用夫为车运，馀悉如所请。
於是各工并举。大挑清口、烂泥浅引河四，及清口至云梯关河道，创筑关外束水堤万八千馀丈，塞于家冈、武家墩大决口十六，又筑兰阳、中牟、仪封、商丘月堤及虞城周家堤。明年，创建王家营、张家庄减水坝二，筑周桥翟坝堤二十五里，加培高家堰长堤，山、清、安三县黄河两岸及湖堰，大小决口尽塞。优诏褒美。十八年，建南岸砀山毛城铺、北岸大谷山减水石坝各一，以杀上流水势。二十年，塞杨家庄，盖决五年矣。是岁增建高邮南北滚水坝八，徐州长樊大坝外月堤千六百八十九丈。