协办大学士、户部尚书英和建言：“治道久则穷，穷则必变。河道既阻，重运中停，河漕不能兼顾，惟有暂停河运以治河，雇募海船以利运，虽一时之权宜，实目前之急务。盖滞漕全行盘坝剥运，则民力劳而帑费不省，暂雇海船分运，则民力逸而生气益舒。国家承平日久，航东吴至辽海者，往来无异内地。今以商运决海运，则风飓不足疑，盗贼不足虑，霉湿侵耗不足患。以商运代官运，则舟不待造，丁不待募，价不待筹。至於屯军之安置，仓胥之稽察，河务之张弛，胥存乎人。矧借黄既病，盘坝亦病，不变通将何策之从？臣以为无如海运便。”诏仍下有漕各省大吏议。时琦善督两江，陶澍抚安徽，咸请以苏、松、常、镇、太仓四府一州之粟全由海运。乃使布政使贺长龄亲赴海口，督同地方官吏，招徕商船，并筹议剥运兑装等事。嗣澍言：“现雇沙船千艘，三不像船数十，分两次装载，计可运米百五六十万石。其安徽、江西、湖广离海口较远，浙江乍浦、宁波海口或不能停泊，或盘剥费钜，仍由河运。”上乃命设海运总局於上海，并设局天津。复命理藩院尚书穆彰阿，会同仓场侍郎，驻津验收监兑，以杜经纪人需索留难诸弊。
六年正月，各州县剥运之米，以次抵上海受兑，分批开行。计海运水程四千馀里，逾旬而至。米石抵通后，转运京仓，派步军统领衙门文武员弁沿途稽查。沙船耗米，於例给旗丁十八万馀石内动放，所节省耗米六万石，仍随同起运。承运漕粮每石给耗米八升，白粮耗米一斗，以补正米之不足。仍将漕运商耗覈出二成，白粮覈出三成，由津局给价收买，随正交运。漕粮无故短少霉变，於备带耗米内补足；不敷，勒令买补。如有斫桅松舱伤人等事则免之。船户脚价饭米折色并津贴等银，先於受兑后发七成，馀三成交押运员弁，到坝后查无弊端，始行全发。沙船馀米不下十万石，初照南粮例，听天津人照市价收买。嗣以商人希图贱价售买，改由官为收买，其价银由江南委员转发船户，后仍令商船自行售卖。
每届海运期，沿海水师提镇，各按汛地，派拨哨船兵丁，巡防护送，并派武职大员二，随船赴津。上海交兑时，先期咨照浙江提镇水师营出哨招宝、陈钱一带地方，江南提镇水师营出哨大小洋山，会於马迹山，山东总镇出哨成山、石岛，会於鹰游门，以资弹压。山东洋面，责成游击、守备，搜查岛屿，防护迎送。后以邵灿言，停派护送武职大员，责成沿海水师逐程递护。嗣宁、沪商人各置火轮船一，遇新漕兑开行时，分别扼要巡防。
剥船，直隶旧设二千五百艘，二百艘分拨故城等处，八百艘留杨村，馀千五百艘集天津备用。后雇賝堪装漕粮二百五十石民船五百艘，以备装载。商船首次抵津，先仅府县仓脚庙宇拨卸三十万石，馀令剥船径运通仓。随将天津仓脚庙宇所储漕米运通，无庸转卸北仓，致多周折。至商船二次抵津，如剥船不敷装载，即将米先储府县仓脚庙宇；不敷，再剥储北仓。随令原剥将所储米石侭数运通。剥船足敷装载，即按首次商船办法，不必分储北仓，以归简便。剥船百六十只为一起，由经纪自派人分起押运交仓，押运员役禀报仓场，复驰回续押后起米船。经纪等止须带领斛手到船起卸，如有藉端刁难需索，交地方官从严治罪。
各州县经管剥船，每年例给修艌银五两，三年小修一次，给费二十两，岁终漕竣，逐一挑验，船身坚固者，酌量修艌，如损坏较甚，即核赏估价，所需经费，於道库油艌银项下动拨。封河守冻期内，每船工食银十五两，运米百石，给脚价八两四钱，食米一石一斗五升。嗣每百石加脚费五两。李鸿章因官剥船户贫困滋弊，例定工食银十五两，仅领一半，不敷赡家，请每船由苏、浙漕项内酌贴五两，部格不行。鸿章上疏争之，诏从其议。商船领运漕粮，迅速无误，万石以下给匾额，五万石奖职衔，每次奏保以百二三十人为限。
七年，蒋攸銛请新漕仍行海运。上以近年河湖渐臻顺轨，军船可以畅行，不许。其后各省岁运额漕，逐渐短少，太仓积粟，动放无存。二十六年，诏复行海运。二十七年，议准苏、松、太二府一州漕白粮米，自明岁始，改由海运。三十年，复令苏、松、太二府一州白粮正耗米，援照成案，由海运津。咸丰元年，户部尚书孙瑞珍请河海并运。御史张祥晋请将江苏新漕，援案推广常、镇各属及浙江，一体海运。下江督陆建瀛、苏抚杨文定、浙抚常大淳妥议。覆称明年苏、松、常、镇、太四府一州漕白粮米，请一律改由海运。浙漕碍难海运，请仍循旧章，从之。二年，建瀛上筹办海运十事，下部议行。是年以浙江漕船开兑过迟，回空不能依期归次，诏来岁新漕改为海运，从巡抚黄宗汉请也。五年，河决铜瓦厢，由张秋入大清河，挟汶东趋，运道益梗。六年，截留江苏应运漕粮二十万石供支兵饷，实运漕白正耗及支賸给丁馀耗米七十五万五千馀石，其歉缓南漕，令各州县依限催徵运通。