大修至是已三年，河未尽复故道，辅自劾。部议褫职，上命留任。二十一年，决宿迁徐家湾，随塞。又决萧家渡。先是河身仅一线，辅尽堵杨家庄，欲束水刷之，而引河浅窄，淤刷鼎沸，遇徐家湾堤卑则决，萧家渡土松则又决。会候补布政使崔维雅上河防刍议，条列二十四事，请尽变辅前法。上遣尚书伊桑阿、侍郎宋文运履勘，命维雅随往。维雅欲尽毁减水坝，别图挑筑。伊桑阿等言辅所建工程固多不坚，改筑亦未必成功。辅亦申辨“工将次第告竣，不宜有所更张”。并下廷议。因召辅至京，辅言“萧家口明正可塞，维雅议不可行”，上是之，命还工。二十二年春，萧家渡塞，河归故道。明年，上南巡阅河，赐诗褒美。
二十四年秋，辅以河南地在上游，河南有失，则江南河道淤淀不旋踵。乃筑考城、仪封堤七千九百八十九丈，封丘荆隆口大月堤三百三十丈，荥阳埽工三百十丈，又凿睢宁南岸龙虎山减水闸四。上念高邮诸州湖溢淹民田，命安徽按察使于成龙修治海口及下河，听辅节制。旋召辅、成龙至京集议。成龙力主开濬海口；辅言下河海口高内地五尺，应筑长堤高丈六尺，束水趋海。所见不合，下廷臣议，亦各持一说。上以讲官乔莱江北人，召问，莱言辅议非是。因遣尚书萨穆哈等勘议，还言开海口无益。会江宁巡抚汤斌入为尚书，询之，斌言海口开则积水可泄，惟高邮、兴化民虑毁庐墓为不便耳。乃黜萨穆哈，颁内帑二十万，命侍郎孙在丰董其役。时又有督修下河宜先塞减水坝之议，上不许。召辅入对，辅言南坝永塞，恐淮弱不敌黄强，宜於高家堰外增筑重堤，截水出清口不入下河，停丁溪等处工程。成龙时任直抚，示以辅疏，仍言下河宜濬，修重堤劳费无益。议不决。复遣尚书佛伦等勘议，佛伦主辅议。二十七年，御史郭琇劾辅治河无绩，内外臣工亦交章论之，乃停筑重堤，免辅官，以闽浙总督王新命代之，仍督修下河，镌在丰级，以学士凯音布代之。
明年，上南巡，阅高家堰，谓诸臣曰：“此堤颇坚固，然亦不可无减水坝以防水大冲决。但靳辅欲於旧堤外更筑重堤，实属无益。”并以辅於险工修挑水坝，令水势回缓，甚善。车驾还京，复其官。三十一年，新命罢，仍令辅为河督。辅以衰疾辞，命顺天府丞徐廷玺副之。辅请於黄河两岸值柳种草，多设涵洞，俱报可。是冬，辅卒，上闻，叹悼，予骑都尉世职。以于成龙为河督。
越二年，召询成龙曰：“减水坝果可塞否？”对曰：“不宜塞，仍照辅所修而行。”上曰：“如此，何不早陈？尔排陷他人则易，身任总河则难，非明验耶？”三十四年，成龙遭父忧，以漕督董安国代之。明年，大水，决张家庄，河会丹、沁偪荥泽，徙治高埠。又决安东童家营，水入射阳湖。是岁筑拦黄大坝，於云梯关挑引河千二百馀丈，於关外马家港导黄由南潮河东注入海。去路不畅，上游易溃，而河患日亟。三十六年，决时家马头。明年，仍以成龙为河督。三十八年春，上南巡，临视高家堰等堤，谓诸臣曰：“治河上策，惟以深浚河身为要。河底浚深，则洪泽湖水直达黄河，兴化、盐城等七州县无汎滥之患，田产自然涸出。若不治源，治流终无裨益。今黄、淮交会之口过於径直，应将河、淮之堤各迤东湾曲拓筑，使之斜行会流，则黄不致倒灌矣。”
明年，成龙卒，以两江总督张鹏翮为河督。是岁塞时家马头，从鹏翮先疏海口之请，尽拆云梯关外拦黄坝，赐名大清口；建宿迁北岸临黄外口石闸，徐州南岸杨家楼至段家庄月堤。四十一年，上谓永定河石堤甚有益，欲推行黄河两岸，自徐州至清口皆修石堤。鹏翮言“建筑石工，必地基坚实。惟河性靡常，沙土松浮，石堤工繁费钜，告成难以预料”。遂作罢。四十二年，上南巡，阅视河工，制河臣箴以赐鹏翮。秋，移建中河出水口於杨家楼，逼溜南趋，清水畅流敌黄，海口大通，河底日深，黄水不虞倒灌。上嘉鹏翮绩，加太子太保。四十六年八月，决丰县吴家庄，随塞。明年，鹏翮入为刑部尚为，以赵世显代之。四十八年六月，决兰阳雷家集、仪封洪邵湾及水驿张家庄各堤。
六十年八月，决武陟詹家店、马营口、魏家口，大溜北趋，注滑县、长垣、东明，夺运河，至张秋，由五空桥入盐河归海。自河工告成，黄流顺轨，安澜十馀年矣，至是遣鹏翮等往勘。九月，塞詹家店、魏家口；十一月，塞马营口。世显罢，以陈鹏年署河道总督。六十一年正月，马营口复决，灌张秋，奔注大清河。六月，沁水暴涨，冲塌秦家厂南北坝台及钉船帮大坝。时王家沟引河成，引溜由东南会荥泽入正河，马营堤因无恙。鹏年复於广武山官庄峪挑引河百四十馀丈以分水势。九月，秦家厂南坝甫塞，北坝又决，马营亦漫开；十二月，塞之。