要求用精练的兵作战。当时将帅都在这要求下纷纷募兵训练，内中最著名的如戚继光：
继光至浙时，见卫所兵不习战，而金华、义乌俗称剽悍，请召募三千人，教以击刺法，长短兵迭用，由是继光一军特精。又以南方多薮泽，不利驰逐，乃因地形制阵法，审步伐便利，一切战舰、火器、兵械，精求而更置之，“戚家军”名闻天下。（《明史》卷二一二《戚继光传》）
谭纶：
东南倭患已四年，朝议练乡兵御贼。参将戚继光请期三年而后用之。纶亦练千人。立束伍法，自裨将以下节节相制。分数既明，进止齐一，未久即成精锐。……益募浙东良家子教之。而继光练兵已及期，纶因收之以为用，客兵罢不复调。（《明史》卷二一二《谭纶传》）
同时张鏊募兵名振武营[48]，郑晓[49]、朱先[50]募盐徒为兵。名将俞大猷所练兵名俞家军[51]，都卓有成效，在几年中完全肃清了倭寇。
在另一方面，北边的边军也渐渐地用募兵来代替和补充世军。《明史》卷二〇四《陈九畴传》：
世宗即位，巡抚甘肃。抵镇言：“额军七万余，存者不及半，且多老弱，请令召募。”报可[52]。
嘉靖二十九年又令蓟镇自于密云、昌平、永平、遵化募兵一万五千（《大明会典》卷一二九）。隆庆二年以戚继光为总兵官练蓟镇兵，募浙兵三千作边军模范（《明史》卷二一二《戚继光传》）。后又续募浙兵九千余守边，边备大饬（《明史》卷二一二《谭纶传》）。甚至京军也用募兵充伍：
嘉靖二十九年，遣四御史募兵畿辅、山东、山西、河南，得四万人，分隶神枢、神机（《明史》卷八九《兵志》一）。
从此以后，以募兵为主力，卫军只留空名，置而不用[53]。时人以为募兵较世军有十便：
年力强壮者入选，老弱疲癃，毋得滥竽其中，便一。一遇有缺伍，朝募而夕补，不若清勾之旷日持久，便二。地与人相习，无怀故土逃亡之患，便三，人必能一技与善一事者方得挂名什伍，无无用而苟食者，便四。汰减之法，自上为政，老病不任役者弃之，不若祖军顶替，有贿官识而瞒年岁者，便五。部科遴拣，一朝而得数什百人，贪弁不得缘以勒掯需索，便六。有事而强壮者，人可荷戈，不烦更为挑选，便七。家有有力者数人，人皆得为县官出力，不愿者勿强也，便八。壮而不能治生产者，得受糈于官，无饥寒之患，便九。猛健豪鸷之材，笼而驭之，毋使流为奸宄盗贼，便十。（《客座赘语》卷二）
万历末年建州勃兴，辽、沈相继失守，募兵愈多，国库日绌。募来的兵多未经严格训练，又不能按时发饷，结果也和卫军一样，逃亡相继。熊廷弼《辽左大势久去疏》：
辽东见在兵有四种：一曰募兵，佣徒厮役，游食无赖之徒，几能弓马惯熟？几能膂力过人？朝投此营，领出安家月粮而暮逃彼营；暮投河东，领出安家银两而朝投河西。点册有名，及派工役而忽去其半；领饷有名，及闻告警而又去其半，此募兵之形也。（《熊襄愍公集》卷三）
甚至内地兵尚未出关，即已逃亡[54]。在辽就地所募兵，得饷后即逃亡过半[55]。天启时以四方所募兵日逃亡，定法摄其亲属补伍（《明史》卷二五六《毕自严传》）。也只是一个空头法令，实际上并不能实行。稍一缺饷，则立刻哗变，崇祯元年川、湖兵戍宁远时，以缺饷四月大噪，余十三营起应之，至缚系巡抚毕自严（《明史》卷二五六《袁崇焕传》）。“流寇”起后，内外交逼，将帅拥兵的都只顾身家，畏葸不敢作战。政府也曲意宽容，极意笼络，稍有功效，加官封爵，唯恐不及。丧师失地的却不敢少加罪责，唯恐其拥兵叛乱，又树一敌。由此兵骄将悍，国力日蹙[56]。诸将中左良玉兵最强，拥兵自重，跋扈不肯听调遣，《明史》说他：
多收降者以自重，督抚檄调，不时应命……壁樊城，大造战舰，驱襄阳一郡人以实军，诸降贼附之，有众二十万。……福王立……南都倚为屏蔽。良玉兵八十万，号百万，前五营为亲军，后五营为降军。每春秋肄兵武昌诸山，一山帜一色，山谷为满。军法用两人夹马驰，曰“过对”，马足动地殷如雷，声闻数里。诸镇兵唯高杰最强，不及良玉远甚。（《明史》卷二七三《左良玉传》）
一人拥兵八十万，当时号为左兵。在崇祯时代他为要保全私人实力，不听政府调遣。福王立，他又发动内战，以致清兵乘虚直捣南京。其他镇将如高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐在北都亡后，拥兵江北，分地分饷，俨然成为藩镇。他们不但以武力干涉中央政事，还忙于抢夺地盘，互相残杀。高杰、黄得功治兵相攻，刘泽清、刘良佐、许定国则按兵不动。后来许定国诱杀高杰，以所部献地降清，刘泽清、刘良佐也不战降附，黄得功兵败自杀，南都遂亡。