秀成由临浦陷萧山，再由萧山塘路窜杭州，陷诸暨、绍兴府城，分窜新昌、嵊县。上虞、馀姚均先后失守。国荃连破运漕镇及东关镇，镇在无为、含山之界，外濒大江，内连巢湖，寇粮皆屯於此，上济安庆、庐州，下输金陵，为南北锁钥。伪巨王洪某率众五六千，并炮船数十，守之。寇失此益胆落。
十月，楚军克复随州。湖北自黄州、德安复后，惟随州以孙捻援应，扰及襄阳，凭坚死抗。官文击退豫捻，复用降将刘维桢取黄州计，诱寇出城败之，克复州城。多隆阿收舒城、庐江，李续宜部将蒋凝学屯六安、霍山，宗棠屯婺源，张运兰等屯徽州，李元度新军出广信，寇悉赴浙江，而皖南寇聚保庐州。宗棠议大举援浙，浙寇猖獗，全省糜烂，逼近省垣。
上命曾国藩管辖江苏、安徽、江西、浙江军务。秀全见各省攻讨严剧，迭克名城，金陵唾手可下，乃大惧，令秀成、侍贤分途窜扰，分我兵力。秀成窜浙江，叠陷各郡邑，直至馀杭，浙省戒严。寇从塘路抵杭州，扑武林门外卖鱼桥，踞我营卡。寇队寻大至，运粮道阻。提督张玉良来援，与城军夹守。寇乃自海潮寺至凤凰山，环木栅实土其中为坚壁，使城外隔绝，日以枪炮轰城。玉良攻木栅，中炮死。内外兵益惧，而城中久乏粮，人多饿死。自萧山、诸暨等城陷后，援兵路绝。寇寻陷奉化、台州，十一月，由慈谿犯陷镇海。台州寇分股陷黄岩、宁波，会同辅清由浙江严州遂安逾岭回窜徽州，复蔓延衢属开化，其谋在深入江、皖腹地，阻我援浙之师。
宗棠於广德奉督办浙江军务之命，以寇围徽郡，当入浙后路，遣军至婺源，会防军援剿。辅清大举分犯徽州、休宁，两败於屯谿、篁墩，遂趋南路，迳逼严郡；而秀成已陷杭州，满城亦相继失守。辅清率宁国寇围攻徽州、休宁两城，伪成天安窜休宁之屯谿，寻又窜篁墩。十二月，总兵张运桂坚守徽城待援，乘间出击破寇垒。寇复踞屯谿、市街、潜口一带，以绝徽军粮道。国藩调总兵朱品隆驰赴休宁，与唐义训先破屯谿街口寇卡，毁河边四垒，进平石桥、潜口寇巢，寻派军护粮赴徽。寇由万安街分股包抄，我军奋击之，寇不敢遏。张运桂以严市街为寇踞，粮道梗阻，与休宁军会商兜剿，毁寇十馀垒，辅清受伤。值除夕大雪，寇掠无所得，悉遁去，围立解。
是月提督李世忠克复天长、六合。寇自八年踞六合，屡攻不下。黄雅冬思反正，潜约世忠先削其外垒，而己为内应。世忠自滁州至六合，遂大破寇垒，斩冯匊林，直造城下。黄雅冬倒戈，纵火拔关，我军拥入城，擒斩冲天福林国安、顶天燕江玉城、攀天福魏正福五十馀人，皆悍党也。诏黄雅冬更名朝栋。世忠以黄朝栋密约天长寇陈世明为内应，朝栋所部未尽薙发，诈为援寇进城下，世明拔关纳军，遂克之。
是岁汀州寇窜陷连城，分窜上杭。江西寇复阑入武平境，时寇谋分股：一图窥龙、岩，一由清流、宁化扰延平、邵武。总督庆端以延平为全省关键，驰往驻札；克连城，进攻汀州，创洪容海，克之。而江西续窜武平之寇，亦为副将林文察等击败。国藩疏请饬庆端严守浦城，俾寇不得由闽境窜江西。
同治元年正月，是时浙、苏两省膏腴尽为寇有，全浙所存，尚有湖州、海宁两城，又孤悬贼中，独衢州一府尚可图存。国藩疏荐福建延邵建宁道李鸿章署理江苏巡抚，别立一军，由沪图苏；以围攻金陵属曾国荃，以浙事属左宗棠。於是东南寇势日就衰熄。世忠攻江浦，约刘元成、单玉功为内应，杀伪报王、伪宗王、操天福等七十馀名，立复江浦；至浦口，复克其城。自江、浙两省寇纠众数十万，并力东犯，连陷奉贤、南汇、川沙等厅县，烽火遍浦东，逼上海。各隘防军遇寇辄溃走。寇既为法船所击退，踞天马山陈防桥，复为李恒嵩所破，败入青浦城中。其浦东大股踞高桥，欲断我要隘。美人华尔、白齐文扑寇巢，毁其壁，进攻浦东、浦南，大破之。寻嘉定、青浦寇进逼七宝，以窥上海围防军郭太平营。薛焕督军解其围，甫还军，寇复大至。
李鸿章率湘淮军援江苏，营上海城南。黄翼升统水师相继至。宗棠出岭攻开化，杨辅清纠众踞张村、银坑、石佛岭，窥伺衢州，连战走之，阵斩蓝以道，开化肃清。九洑洲寇窜江浦、浦口、和州，分党犯桥林。二月，嘉善、平湖寇水陆犯金山、洙泾，七日，陷之。松江、上海俱震。东梁山伪爱王黄崇发、西梁山伪亲王某、裕谿口伪善王陈观意纠合雍家镇寇，分股上窜五显庙、水家村、汤家沟，水师李成谋登岸破之，斩黄崇发。初，宗棠既克开化，进军常山璞石，侦李侍贤嗾寿昌兰谿寇纠遂安恭天义赖连绣犯开化马金，谋长围困我。宗棠回攻遂安，乘援寇未集，先剿克之。