十二月，无为寇纠合安庆、芜湖诸党东下，图解镇江之围。芜湖下至扬州，沿江汊河套港皆寇通薮。向荣檄水师溯江会攻，败之神塘河，又败裕溪口援寇於陶阳浦，生擒伪检点赵元发、伪将军王化兴等数十名。十二日，秀全遣李秀成等援镇江，我军御之石埠桥，寻由江州下窜下蜀街。先是杨秀清调上游芜湖，江北和、含及庐州众还江宁，统以李秀成及伪丞相陈玉成、伪春官丞相涂镇兴、伪夏官副丞相陈仕章、伪夏官正丞相周胜坤，取道栖霞、石埠，而豫遣城寇四出絓我军。向荣大营存兵不敷分布，檄芜湖邓绍良分军为张国樑、秦如虎应援，令吴全美以师船攻大胜关，以分敌势。明安泰严堵秣陵关，咨吉尔杭阿等守丹阳，以固苏、常要隘。初，泽南既去江西，石达开乘虚复入义宁，败江西官军，陷新昌、瑞州、临江、袁州、安福、分宜、万载。江西、湖北隔绝，军势不能复振。曾国藩飞调副将周凤山统九江全军往援，遇寇樟树镇，以钩连枪败其藤簰手，并会水师毁敌船，新淦寇闻风窜走，遂复其城。
六年正月，石达开陷吉安，乃由湖北入通城。达开悍而多诈，肆扰江西，不急犯省城，不直指南康，先旁收郡县，遍置伪官，迫其土民，劫以助逆，因粮因兵，愈蔓愈广。其陷瑞州者为伪检点赖裕新，先陷袁州者为伪豫王胡以晃，先攻临江后攻吉安者为伪春官丞相张遂谋。广东土匪入江西者，以周培春党为众。又匪目葛耀明、邓象等均於瑞州入达开大股之中，匪目王义潮、刘梦熊分屯吉安、泰和，亦与达开合并为一。达开久居临江，为上下適中之地，凶悍之众，皆萃於此。南则窥伺赣州、南安以通粤匪，北则踞守武宁、新昌以通九江。达开进攻南昌，周凤山以九江全军守樟树镇。时达开众才数千馀，乃张灯火山谷间为疑兵，率敢死士乘夜来袭，我军不战而溃。凤山走南昌，国藩亦移军省城。秀全益以皖、赣诸事付达开，寻陷进贤、东乡、安仁，破抚州。未几，建康、南昌相继失。泽南念国藩艰危，日夜忧愤，督战益急。秦日纲婴城待援，士卒多伤亡，阴穴城为突门。会达开率九江援党至，开城迎之。泽南要之突门，寇出直冲泽南军。泽南三退三进，军几溃，枪丸中左额，收军还，创发而殁。以李续宾领其众。
续宾初建议分屯窑弯绝寇粮，既代泽南，仍屯洪山，以游兵巡窑弯、塘角间。古隆贤率万人来援武昌，约城寇举燧为识，林翼谍知，佯举火，城寇出，陷伏大败。达开援众号十万，林翼分水陆力战，焚敌船七十，平八十垒。武昌寇大窘，城守益固。而江西请师日数至，义宁寇复犯崇通，九江寇合兴国、大冶土寇自武昌县进至葛店，谋袭巡抚大营。林翼以江西待援，分军四千一百人，以国藩弟国华统之，率刘腾鸿、刘连捷等道义宁，收咸宁、蒲圻、崇阳、通城、上高。湖南所遣援军将刘长佑收萍乡，萧启江收万载。国藩命李元度收东乡，周凤山等收进贤，刘子淳收丰城。五月，毕金科将千人防饶州，陷，旋收复。黄虎臣将三千五百人攻建昌，遇寇死。六月，彭玉麟收复南康。七月，刘腾鸿至瑞州，战寇，走之。
是时江西列县陷者四十馀城，广东和平土寇犯定南、安远、信丰、长宁、上犹、崇义、雩都，省城不能救，军报数月不相闻。瑞州居江、湘之冲，有南北城，中隔一河。刘腾鸿援南城，韦昌辉自临江来援，至北城，遽挑战，腾鸿乘其弊攻之，从北岸渡河抄其后，南城兵角其前，寇大败。至是江湖路通，自长沙以至南昌无道梗忧。寇自陷吉、袁、瑞、临诸府，大修战船，议秋间围攻省城。瑞、临寇船出而下，湖口寇船入而上，困我水师，复於生米口筑立坚垒。七月，由松湖带战船三十馀艘、陆寇千馀，将抵瑞河口，我水师侦知，豫钉排椿。寇甫至，我军冲入，纵火焚之，复堵城寇於临江口，焚其船垒。生米口之寇闻之亦遁。八月，刘腾鸿等败临川伪指挥黄某，收复靖安、安义。宁都土寇袭陷建昌、铅山、贵溪，围广信。浙将饶廷选赴援，寇遁走。时江西寇势浩大，党类众多，欲以全力困江西。自去年十一月至本年二月，以石达开为主；三、四、五月，以黄玉昆为主；六、七月，以韦昌辉为主。九江则林启容，瑞州则赖裕新，湖口则黄文金，抚州则三检点，建昌则张三和，袁州则李能通，皆剧寇也。统计江西境内近十万人。
九月，国藩视师瑞州，李元度以抚州不克，饷益绌，乃分军略旁县募粮，且分寇势，遂收宜黄，复崇仁。是日城寇出攻江军，林原恩败死，元度突围免。抚州军俱溃，元度移屯贵溪。十月，复陷宜黄、崇仁，分陷金溪。福建援军将张从龙援建昌，军溃，特诏起黄冕知吉安府，率军往，以国藩弟国荃为军主。当是时，江西军分为四，湘军最强。国藩居水军中，刘长祐屯袁州，派队攻克分宜，援寇路绝。十一月，伪将李能通启西门纳官军，袁州复。国荃收安福。江西诸军稍振。