初，武昌久不下，林翼谓战易攻难，以分兵牵寇断其援路为要。是月，唐训方等败石达开於葛店。寇增召战舰复犯葛店，蒋益澧总六营往，逆战，克之。追奔至樊口，合水师燔其船，入武昌县城。石达开愤樊口之败，大集党万馀，由广济、蕲水、黄冈至汉镇，密约伪丞相锺某坚守以待。官文获其伪谍，令都兴阿、多隆阿马步兜击，寇大溃。我军乘胜攻黄州，不能克。舒兴阿、舒保等将马队四百人渡江，寇於青山、鲁港间增十三垒相持。水陆合击破之，追奔至葛店。寇慑於骑军，乃大奔。自是水陆马步相辅，军势日盛，益募陆军五千、水军十营，增长围困之。武昌、汉阳同克复，击毙伪丞相锺某、伪指挥刘满，生擒伪将军、师帅、旅帅、两司马五百馀名。武昌寇分七队突门出，生擒伪检点古文新等四人，毙先锋悍党八百馀，死两万有奇。盖武汉自五年三月失守，至是已二十馀月矣。寻复武昌县、黄州、兴国、大冶、蕲州，民兵复蕲水、广济、黄梅。陈师九江城下。十二月，国藩至九江劳军，议统水师决取九江，以联络内外。乃派千总张金璧等复建昌。李续宾追寇东下，复瑞昌。进攻九江，派军复德安。刘长祐由袁州赴分宜，寇退踞新喻溪，遇之宝山，降将李能通匹马冲阵，寇退入城，我军随之人，寇出东门遁。湖南援军将刘拔元等收永宁、永新、莲花厅、崇义、上犹。
寇陷镇江至是四年矣，是年京口为张国樑所迫，秀清命四伪丞相李秀成、陈玉成、陈仕章、涂镇兴往援。秀成欲一人渡江，潜往京口，约兵夹击，无敢应者。玉成乃夜乘小舟潜越水寨，纵兵击国樑军，秀成登高见城中兵出，遣镇兴、仕章当敌，而自率奇兵绕国樑军后击之。乘胜击丹徒，和春败走，遂渡瓜洲攻扬州，陷之。托明阿军溃退北路，诏德兴阿代领其军。伪顾王吴如孝守镇江，分兵踞高资。古尔杭阿檄知府刘存厚扼之，金陵寇大恐。秀清遣悍党数万出句容来援，吉尔杭阿中炮死。存厚翼其尸不得出，亦战死。向荣急遣张国樑会救，克之。秀成以扬州孤悬江北，留守不便，遂弃去，窜回金陵。
当是时，向荣、张国樑负众望，称江南劲旅。然频年征战，餽饷乖时，士卒常忍饥赴敌，颇缺望，又分兵四出，所部兵力过单。杨秀清知可乘，请於秀全，定夹攻大营之策。五月，密约吴如孝率镇江寇自东而西，拊大军之背；金陵寇自西而东与相应，更命溧水、金柱关诸寇旁出横截。秀清自率劲旅出广济门，先遣赖汉英率紫荆山诸党攻七桥瓮以挑之。向荣、张国樑狃常胜，并力截杀，汉英忽少卻，向荣益策大军赴敌。吴如孝以镇江党突薄之，大营空虚，守兵惊散。向荣见大营火起，退无所据，军立溃。寇数路乘之，大军死伤遍地。国樑独以身翼荣出，稍收败卒退保丹阳。寇筑垒围之，向荣以病不能进，乃以军事付国樑，一恸而绝。
向荣既死，寇举酒相庆，颂秀清功。秀全益深居不出，军事皆决於秀清，文报先白其府，刑赏黜陟皆由之，出诸伪王上。如韦昌辉、石达开虽同起草泽，比於裨将。大营既溃，南京无围师。秀清自以为功莫与京，阴谋自立，胁秀全过其宅，令其下呼万岁。秀全不能堪，因召韦昌辉密图之。昌辉自江西败归，秀清责其无功，不许入城；再请，始许之。先诣秀全，秀全诡责之，趣赴伪东王府请命，而阴授之计，昌辉戒备以往。既见秀清，语以人呼万岁事，昌辉佯喜拜贺，秀清留宴。酒半，昌辉出不意，拔佩刀刺之，洞胸而死。乃令於众曰：“东王谋反，吾阴受天王命，诛之。”因出伪诏，糜其尸咽群贼，令闭城搜伪东王党歼焉。东党恟惧，日与北党相斗杀，东党多死亡逃匿。秀全妻赖氏曰：“除恶不尽，必留后祸。”因说秀全诡罪昌辉酷杀，予杖，慰谢东党，召之来观，可聚歼焉。秀全用其策，而突以甲围杀观者。东党殆尽，前后死者近三万人。
时石达开在湖北洪山，黄玉昆在江西临江，闻乱趋归。达开颇诮让昌辉，昌辉怒，将并图之。达开縋城走宁国，昌辉悉杀其母妻子女。秀全责以太过，昌辉负诛秀清功大，不服，率其党围攻伪天王府，秀全兵拒败之。昌辉遁，渡江为逻者所获，缚送金陵磔之，夷其族，传首宁国。甘言召达开回，既至，或谓达开兵众功高，请留之京师，解其兵柄，否则又一杨秀清也。秀全心动，乃命如秀清故事辅朝政。达开危惧不自安，其党张遂谋曰：“王得军心，何郁郁受人制？中原不易图，曷入川作玄德，成鼎足之业？”达开从之，乃还走安徽，约陈玉成、李秀成偕行，二人不从，益不能还金陵。於是始起事诸悍党略尽，乃以伪春官正丞相蒙得恩为正掌率，调度军事；伪成天豫陈玉成为右正掌率，伪合天侯李秀成为副掌率，兵事专属秀成、玉成，均听蒙得恩节制；而内政则秀全兄弟伪安王洪仁发、伪福王洪仁达操之。