凡漕船载米，毋得过五百石。正耗米外，例带土宜六十石，雍正七年，加增四十，共为百石，永著为例。旋准各船头工舵工人带土宜三石，水手每船带土宜二十石。嘉庆四年，定每船多带土宜二十四石。屯军领运漕粮，冬出冬归，备极劳苦，日用亦倍蓰家居，於是有夹带私货之弊。漕船到水次，即有牙侩关说，引载客货，又於城市货物辐辏之处，逗留迟延，冀多揽载，以博微利。运官利其餽献，奸商窜入粮船，藉免国课。其始运道通顺，督漕诸臣不事苛察。逮黄屡倒灌，运道淤浅，漕臣严申夹带之禁，丁力益困。
当商力充裕时，军船回空过淮，往往私带盐斤。漕运总督张大有条上六事：一，长芦、两淮产盐之处，奸民勾串灶丁，私卖私贩，伺回空粮船经过，即运载船中，请严行禁止，违者俱依私盐例治罪；一，粮船回空时，请於瓜洲、江口派瓜洲营协同厅员搜查；一，运司等官拏获私盐，请依专管兼辖官例议叙；一，随帮官专司回空，有能拏获私盐三次及帮船三次回空无私盐事者，以千总推用；一，每船量带食盐四十斤，多带者以私盐例治罪；一，例带土宜之外，包揽商船木筏者，照漏税例治罪，货物入官。自是禁网益密矣。帮丁困苦，爰有津贴之议。江苏漕船，以松江帮丁力为最疲。定例松、太等属每船津贴银三百两，旋加为五百两。帮丁视为额给之项，仍欲另议津贴，开船迟延，州县恐贻误获谴，恒私餽之，以致津贴日增，流弊无已。
漕运抵通及遇浅，皆须用剥船。清初设红剥船六百艘，每船给田四十顷，收租赡船，免其徵科。近畿州县距河甚远，恒雇觅民船，河干游民藉之邀利，及接运漕粮，往往有盗卖攙和之弊，甚有盗卖将尽，故倾覆其船，逮运官查明，仍责地户赔偿，倾家荡业。又领船船户例受天津钞关部差管辖，每岁河冰未泮之日，部差催促过堂守候，莫不有费，苦累实甚。三十九年，裁红剥船，依原收租数分派各省，於漕粮项下编徵，解粮道库支发。乾隆二年，定每船给红剥银二两，由随帮千总领发，漕船遇浅，由运军自雇民船，坐粮厅酌定雇价。十三年，增设垡船六十艘，造船及用具夫役工食，均於红剥银内支用，馀仍分给运军。南粮入北河后，官为雇船剥运，粮艘未到，剥船先期预备，守候累日，且有妨商盐挽运。五十年，谕令另造剥船，南粮抵北河，即剥运赴通，嗣后毋得封固民船，致滋扰累，违者罪之。寻议定官备剥船千二百艘，发交附近沿河天津等十八州县收管，如有商货盐斤，许其揽载，四月以后，调赴水次，毋得远离。翌年复添造三百只，交江西、湖广成造，运送天津，与原设剥船在杨村更番备剥。豫、东二省，因水浅阻滞，定造剥船三百艘，交德州、恩、武城、夏津、临清五州县分管。
清初沿明卫所之制，以屯田给军分佃，罢其杂徭。寻改卫军为屯丁，毋得窜入民籍，五年一编审，粮道掌之。康熙初，定各省卫所额设运丁十名。三十五年，定漕船出运，每船佥丁一名，馀九名以谙练驾驭之水手充之。凡佥选运丁，佥责在粮道，举报责卫守备，用舍责运弁，保结责通帮各丁。寻佥本军子弟一人为副军。雍正初，免文学生员佥运。先是江苏按察使胡文伯以江、安十卫去苏、松水次遥远，遇有应更换之丁，运官赴卫查佥，往返须时，请预佥备丁，造册送粮道，转送总漕备案。经户部议准。漕督杨锡绂上疏争之，略言：“预佥閒丁，其不必者有二，不便者有二。各省卫帮，贫富不等。殷富之帮，本无俟閒丁预备；贫乏之帮，遇有应换之丁，百计搜查，求一二殷丁且不可得，安有数十閒丁可以预备？其不必一也。又殷实军丁，生计粗裕，猝遇收成歉薄，一二年或即转为贫乏，今既佥选註册矣，设需用之时，已经贫乏，是仍以疲丁应选，其不必二也。至送粮道点验，仆仆道途，废时失业，不便一也。卫所州县书吏，喜於有事，富者贿脱，贫者受佥，不便二也。请停止预选閒丁註册。”从之。
旧制漕船旗丁十名，丁地五顷。其后丁地半归民户，运丁生计贫乏，经户部行文清查，不许民间侵占。乾隆初，巡漕御史王兴吾奏：“屯田籍册年久散失，无可稽考。亦有册籍仅存而界址难於徵实，或军丁典佃於民，而展转相售、屡易其主者。清田归运，徒滋扰累。盖津贴之举已成通例，民出费以赡丁，丁得项以承运，相沿既久，无碍於漕。况丁得田不能自耕，势必召佃收租，是与未赎时之津贴同一得项承运，未见有益也。”二十五年，锡绂奏：“漕运之有疲帮，实缘运丁债负为累。浙江之金、衢、严、温、处、绍、台、嘉等帮，江南之江、淮、兴、武、凤阳、大河等帮，债欠尤多，帮疲益甚。欲除私负之累，莫若出借官帑。请於浙江江、安道库各提银六万两，专备疲帮领借。每岁督运道员，查按沿途及抵通需用银数，提交押运，至期散给，於次年新运应领项下扣还，俟疲帮渐起，奏明停止。