纳粹的迫害促使弗洛伊德思考犹太教的性质和起源问题，这一问题占去了他一生中最后五年的大部分时间。他把《摩西与一神教》写了又写，该书在当时信奉天主教的独裁政权统治下的维也纳，没有机会出版发行。一九三八年他离开维也纳后，该书终于问世，英译本也在他逝世前的几个月得以发行。这是一本想象力极为丰富的著作，书中的一些观点既难以证实也不容易予以反驳。弗洛伊德在书中推断，犹太教中特有的一神信仰，与第一个传播这种信仰的、富有单命精神的埃及法老阿肯那顿推行该信仰有关。通过对有关摩西出身的奇异故事进行的精神分析，弗洛伊德推断摩西实际上是埃及人，他提示说，摩西是一个忠于阿肯那顿的信仰的贵族，阿肯那顿死后，他的一神信仰就遭到埃及人的坚决抵制。由于这一看法，弗洛伊德在曾经把他尊为本民族伟人的犹太人那里，第一次受到了冷遇。按照弗洛伊德的观点，摩西向犹太人灌输一神信仰时，必须面对人们的强烈反抗，他认为摩西就是在一次反对他的权力的暴乱中被杀身亡的。于是，弗格伊德进一步设想，摩西被害之后，人们为这样对待伟大领袖而悔恨，这是一种与弑亲愿望的先天反应有关的悔恨，他认为这是人类遗传特性中的一个重要部分。摩西的学说后来由少数几个忠实的信徒珍藏起来直到几百年后才由一些伟大先知将它立为教义。
尽管压力重重，弗洛伊德坚决不同意离开早己成为故乡的维也纳。但是，一九三八年三月纳粹入侵奥地利以后，局势已经很明显了，如果还不走的话，要不了多久，他就会象别的犹太人一样厄运临头。在这关键时刻，欧内斯特?琼斯飞抵维也纳，劝他移居英国，英国内务大臣亦为他、他的家庭以及他的学生提供了最充分的帮助。是年六月，他克服了纳粹分子设置的重重障碍，终于飞抵伦敦。九月，他又搬到马兹费尔德花园，这是他最后一次搬家。九月问，弗洛伊德接受了最后的手术治病，这也是最大的一次手术。到了次年二月他癌症复发，医生认为已无法再动手术了。然而在他逝世前的一个月，弗洛伊德还在忙于他的本职工作，还在接待来访者，撰写文章。一九三九年九月二十三日，弗洛伊德在伦敦与世长辞。
1939年9月23日，精神分析法创始人西格蒙?弗洛伊德在伦敦逝世，终年83岁。