玄以奔败之后，惧法令不肃，遂轻怒妄杀，人多离怨。殷仲文谏曰：“陛下少 播英誉，远近所服，遂扫平荆雍，一匡京室，声被八荒矣。既据有极位，而遇此圮 运，非为威不足也。百姓喁喁，想望皇泽，宜弘仁风，以收物情。”玄怒曰：“汉 高、魏武几遇败，但诸将失利耳！以天文恶，故还都旧楚，而群小愚惑，妄生是非， 方当纠之以猛，未宜施之以恩也。”玄左右称玄为“桓诏”，桓胤谏曰：“诏者， 施于辞令，不以为称谓也。汉魏之主皆无此言，唯闻北虏以苻坚为‘苻诏’耳。愿 陛下稽古帝则，令万世可法。”玄曰：“此事已行，今宣敕罢之，更为不祥。必其 宜革，可待事平也。”荆州郡守以玄播越，或遣使通表，有匪宁之辞，玄悉不受， 仍乃更令所在表贺迁都。
玄遣游击将军何澹之、武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭就郭铨以数千人守湓 口。又遣辅国将军桓振往义阳聚众，至弋阳，为龙骧将军胡譁所破，振单骑走还。 何无忌、刘道规等破郭铨、何澹之、郭昶之于桑落洲，进师寻阳。玄率舟舰二百发 江陵，使苻宏、羊僧寿为前锋。以鄱阳太守徐放为散骑常侍，欲遣说解义军，谓放 曰：“诸人不识天命，致此妄作，遂惧祸屯结，不能自反。卿三州所信，可明示朕 心，若退军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。江水在此，朕不食言。”放 对曰：“刘裕为唱端之主，刘毅兄为陛下所诛，并不可说也。辄当申圣旨于何无忌。” 玄曰：“卿使若有功，当以吴兴相叙。”放遂受使，入无忌军。
魏咏之破桓歆于历阳，诸葛长民又败歆于芍陂，歆单马渡淮。毅率道规及下邳 太守孟怀玉与玄战于峥嵘洲。于时义军数千，玄兵甚盛，而玄惧有败衄，常漾轻舸 于舫侧，故其众莫有斗心。义军乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃，烧辎重夜遁，郭 铨归降。玄故将刘统、冯稚等聚党四百人，袭破寻阳城，毅遣建威将军刘怀肃讨平 之。玄留永安皇后及皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散军，因叛玄， 奉二后奔于夏口。玄入江陵城，冯该劝使更下战，玄不从，欲出汉川，投梁州刺史 桓希，而人情乖阻，制令不行。玄乘马出城，至门，左右于暗中斫之，不中，前后 相杀交横，玄仅得至船。于是荆州别驾王康产奉帝入南郡府舍，太守王腾之率文武 营卫。
时益州刺史毛璩使其从孙祐之、参军费恬送弟璠丧葬江陵，有众二百，璩弟子 脩之为玄屯骑校尉，诱玄以入蜀，玄从之。达枚回洲，恬与祐之迎击玄，矢下如雨。 玄嬖人丁仙期、万盖等以身敝玄，并中数十箭而死。玄被箭，其子升辄拔去之。益 州督护冯迁抽刀而前，玄拔头上玉导与之，仍曰：“是何人邪？敢杀天子！”迁曰： “欲杀天子之贼耳。”遂斩之，时年三十六。又斩石康及浚等五级，庾颐之战死。 升云：“我是豫章王，诸君勿见杀。”送至江陵市斩之。
初，玄在宫中，恆觉不安，若为鬼神所扰，语其所亲云：“恐己当死，故与时 竞。”元兴中，衡阳有雌鸡化为雄，八十日而冠萎。及玄建国于楚，衡阳属焉，自 篡盗至败，时凡八旬矣。其时有童谣云：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩 诸桓。”其凶兆符会如此。郎君，谓元显也。
是月，王腾之奉帝入居太府。桓谦亦聚众沮中，为玄举哀，立丧庭，伪谥为武 悼皇帝。毅等传送玄首，枭于大桁，百姓观者莫不欣幸。
何无忌等攻桓谦于马头，桓蔚于龙洲，皆破之。义军乘胜竞进，振、该等距战 于灵溪，道规等败绩，死没者千余人。义军退次寻阳，更缮舟甲。毛璩自领梁州， 遣将攻汉中，杀桓希。江夏相张畅之、高平太守刘怀肃攻何澹之于西塞矶，破之。 振遣桓蔚代王旷守襄阳。道规进讨武昌，破伪太守王旻。魏咏之、刘籓破桓石绥于 白茅。义军发寻阳。桓亮自号江州刺史，侵豫章，江州刺史刘敬宣讨走之。义军进 次夏口。伪镇东将军冯该等守夏口，扬武将军孟山图据鲁城，辅国将军桓山客守偃 月垒。刘毅攻鲁城，道规攻偃月垒，无忌与檀祗列舰中流，以防越逸。义军腾赴， 叫声动山谷，自辰及午，二城俱溃，冯该散走，生擒山客。毅等平巴陵。毛璩遣涪 陵太守文处茂东下，振遣桓放之为益州，屯夷陵，处茂距战，放之败走，还江陵。
义熙元年正月，南阳太守鲁宗之起义兵袭襄阳，破伪雍州刺史桓蔚。无忌诸军 次江陵之马头，振拥帝出营江津。鲁宗之率众于柞溪，破伪武贲中郎温楷，进至纪 南。振自击宗之，宗之失利。时蜀军据灵溪，毅率无忌、道规等破冯该军，推锋而 前，即平江陵。振见火起，知城已陷，乃与谦等北走。是日，安帝反正。大赦天下， 唯逆党就戮，诏特免桓胤一人。桓亮自豫章，自号镇南将军、湘州刺史。苻宏寇安 成、庐陵，刘敬宣遣将讨之，宏走入湘中。二月，桓谦、何澹之、温楷等奔于姚兴。 桓振与宏出自涢城，袭破江陵，刘怀肃自云杜伐振等，破之。广武将军唐兴斩振及 伪辅国将军桓珍，毅于临鄣斩伪零陵太守刘叔祖。桓亮、苻宏复出冠湘中，害郡守 长吏，檀祗讨宏于湘东，斩之，广武将军郭弥斩亮于益阳，其余拥众假号皆讨平之。 诏徙桓胤及诸党与于新安诸郡。