各省漕粮过淮，顺治初，定限江北各府州县十二月以内，江南江宁、苏、松等处限正月以内，江西、浙江限二月以内，山东、河南限正月侭数开行。如过淮违误，以违限时日之多寡，定督抚粮道监兑推官降罚处分。领运等官，捆打革职，带罪督押。其到通例限，山东、河南限三月朔，江北四月朔，江南五月朔，江西、浙江、湖广六月朔。各省粮船抵通，均限三月内完粮，十日内回空。仓场定立限单，责成押帮官依限到淮，逾限不能到次，照章纠劾。
承平日久，漕弊日滋。东南办漕之民，苦於运弁旗丁，肌髓已尽，控告无门，而运弁旗丁亦有所迫而然。如漕船到通，仓院、粮厅、户部云南司等处投文，每船需费十金，由保家包送，保家另索三金。又有走部，代之聚敛。至于过坝，则有委员旧规，伍长常例，上斛下荡等费，每船又须十馀金。交仓，则有仓官常例，并收粮衙署官办书吏种种需索，又费数十金。此抵通之苦也。逮漕船过淮，又有积歇摊派吏书陋规，投文过堂种种费用。总计每帮漕须费五六百金或千金不等。此过淮之苦也。从前运道深通，督漕诸臣只求重运如期抵通，一切不加苛察。各丁於开运时多带南物，至通售卖，藉博微利。乾隆五十年后，黄河屡经开灌，运道日淤，漕臣虑船重难行，严禁运丁多带货物，於是各丁谋生之计绌矣。运道既浅，反增添夫拨浅之费，每过紧要闸坝，牵挽动须数百人，道路既长，限期复迫，丁力之敝，实由於此。虽经督抚大吏悉心调剂，无如积弊已深，迄未能收实效也。
各省漕船，原数万四百五十五号。嘉庆十四年，除改折分带、坍荒裁减，实存六千二百四十二艘。每届修造十一，谓之岁造，其升科积缺漂没者，谓之补修改造，限以十年。至给价之多寡，视时之久暂、地之远近为等差。造船之费，初於民地徵十之七，军地徵十之三，备给料价。不足，则徵军卫丁田以贴造漕船。十年限满，由总漕亲验，实系不堪出运，方得改造，有可加修再运者，量给加修银，仍令再运。按年计算，旧船可用，不验明驾运，督抚查实纠劾。司修造漕船各官，或诈朽坏，或修造未竣诈称已完，或将朽坏船册报掩饰，或承造推诿不依限竣工，或该管官督催不力，及朽坏船不估价申报，均降罚有差。
直隶、山东、凤阳地不产木，於清江关设厂，由船政同知督造。江宁各帮共船千二百馀，亦於清江成造。自仪徵逆流抵淮，四百馀里，沿途需用人夫挽曳，船成后复渡大江，道经千里，到次迟延，县官急於考成，旗丁利於诈索，船未到即行交兑，名曰转廒，於是赠耗、使费、赔补、苛索诸弊日滋，运军苦之。嗣裁船政同知，统归粮道管理，令运军支领料价赴厂成造，不敷，即於道库减存漕项银内动支。徐州卫、河南后帮漕船，向亦在清江船厂成造，驾赴河南水次兑粮，程途辽远，易误兑限。寻改在山东临清设厂成造。遇满号之年，令各军於江、安道库银内领价成造。其济南前帮，则在江南夏成镇成造，嗣又改於临清胡家湾设厂。
船成查验之法九：一验木，二验板，三验底，四验樑，五验栈，六验钉，七验缝，八验舱，九舱头梢。山东各帮於额运漕船外，向设量存船三十。江苏扬州亦有量存船二十四。先后议裁，并将扬州卫应裁之船，抵补江、兴二卫贫疲军船。乾隆八年，漕运总督顾琮上漕船变通事宜：一，漕船当大造之年，遇有减歇，即停造一年，与先运之船年限参差，将来无须同时配造；一，赔造之船已出运多次，恒欠坚固，嗣后将赔造接算原船，已满十年尚能出运者，准其将船在通售卖；一，满号之船，向俱分年抽造，其中坚固者，交总漕择令加修，出运一次，许其流通变卖。从之。二十九年，漕督杨锡绂言：“各省漕船当十运届满应行成造之年，如运粮抵通，准在通变价。再买补之船未经满运，或中途猝遇风火，请准就地折变。”诏从其议。大河、淮安等帮漕船，恒有遭风沈溺之事。阿桂奏称，因船过高大，掉挽维艰所致，请较原定尺寸酌量减小。嘉庆十五年，复酌减江、广两省漕船尺寸。运丁利於揽载客货，船身务为广大，不知载重则行迟，行迟则壅塞，民船被阻，甚有相去数丈守候经旬者；兼之强拏剥运，捶挞交加，怨声载道，不仅失风之虞也。十七年，以浙省成造漕船赔累日甚，每船除例给二百八两外，复给银五百九十馀两，以纾丁力。漕船建造修葺，其费有经常，有额外，年糜国帑数十百万。及其出运，勒索於州县者又数十百万。催趱迎提，终岁劳攘，夹带愈多，虽苏、松内河，亦无岁不剥运。剥运仍责舟於沿途，甚至拦江索费，夺船毁器，患苦商民，抗违官长，以天庾为口实，援漕督为护符，文武吏士，畏其势焰，莫或究诘。