弗洛伊德于1886年春以神经病学家的身份私人开业行医，并在同年九月结婚。他的婚姻十分美满，共有六个孩子，三儿三女，最小的女儿安娜?弗洛伊德（AnnaFreud）后来也成了一位著名的精神分析学家。弗洛伊德还作为神经病学家在一家儿童诊所工作过几年，并出版了2大卷论述各种小儿麻痹症的权威性著作。这样，他成了欧洲重要的神经病学家之一，他在这个领域中多年的工作，无异对他后来心理学理论的形成，具有重大的影响。
精神分析学的初期
早在1882年弗洛伊德的一位年事较长的同事和朋友约瑟夫?布洛伊尔就告诉他，有位叫安娜的病人曾受益于在催眠中恢复痛苦记忆的“疏泄”疗法。弗洛伊德又将这一情况向沙可讲过，但没有引起沙可的主意。弗洛伊德自己行医时对癔病病人使用过催眠疗法，效果并不令人满意，因此他于一八八九年前往南锡，向一位有名的催眠专家伊波利特?波恩海姆求教，那个时候，他正在采用布洛伊尔的疏泄法。三年以后，他观察到在被遗忘的痛苦记忆中占据主要地位的是那些不能接受的愿望，于是他形成了压抑的概念，这是弗洛伊德学说中的基本要素之一。然而他请布洛伊尔一起合作，并于一八九五年共同出版了一本划时代的著作——《癔病研究》，这时，弗洛伊德已经放弃了催眠术而开始采用。“自由联想”法，“自由联想”法的发明，是弗洛伊德一生中的两大业绩之一，另外一项业绩是两年以后开始进行的自我分析。
在这些年中，他向一些医学团体宣读了若干篇论文，宣布了他所得到的惊人结论，他指出各种精神神经症都是由无意识的性冲动而引起的。但他得到的反应极为冷淡，人们几乎要把它当作怪人而弃之。这时，他只有一个朋友对他深表同情，那就是住在柏林的威廉?佛里斯。弗洛伊德经常给他写信，记述了他为设法了解深层心理而采取的实验性的步骤，他的信件和记录已在一九五四年发表，题为《精神分析学的起源》。其中特别值得注意的是一份题名为“计划”的长篇记录，弗洛伊德试图从神经原方面来描述思维、记忆等各种精神过程。这是他在最后一次试图把精神过程与躯体过程联系起来。
伟大的发现
一八九五年到一九零零年，是弗洛伊德多产的时期。他在1900年发表的《梦的解释》，被认为是1本巨著。该书不仅论述了过去的探讨者感到一筹莫展的梦境生活问题以及形成梦的种种复杂机制，而且还讨论了深度心理，即无意识的结构和作用方式。弗洛伊德在认识方面的最大贡献，就是他详细的研究了所称的“初级”系统和“次级”系统。它指出了两种系统的作用方式是如何根本的不同，两者间的关系和相互影响是如何复杂并具有决定性意义。他所描述的初级系统的精神机制，最初是在探讨精神神经病时得到的认识，现已成了精神分析学说的一个不可缺少的组成部分。其中最为重要的是所谓的压抑、浓缩、移位、倒错以及润饰。这是由于这些机制，那些能接受的愿望、欲望或冲动才得到了间接地满足。有关隐蔽的愿望满足的理论，是弗洛伊德对心理学最有价值的贡献之一：通过这一理论，他以一种真正的心理动力学概念取代了已陈旧的联想心理学。
弗洛伊德发现，无意识的内容与意识，就像无意识所特有的机制一样，是完全不同的。从本质上说：无意识的内容起源于幼儿时代，在这方面，弗洛伊德对幼儿心理的内在性质作了阐述，他引起了世人的震惊和反感。他坚持认为，幼儿深度心理的活动是双亲的性的动机和敌对动机驱使的。典型的例子就是俄狄浦斯情结，其内容就是对双亲中异性一方的***望和对竞争者的妒忌与憎恨。弗洛伊德甚至认为，幼儿在诞生之时，并在未断奶时就已经有了色情感。他这本论述梦的著作刚发行时并没有引起多大的注意，可是过了几年，当上述那些性的观点经过更充分地描述之后，便遭到了人们的猛烈攻击。
成年时代的弗洛伊德
我在这里想对上世纪末本世纪初弗洛伊德的个性和旨趣做出些介绍。弗洛伊德博学多才，有着很高的文化素养，他精通古典文学，对本国和别国的文学名著事业的涉猎甚广。他对希腊神话极为熟悉，不但经常随口应用，在他的著作中也的的确是。他有非凡的文学才能，因而被公认为德语的散文大师。在艺术方面他最为欣赏的是诗歌与雕塑，对绘画与建筑也有兴趣，但对音乐的爱好相对小些。从1890年到1914年，他通常每年要到意大利去消磨，潜心研究那里的艺术杰作。凡这类的旅行，同去的不是他的弟弟就是他的朋友；因为他的妻子不喜欢旅行，宁愿和孩子们一起守在家里。弗洛伊德在外出旅游之前，总是先携全家去某个宁静的山林胜地都度上一个半月的假期，那时他的生活中最最幸福美满的时光。弗洛伊德非常喜欢孩子，总爱和他们呆在一起。