同治七年，议试用夹板船装运采买米石，水脚银数悉仍沙船例，给银五钱五分，挽至天津紫竹林，由商董就近寄栈，听验米大臣会同通商大臣验收过剥，所需小船剥价、栈租、挑力，每石给银七分，由商董承领经理。又每石给保险银三分，设有遭风抛失，责令贴补。至每米千石，随耗八十石，备带馀米二十石，剥船食耗米十一石五斗。又每百石给津、通剥价银八两一钱四釐，通仓个儿钱折银二两，均照海运正漕采买各案办理。是年以津沽河面狭隘，常有沈船失米之虞，於大沽增设海运外局。
九年，浙江巡抚杨昌濬奏：“浙省来岁新漕，酌拟海运章程十四条：一，委员分办，以专责成；一，新漕仍由上海受兑放洋，白粮仍循案装盛麻袋，首先运沪；一，宽备海运商船，并由苏省多拨沙船，移浙济用；一，经耗等米，仍照数支给，商耗饬带本色并馀耗申糙等米搭交仓；一，增给天津剥船耗米，以弥亏欠；一，津、通经费，照案备带，羡等款，仍按数抵解；一，商船准带炮械，并由商捐轮船护送，仍责成沿海水师实力巡防；一，天津交米后，循旧责成经纪，续到之船，仍由天津道验收；一，循案加增海运经费；一，米船到津，应多添排数，宽备剥船；一，商船水脚等项，照案核给，并二成免税，酌定赏罚；一，商船二成免私之货，仍以米石计斤，所带竹木，照案免税；一，商船回空载货，照向章免税；一，米船抵津交卸，严禁经纪斗斛剥船需索浮费。”下部议行。十年，鸿章言：“剥船守候苦累，每载米百石，请加给脚价银五两，并另筹运白粮民船守候口粮银万二千两，由苏、浙粮道库漕项内拨解；不敷，则由司库通融借拨。”
十一年，昌濬请以轮船运漕，从之。轮船招商，由商人借领二十万串为设局资本，盈亏悉由商任之。购坚捷轮船三艘，每年拨海运漕米二十万石，由招商轮船运津，其水脚耗米等项，仍照向章办理。轮船到津，命直督筹备剥船转运，并会同仓场侍郎临栈查验，仍仿照白粮例，由江、浙抚道运通交纳，以杜折耗偷漏。轮船协运江、浙漕粮，签明某省漕白粮米字样於米袋之上。粮米上栈时，由沪局派员监兑；兑竣，即由轮船商局给收米回文，以后装船起运，俱由商局覈办，沪局不再与闻。其栈费夫力，亦由商局任之。凡漕粮派装轮船，轮船商局酌委执事，会同沪局详验，米色乾洁，方行收兑，交轮局押赴浦江东栈斛收。抵津，饬津局各员董提前验收，以免壅滞。轮船每艘载米三千石，填发连单，由津局稽核，一切领银领米等结悉罢之。轮船运米，由上海道填给免税执照，并援例得酌带二成货物。其洋药及二成之外另带货物，仍须纳税。
乔松年奏山东境内黄水日益汎滥，运河淤塞，拟因势利导，俾黄水先驱张秋。其张秋南北，普行挑濬，修建徬坝以利漕。丁宝桢、文彬奏请挽复淮、徐故道。事下廷臣会议。复称铜瓦厢决后，旧河身淤垫过高，势不能挽复淮、徐故道。至借黄济运，筑堤束水，与导卫济运之法同一难行。鸿章奏请仍由海道转运，令各省酌提本色若干运沪，由海船解津，馀照章折解，以节运费。并随时指拨漕折银两采买接济，并请停止河运采买粮石，推广海运。仍下部议。先是江北漕粮，由河运通，至是亦试办海运。十三年，奏准江西在沪采买漕粮八万石，交招商局由海运津，每石脚价银二两七钱。光绪元年，湖南漕粮采办正耗米二万三百四十五石，湖北采办三万石，均交招商局由海运津。江西、湖南寻停。
宝桢奏运河废坏，莫非黄水之害，治运必先治黄。应先将微山湖之湖口双闸及各减闸，迅速修砌，及时收蓄，以保湖潴；运河正身亦须量为疏濬。嗣桂清、毕道远、广寿、贺寿慈等亦以筹款修复运河为请。黄元善复称：“自黄河北徙，运河阻滞，改由海运，原属权宜之计。当时奏定江苏漕额，以河运经费作为海运支销，每石不得过七钱。嗣以经费不敷，迭次请增。江苏所加，距一两不远，浙江已加至一两，较道光二十八年、咸丰二年海运经费尚有节省归公者，大相迳庭。且海运历涉重洋，风波靡定，万有不测，所关匪细。河运虽迂滞，而沿途安定，经费维均。自各省以达京仓，民之食其力者，不可数计。裕国利民，计无善於此者。现停运未久，及时修复，尚属未晚。再迟数年，河道日淤，需费更钜。臣以为河运迂而安，海运便而险，计出万全，非复河运不可。”上命河督、漕督及沿河各督抚筹画具奏。沈葆桢疏驳桂清、毕道远等请将有漕省分酌提漕项及将海运粮石分出十数万石改办河运之议，并力言“河运决不能复。运河旋濬旋淤，运方定章，河忽改道，河流不时迁徙，漕路亦随为转移。而借黄济运，为害尤烈。前淤未尽，下届之运已连樯接尾而至，高下悬殊，势难飞渡。於是百计逆水之性，强令就我范围，致前修之款皆空，本届之淤复积。设令因济运而夺溜，北趋则畿辅受其害，南趋则淮、徐受其害，亿万生灵，将有其鱼之叹，又不仅徒糜巨帑无裨漕运已也”。七年，令直督饬招商局有协运漕粮时，酌分道员驻津验兑，并责成粮道严督治漕事人员，兑米时加意查察。因招商局协运江、浙漕粮，有攙杂破碎诸弊故也。