四十五年，令嗣后耗赠漕截等银米，暂存粮道仓库，俟回空时，仓场查明，按其挂欠数扣抵。不足，以行粮抵补。旋议定挂欠漕粮不及一分至六分之弁军治罪，总漕、粮道按所欠分数议处，并将所欠漕粮，由总漕、粮道及监兑、押运、佥丁、卫所各官至运丁，分别担任，均限定期内偿还。不完，总漕、粮道交部议，运官、运军分别治罪，仍责成总漕、粮道赔偿。全完者，优叙。
粮船抵通起卸漕米，例买别帮馀米抵补。雍正三年，奏准嗣后漕米如有不足，即分别参处偿还，不得以别帮馀米买补。其运军日用馀米，许其售卖，馀并禁阻。
漕船经涉江湖，偶遇风涛漂没，沿途催趱各官，及汛地文武官，亲临勘验出结，总漕及巡抚覆勘奏免。若军弁诈报漂没，及漂没而损失不多，乘机侵盗至六百石者，拟斩；不及六百石，充发极边，漕米按数赔缴。文武官遇漕船沈溺，不将情由申报，押运官弁巡查不谨，致失火焚毁者，俱降一级调用。地方官不协救，延烧他船者，罚俸一年。雍正初，奏准漕船在内河失风漂沈者，不许豁免，押运官弁照失於防范例，罚俸一年。如有假捏，严加治罪，出结官弁，从重议处。凡海洋江河遭风漂没，领运弁军幸获生全者，照军功保守在事有功例，晋级赐金。其漂没身故者，官弁照军功阵亡例，分别准荫加赠，运军给予祭葬银。
乾隆七年，议定漕船失风火灾，船未沉没，无论已未过淮，即令修固复载抵通。如已被沈难戽者，雇民船载运，随帮过淮盘验抵通。如失事在过淮以后，黄河中流，民船难募，令先分通帮带运开行，沿途仍雇觅民船装载。通帮各丁，出具互结，稍有亏欠，责令偿补。江、广漕船失风沈溺，如果不堪戽修，无论已未满号，地方官验明，申报总漕，就近变价，令运弁赉交粮道发给。回空漕船失事亦如之。嗣议准江苏、浙江、山东、河南等省买补船艘，如已满号，遇失风事故，就近折变，价银封交员弁携回，由粮道验给各军，以补新漕。漕船遇冰凌迅下，致被损坏，及雷火焚毁，沈失米粮，免其偿补。
各省漕粮，岁有定额，凡荒地无徵者，督抚勘实报免，随漕银米，一例蠲免。灾伤之区，应徵漕粮，及折改漕价，酌量各被灾轻重，分别缓徵、带徵。遇带徵之年，复又被灾伤，分年压徵带补。沿江沿海田地坍没水中者，保题豁免。水旱偏灾民地，例得蠲免，惟应船役，即被灾甚重，仍须供修船雇募等事，不得同邀宽典。康熙三十七年，议定京畿通州、武清、宝坻、香河、东安、永清六州县红剥船户所领地，水旱一体蠲免。水淹田亩，例於岁终确勘，涸前起徵，淹则停免。雍正十年，定淹田漕米照压徵例，俟冬勘后，涸则带徵，淹则豁免。
苏、松、太三属为东南财赋之区，赋额最重。世宗以来，屡议蠲缓，然较之同省诸府县，尚多四五倍或十数倍。道光时，两遭大水，各州县每岁歉蠲减，遂成年例。嗣是徵收之数，除官垫民欠，每年仅得正额之七八或五六而已。军兴以后，两府一州，受害尤酷。同治二年，谕江督、苏抚查明，折衷议减，期与旧额本轻之常、镇二府，通融覈计，著为定额。其绅户把持、州县浮收诸弊，永远禁革。四年，户部遵议：“江苏常、镇、太五属编徵米，系会同漕赠行月南恤局粮等款徵收。应如李鸿章等所奏，无分起运留支，一体并减，酌科则之重轻，视减成之多寡，计原额编徵米豆二百二万馀石，减五十四万馀石。”民困稍舒。曾国藩又请将苏、松地漕钱粮一体酌减。部覆漕项为办运要需，若议覈减，费必不敷，势须另加津贴，於民生仍无裨益。诏令国藩、鸿章仿浙省成例，覈实删减浮收，并严禁大户包揽短交等弊。是年减浙江杭、嘉、湖三属米二十六万馀石。
海运始於元代，至明永乐间，会通河成，乃罢之。清沿明代长运之制。嘉庆中，洪泽湖泄水过多，运河浅涸，令江、浙大吏兼筹海运。两江总督勒保等会奏不可行者十二事，略谓，“海运既兴，河运仍不能废，徒增海运之费。且大洋中沙礁丛杂，险阻难行，天庾正供，非可尝试於不测之地。旗丁不谙海道，船户又皆散漫无稽，设有延误，关系匪细”。上谓“海运既多窒碍，惟有谨守前人成法，将河道尽心修治，万一嬴绌不齐，惟有起剥盘坝，或酌量截留，为暂时权宜之计，断不可轻议更张，所谓利不百不变法也”。自是终仁宗之世，无敢言海运者。
道光四年，南河黄水骤涨，高堰漫口，自高邮、宝应至清江浦，河道浅阻，输輓维艰。吏部尚书文孚等请引黄河入运，添筑闸坝，钳束盛涨，可无泛溢。然黄水挟沙，日久淤垫，为患滋深。上亦知借黄济运非计，於是海运之议复兴。诏魏元煜、颜检、张师诚、黄鸿杰各就辖境情形筹议。诸臣惮於更张，以窒碍难行入奏。会孙玉庭因渡黄艰滞，军船四十帮，须盘坝接运，请帑至百二十万金。未几，因水势短绌，难於挽运，复请截留米一百万石。上令琦善往查，覆称玉庭所奏渡黄之船，有一月后尚未开行者，有淤阻御黄各坝之间者，其应行剥运军船，皆胶柱不能移动。上震怒，元煜、玉庭、检均得罪。