后荆州大水，仲堪振恤饥者，仓廪空竭。玄乘其虚而伐之，先遣军袭巴陵。梁 州刺史郭铨当之所镇，路经夏口，玄声云朝廷遣铨为己前锋，乃授以江夏之众，使 督诸军并进，密报兄伟令为内应。伟遑遽不知所为，乃自赍疏示仲堪。仲堪执伟为 质，令与玄书，辞甚苦至。玄曰：“仲堪为人不得专决，常怀成败之计，为儿子作 虑，我兄必无忧矣。”
玄既至巴陵，仲堪遣众距之，为玄所败。玄进至杨口，又败仲堪弟子道护，乘 胜至零口，去江陵二十里，仲堪遣军数道距之。佺期自襄阳来赴，与兄广共击玄， 玄惧其锐，乃退军马头。佺期等方复追玄苦战，佺期败，走还襄阳，仲堪出奔酂城， 玄遣将军冯该蹑佺期，获之。广为人所缚，送玄，并杀之。仲堪闻佺期死，乃将数 百人奔姚兴，至冠军城，为该所得，玄令害之。
于是遂平荆雍，乃表求领江、荆二州。诏以玄都督荆司雍秦梁益宁七州、后将 军、荆州刺史、假节，以桓脩为江州刺史。玄上疏固争江州，于是进督八州及杨豫 八郡，复领江州刺史。玄又辄以伟为冠军将军、雍州刺史。时寇贼未平，朝廷难违 其意，许之。玄于是树用腹心，兵马日盛，屡上疏求讨孙恩，诏辄不许。其后恩逼 京都，玄建牙聚众，外托勤王，实欲观衅而进，复上疏请讨之。会恩已走，玄又奉 诏解严。以伟为江州，镇夏口；司马刁畅为辅国将军，督八郡，镇襄阳；遣桓振、 皇甫敷、冯该等戍湓口。移沮漳蛮二千户于江南，立武宁郡；更招集流人，立绥安 郡。又置诸郡丞。诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。自谓三分有 二，知势运所归，屡上祯祥以为己瑞。
初。庾楷既奔于玄，玄之求讨孙恩也，以为右将军。玄既解严，楷亦去职。楷 以玄方与朝廷构怨，恐事不克，祸及于己，乃密结于后将军元显，许为内应。元兴 初，元显称诏伐玄，玄从兄石生时为太傅长史，密书报玄。玄本谓扬土饥馑，孙恩 未灭，必未遑讨己，可得蓄力养众，观衅而动。既闻元显将伐之，甚惧，欲保江陵。 长史卞范之说玄曰：“公英略威名振于天下，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若 兵临近畿，示以威赏，则土崩之势可翘足而待，何有延敌入境自取蹙弱者乎！”玄 大悦，乃留其兄伟守江陵，抗表率众，下至寻阳，移檄京邑，罪状元显。檄至。元 显大惧，下船而不克发。玄既失人情，而兴师犯顺，虑众不为用，恆有回旆之计。 既过寻阳，不见王师，意甚悦，其将吏亦振。庾楷谋泄，收絷之。至姑孰，使其将 冯该、苻宏、皇甫敷、索元等先攻谯王尚之。尚之败。刘牢之遣子敬宣诣玄降。
玄至新亭，元显自溃。玄入京师，矫诏曰：“义旗云集，罪在元显。太傅已别 有教，其解严息甲，以副义心。”又矫诏加己总百揆，侍中、都督中外诸军事、丞 相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人，置左 右长史、司马、从事中郎四人，甲杖二百人上殿。玄表列太傅道子及元显之恶，徙 道子于安成郡，害元显于市。于是玄入居太傅府，害太傅中郎毛泰、泰弟游击将军 邃，太傅参军荀逊、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、谯王尚之等，流尚之弟丹 阳尹恢之、广晋伯允之、骠骑长史王诞、太傅主簿毛遁等于交广诸郡，寻追害恢之、 允之于道。以兄伟为安西将军、荆州刺史，领南蛮校尉，从兄谦为左仆射、加中军 将军、领选，脩为右将军、徐兖二州刺史，石生为前将军、江州刺史，长史为卞范 之为建武将军、丹阳尹、王谧为中书令、领军将军。大赦，改元为大亨。玄让丞相， 自署太尉、领平西将军、豫州刺史。又加衮冕之服，绿纟戾绶，增班剑为六十人， 剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名。
玄将出居姑孰，访之于众，王谧对曰：“《公羊》有言，周公何以不之鲁？欲 天下一乎周也。愿静根本，以公旦为心。”玄善其对而不能从。遂大筑城府，台馆 山池莫不壮丽，乃出镇焉。既至姑孰，固辞录尚书事，诏许之，而大政皆谘焉，小 事则决于桓谦、卞范之。
自祸难屡构，干戈不戢，百姓厌之。思归一统。及玄初至也，黜凡佞，擢俊贤， 君子之道粗备，京师欣然。后乃陵侮朝廷，幽摈宰辅，豪奢纵欲，众务繁兴，于是 朝野失望，人不安业。时会稽饥荒，玄令赈贷之。百姓散在江湖采稆，内史王愉悉 召之还。请米，米既不多，吏不时给，顿仆道路死者十八九焉。玄又害吴兴太守高 素、辅国将军竺谦之、谦之从兄高平相朗之、辅国将军刘袭、袭弟彭城内史季武、 冠军将军孙无终等，皆牢之之党，北府旧将也。袭兄冀州刺史轨及宁朔将军高雅之、 牢之子敬宣并奔慕容德。玄讽朝廷以己平元显功，封豫章公，食安成郡地方二百二 十五里，邑七千五百户；平仲堪、佺期功，封桂阳郡公，地方七十五里，邑二千五 百户；本封南郡如故。玄以豫章改封息升，桂阳郡公赐兄子浚，降为西道县公。又 发诏为桓温讳，有姓名同者一皆改之，赠其母马氏豫章公太夫人。元兴二年，玄诈 表请平姚兴，又讽朝廷作诏，不许。玄本无资力，而好为大言，既不克行，乃云奉 诏故止。初欲饰装，无他处分，先使作轻舸，载服玩及书画等物。或谏之，玄曰： “书画服玩既宜恆在左右，且兵凶战危，脱有不意，当使轻而易运。”众咸笑之。