可以说，汉献帝登基之后还未来得及感谢董卓这个大恩人，一切就改变了，董卓控制了朝廷，也控制了他这个新皇帝。他不过是个空头的天子，是董卓举给各路诸侯看的一个招牌，不要说重整祖业，就连起码的尊严也不能保障。这时的献帝只能做一些手头的小事，然而这些小事反而说明了献帝绝非平庸之辈。兴平元年（194），天大旱，长安城内谷一斛值钱50万，人相食。献帝令侍御史侯汶开仓济民，但饿死者如旧，献帝怀疑侯汶作弊，于是亲自检验，证明发放中确有克扣现象，弄清了侯汶的假公济私，于是下诏杖责侯汶，从而使饥民切实受到赈济。
李、郭之乱：献帝乱中飘荡董卓的死，给献帝登上政治舞台一次绝好的机会。他命王允录尚书事，晋升吕布为奋威将军，二人共同主持朝政。
应该说，王允是个正直忠义、嫉恶如仇的人，但他缺乏政治经验，缺少对现实政治合理的思考与判断。诛除了董卓，他理应分化董卓余部，瓦解敌军，稳定民心，但他却不断打击，一味株连，当时百姓中流传说朝廷准备杀尽凉州人，这就使形势发生了变化。
董卓的部将李傕（ｊｕé）、郭汜等都是凉州人，他们曾派人到长安请求朝廷赦免，王允都没有同意。迫不得已，他们向长安进发，一路上收拾残兵，共达10余万人。
初平三年（192）五月，李傕、郭汜包围长安，吕布率兵扼守，彼此相持8天不下。后来吕布部下发生兵变，李傕等攻入城内。李傕、郭汜杀掉太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀及兵民死者万余人。吕布率残部，出武关，投奔袁术。王允被杀。
汉献帝又落入李傕、郭汜手中。李傕晋升为车骑校尉，郭汜为后将军，两人共掌朝政。兴平元年（194），献帝行加冕礼，改年号为兴平。
兴平二年（195），李傕、郭汜互相猜忌起来，最后兵刃相向，互相攻击。李傕为取得主动，先派侄子李暹（ｘｉāｎ）率数千人马胁迫汉献帝出宫，然后纵兵入宫，大肆抢劫。之后又放了一把火，把宫阙焚烧殆尽。献帝派太尉杨彪等几位大臣到郭营中调和，郭汜反而扣留了几位大臣。杨彪愤怒地说：“君臣共斗，一人劫天子，一人质公卿！”这些反映了社会的动乱，也可见献帝的遭遇，他不过是李、郭争斗的一种工具而已。
后来，杨定、杨奉、董承等护卫着献帝逃离李傕、郭汜的围追堵截，其间段煨（ｗēｉ）、张洛还曾想方设法劫走献帝。献帝经过千辛万苦，历时近半年，兴平二年（195）十二月逃到安邑，第二年七月，才回到洛阳。这时的洛阳，经董卓的毁灭性破坏，宫室烧尽，满目荆棘，人丁无多，一片荒凉。
汉献帝在李、郭之争中处于最为悲惨的境地之中。他不仅在政治上成为李、郭争斗的工具，而且在生活上也非常凄惨。有时饮食难以供应，群臣及侍从面有饥色。有一次，献帝便向李傕要五斗米、五具牛骨以解燃眉之急，居然遭李傕拒绝，最后好歹给了一点臭牛排，献帝虽然大怒，但也不能把李傕怎样。献帝使皇甫郦去说和二人，郭汜同意了，李傕坚决不答应，当皇甫郦向献帝复命说：“李傕不肯奉诏，词语不顺。”献帝连怒气都不敢有，而是“恐傕闻之，亟令郦去”。195年，李傕、郭汜表面和好以后，献帝使人晓喻郭汜，要驾幸弘农，郭汜偏不理睬，献帝无计可施，竟然悲愤得一整天不吃饭，以示抗议。献帝虽为一代之君，却迁徙留转于豪强之间，生命都难以保证，更不要说实现他的政治理想了。
曹操专权：献帝充当“天子”随着军阀混战的愈演愈烈，汉献帝的政治作用似乎越来越大了。建安元年（196），袁绍谋臣沮授曾劝说他，如果能“西迎大驾，挟天子而令诸侯”，就会收到没有谁“能御之”的功效。
而曹操更是早有此识。初平二年（191），曹操做东郡太守不久，皇室刘邈在献帝面前称赞曹操忠诚，曹操为此十分感激。初平三年（192），治中从事毛玠向他建议：
今天下分崩，乘舆播荡，生民流亡。公家无经岁之储，百姓无安固之志，难以持久。夫兵义者胜，守位以财，宜奉天子以令不臣，修耕植以蓄军资，如此则霸王之业可成也。
此言深得曹操之意。
献帝东迁后，曹操觉得机会来了，当时宫中食用困乏，曹操便经常向献帝进献食品和器物。献帝还在洛阳时，曹操就曾向他进献过缝帐2顶，丝线10斤，山阳郡所产的甜梨2箱，稗枣(一种青黑色的枣)2箱。献帝都许后，曹操更是经常进献，其中有桓帝时赐给他祖父曹腾的家藏器物，也有属下陆续搜寻到的一些宫中流失的器物。
迎接汉献帝来许昌，是曹操的另一个杰作。他最初提起此议时，只有荀彧（yù）赞同，并极力说明迎献帝的迫切性和对今后斗争的有利性，说这是一件“大顺”、“大略”、“大德”的事。但最初迎接由于董承等阻拦并未如愿。后来董承为抵抗韩暹的势力暗召曹操到洛阳。部下董昭又提醒他只有把献帝迎到他的地盘许昌，方可成就大业，万事无虞。这样，曹操借口京都无粮，要送献帝到鲁阳就食，把献帝安全转抵许昌。建安元年（196），汉献帝迁都于许昌。
曹操对献帝的物质保障和适度尊重，果然得到了他所期待的巨大回报。献帝授给曹操节钺，录尚书事，任司隶校尉，迁都许昌后，又任命他为大将军。“节”即符节，是古代帝王派遣将相委以重任时，用作凭证的一种信物，有了它就有了斩杀违犯军令者的权力；“钺”是古代一种象斧的兵器，这里指帝王所专有的、代表征伐之权的一种斧钺，有了它就有了总统内外诸军的大权。“录”即总领诸事之意，“录尚书事”实即总揽朝政。东汉以来，中央政府中号称三公的太尉、司徒、司空只是名义上的首脑，实际权力在中朝的尚书台，皇帝总是挑选亲信大臣“录尚书事”。虽然后来曹操又辞去了大将军一职，而改任司空，但有献帝在许昌，他实际获取了高出于所有文臣武将的地位。