王尊受召出任官职，又做了护羌将军署下主管转运事务的校尉，护送军粮的运送。而羌人反叛，断绝了转运的道路，数万兵围困了王尊。王尊以一千余骑兵奔出突破羌贼。功劳没有列报于天子，却因擅离部署获罪，正值赦令，免官还家。
涿郡太守徐明举荐王尊，认为他不应该久在间巷闲居，皇上任命王尊为郧县县令，升任益州刺史。起初，琅邪王阳做益州刺史，巡行部属到邛邾九折阪，感叹道：“承奉先人给了身体，如何多次登临这样的险境呢！”后来因病辞官。等王尊做了刺史，到了那个阪，问吏卒说：“这不就是王阳所畏惧的险途吗？”吏卒回答说：“是。”王尊叱喝他的马说：“向前跑！王阳是孝子，王尊是忠臣。”王尊在部署两年，安抚来者巡察远地，蛮夷归附于他的威信。博士郑宽中出使巡察风俗，上书列举王尊治政的情况，升任他为东平相。
此时，束平王因是至亲而骄横奢侈不奉守法度，傅相因此接连获罪。等到王尊来任职，捧着玺书到了庭院当中，王还没来得及出来接受诏书，王蔓拿着玺书回了居舍，吃过饭才回来。王尊转达了皇命后，拜见束平王，太傅在前说《相鼠》之诗。王尊说：“不要拿着布鼓过雷门！”王发怒了，起身进了后宫，王尊也马上快步出来回了居舍。起初王多次私下出入，奔驰在国中，与后姬的家中交往。王尊到任后，召来厩长训示道：“大王应该有属官相随，呜响车铃才能外出，从今天起，大王有命令要驾小车外出，你们要叩头劝谏他，告诉他不可以这样。”后来王尊朝见塞王王，王又请他登堂。王尊对王说：“我来做相，众人都来哀吊我，以为我不被朝廷所容，所以被派来辅佐大王。天下人都说大王果敢，眷念依仗富贵，哪裹是果敢呢？像我这样才是果敢呢。”王脸色微变看着王尊，心中想要杀掉他，马上善言对王尊说：“我想看看您的佩刀。”王尊举起胳膊，回头对近旁的侍郎说：“上前送佩刀给王看，王想要诬陷我拔刀向王吗？”王正是这个用意。又素闻王尊大名，大大为王尊屈尊，置办酒食，与他一同饮宴很是友好。太后征史奏报“王尊做相倨傲简慢不合为臣之道，王血气未定，不能容忍。我实在害怕母子都因此而死。现在我不让王再见到王尊。陛下如果不放在心上，我愿先自杀，不忍心看见王失了道义呀。”王尊终于获罪免为庶人。大将军王凤上书请求王尊补任军中司马，提升为司隶校尉。
当初，中书谒者令石显位尊而被皇上宠信，专擅权力做事奸邪。丞相匡衡、御史大夫张谭都阿附恭谨地奉事石显，不敢多说话。过了一段时间，元帝去世，成帝刚即位，石显调任中太仆，不再把持政权。匡衡、张谭才奏报石显旧日的恶行，请求降免石显的等级。王尊于是弹劾道：“丞相匡衡、御史大夫张谭位居三公，主管五常九德，以统领方针策略，统一纲目，广播政教风化，称颂风尚习俗为职责。知道中书谒者令石显等人专权擅势，大作福威，恣肆而不加控制，无所畏惧，是海内的祸害，不在当时奏请施以刑罚，却阿谀曲从，心怀奸邪迷乱国家，没有大臣辅政的道义，都有不道的罪名，这是在赦令颁下之前。赦令颁后，匡衡、张谭揭发奏报石显，不述说自己不忠的罪名，却反而宣扬先帝任用倾覆之徒，妄说百官畏惧他甚于畏惧主一L。抑低君主抬高大臣，不是所该称道的，有失大臣的体度。又天子正月巡幸曲台，亲临慰劳卫士，匡衡与中二千石大鸿胪赏等会坐在殿门下，匡衡面南而坐，赏等人西向坐。匡衡又为赏布置束向席位，站起来请赏入座，私下交谈有一餐饭的功夫、、匡衡知道天子要亲临，百官各任其职，万众会聚，却设立不正当的席位，使位低之人坐上席，在公门之下相互施以小惠，行为不合礼节，扰乱朝廷爵位等级的位次。匡衡又派宫中大奴入殿中，问行列的起居时刻，回报说漏上十四刻出行的队伍到，匡衡稳坐不动，面色不改，没有惧怕敬肃之心，骄慢不恭敬，都是不敬之罪。”天子命令不必处理。于是匡衡羞愧而畏惧地脱去官帽请求降罪，交上了丞相和侯的印绶。天子因是新即位，不便损伤大臣，于是下达御史丞察问实情。御史丞劾奏王尊“随意诋毁诽谤赦令前的事，多次弹劾大臣，执法不公正，以小过饰成大罪，以污陷宰相，侮辱公卿，轻薄国家，对待使节不恭敬。”有命令降王尊为高陵令，过了几个月，因病免官。
