十年，法人构衅，海运梗阻。太常卿徐树铭言：“漕粮宜全归河运，请於运道经行处疏濬河流，修治闸坝，并选雇民船以济运。”明年，曾国荃言：“来年河运酌添江苏漕粮五万石，并将邳、宿河道淤浅处，酌估挑濬。”从之。卢士杰言：“郑州黄河漫口夺溜，山东运河十里堡门外积淤日宽，回空漕船，不能挽抵口门。现宁、苏新漕待船装载，邳、宿挑淤筑坝，必待空船过竣，方可兴工。”上命迅饬疏濬积淤，俾漕船早日南下。十五年，从山东巡抚张曜请，改拨海运漕米二十万石仍归河运。曾国荃、黄彭年奏：“江、安河运米石，业经截留充赈。苏属河运漕米十万，前已改归海运，各州县起运，均已抵沪，骤改河运，窒碍难行。且雇船将近千艘，亦非旦夕可致。请俟本年冬漕，再行遵旨提前河运，以期规复旧章。”制可。
十九年，北运河上游潮、白等河狂涨，水势高於堤颠数尺，原筑上堰，俱没水中，运河水旱大小决口七十馀处，由津运京米麦杂粮千数百艘，在杨村阻浅，命鸿章将各口门堵合，并疏濬河身，停蓄水势，以利舟行。二十二年，王文韶奏：“南漕改行海运，惟江北漕粮仍由河运，复於苏、松项下提拨米十万石并入河运。船多道远，自黄入运，自运入卫，节节阻滞，船户穷无复之，窃米攙水，诸弊丛生。本年漕船到津，较昔已迟二三月，诚恐有误回空。已饬并程催趱，剋日兑收。但此次截留江北漕米五万石，米色尚佳。江苏五万石，米色参差，甚或蒸变，剔除晾晒，几费周章，盖运受黄病，已非人力所能挽救。拟请自本年始，改拨苏漕之十万石统归海运。其江苏冬漕仍办河运，以保运道。”下部议行。御史秦夔扬以江北河运劳费太甚，疏请停办，改折解部。部议漕粮关系京仓储积，未便遽更旧制。
二十六年，以战端既开，从陈璧请，於清江浦设漕运总局。车驾西幸，转运局移汉口，清江改设分局。是年南漕改用火车由津运京。二十七年，以财用匮乏，谕：“自本年始，直省河运海运，一律改徵折色，责成各省大吏清釐整顿，节省局费运费，并查明各州县徵收浮费，勒令缴出归公，以期汇成巨款。”奕劻请於应办白粮外，每年采办漕粮百万石，纯用粳米，并不得率请截留，从之。二十八年，部议本年江、浙漕粮，纯归招商局轮船承运，费应力从减省。盛宣怀奏：“近年沪局轮船，因事起运太迟，栈耗既钜，及运至塘沽，又值联军未退，费用倍於常时。二十六、二十七两年，招商局所领水脚，实不敷所出。本年太古洋行原减价揽载，英、日议定商约，均欲漕运列入约章，臣等力拒之。盖招商局为中国公司，前李鸿章奏准漕米、军米悉归招商局承运，实寓有深意也。此次详察中外情形，拟请自二十八年冬漕始，於向章每石轮船水脚保险等项漕米银三钱八分八釐一毫内减去五分，永为定制。”从之。
江、浙漕粮由海运津，向用剥船运至通仓，每石支耗米一升一合五勺，名曰“津剥食耗”。自南漕改用火车运京，此项耗米，改令随正交仓。嗣因运米事竣，每有亏耗，许仍旧支给，以抵车运亏耗云。