正巧南山群盗倔宗等数百人危害官民，朝廷任原弘农太守傅刚为校尉，率领能寻迹追踪的人一千名去搜捕，一年多也没能擒到。有人游说大将军王凤：“盗贼数百人在天子脚下，发动军队追击却不能擒到，难以使四夷威服。衹有挑选有能力的京兆尹来办理才行。”于是王凤推荐王尊，征召他为谏大夫，试任京辅都尉，主管京兆尹的事务。整整一月之间盗贼就被清除了。王尊升任光禄大夫，试任京兆尹，后来转为正式，任职共三年。因对待使者无礼而获罪。司隶派假佐放奉诏书告诉王尊派吏卒捕人，放对王尊说：“韶书要捕的应该保密。”王尊说：“治事应当公正，京兆善于泄露人事。”放说：“要捕人现在就应该派吏卒了。”王尊又说：“韶书中没有关于京兆的文字，不该派出吏卒。”其后长安三月间拘捕了千人以上。王尊外出省视各县，有男子郭赐向王尊申诉： “许仲家十多人一同杀了我的兄长赏，公然地回了家。”吏卒不敢捕。王尊巡县回来，上奏书说： “各县中强不凌弱，各得其所，宽大的政策施行了，和平的气象到处可见。”御史大夫在中朝奏报王尊暴虐不改，在外说大话，傲慢诋毁上级，威信曰益低落，不适宜位居九卿。王尊因此免官，官民多称颂他为他惋惜。
湖县三老公乘兴等上书为王尊辩白伸冤，说他治理京兆功效曰益显著：“从前南山盗贼阻隔山道恣意横行，抢劫善良的百姓，杀害奉行法律的官吏，道路不通，城门上以至于出示警戒。步兵校尉受命追捕，暴露军队兵众，空耗时间财力，也不能擒服盗贼。二卿获罪贬官，群盗更加强盛，吏卒的士气颓丧，传闻散布四方，成为国家的忧患。在这种时候，有能捕杀盗贼的，是不吝惜钱财和爵位的重赏的。关内侯宽中派人向所征召的原司隶校尉王尊询问捕捉群盗的策略，任命他为谏大夫，试任京辅都尉，代理京兆尹的事务。王尊竭尽忠节耗费精神，H夜挂念自己的职责，降低身份来礼待士人，激励起临阵脱逃的吏卒，鼓舞起颓丧的士气，两旬之内，群盗的组织被击破，魁首都来投案自首。贼乱清除了，百姓返归农业，安抚贫弱，铲除豪强。长安素H的豪强极狡诈的束市买万、城西万章、作剪的张禁、作酒的赵放、杜陵杨章等人都勾通恶人结成党伙，私自豢养违法作乱的人，于上冒犯王法，于下扰乱官府的管理，同时又奴役、侵犯弱小的百姓，对百姓来说如同豺狼。历任许多官吏，二十年之中没有谁能捉拿整治他们，王尊依据法律审讯诛杀了他们，使他们都受到了惩罚。奸邪的人清除了，官民都很高兴很敬服他。王尊整治混乱，制止暴虐和奸邪，都是从前所少有，名将所比不上的。虽然被任命为正式官员，但是没有特殊的褒扬和奖赏加在王尊身上。现在御史大夫奏言王尊‘伤害阴阳，为国家制造忧患，不承用诏书的意旨，说是安定了实际是在逃避，貌似恭敬实际上罪恶滔天。，追究这件事的原由，出于御史丞杨辅，他从前是王尊的书佐，素来为人阴险，口中恶毒心地不诚，好以刀笔陷害人受刑罚。杨辅曾在酒醉时探访王尊的家奴头目利家，利家捉住他的头打他的脸颊，利家兄长的儿子闳拔刀要杀他。杨辅因此积怨痛恨，想伤害王尊。怀疑是杨辅心存怨恨，表面依照公事，建立筹划出这个主意，罗织成奏文，浸润加以诬陷，以报复个人的怨恨。从前白起做秦国的将领，束边攻破韩、魏，南边攻取郢都，因为应侯诬陷他，被赐死在杜邮；吴起为魏国把守西河，而秦、韩不敢进犯，有讲谗言的人离间，他被排斥而投奔楚国。秦君听信诬陷的话而诛杀了优秀的将领，魏君相信浅言而驱逐了贤能的守官，这都是偏听不明察，丧失人才造成的祸患啊。臣等私下痛伤王尊洁身自修，厉行节俭一心为公，指刺事情不忌惮将相，诛杀恶人不避开豪强，诛杀不法的强盗，解除国家的忧患，功绩显著贡献卓越，威信不败，确实是国家得力的官吏，勇于退敌的大臣，现在一旦无辜受制于仇人之手，被诋毁欺诈的奏文损伤，在上不能因功除罪，下不能蒙受公卿的听讼，单单包庇了仇人的偏邪的进奏，遭受共工般的恶运。无法陈述冤情。王尊因京师颓败？昆乱，群盗并起而选贤被征用，从平民任为卿士，贼乱已经清除了，豪强狡诈的人都得到了惩处，就马上因为奸人弄巧而被罢免。同一个王尊，三年之间。一会儿是贤官，一会儿是佞臣，难道不是很奇怪吗！孔子说： ‘喜爱他就让他活着，厌恶他就让他死，这很糊涂啊。’‘妄加的诬陷不能得逞，可以称得上圣明了。，希望能把奏文下达给公卿大夫博士议郎，评定王尊素曰的品行。作为人臣而伤害阴阳，是犯了死罪的；假报安定实际逃避，也是该受极刑的。果真如御史所奏报的那样，王尊就应当受观阙之诛，放逐到无人的地方，不祇是免官而已。那任命推举王尊的人，应当获选举不贤的罪名，不可以衹是到此为止。即使不如奏章所写，而是修饰文辞加深诬言以控告无罪的人，也应该有所诛杀，以惩戒诬陷之口，杜绝欺诈之路。希望圣明的君主详察，以使黑白分明。”奏章进上，天子又任王尊为徐州刺史，升任束郡太守。