乾隆元年，议准江南各厂拆造及修理沙唬船、艍缯船，两淮厂拆造沙唬船、修造赶缯船，於部价外，加津贴银两有差。各厂同之。二年，令山东登、胶南北二汛额设双篷船、赶缯船，届修之年，亦增津贴银。三年，拨湖北武昌水师驻汉口，为汉阳水师营中军。议准广东各标营外海战船拆造，视修工大小，加津贴有差。四年，因沿海各省战船报部，有缺少至十之二三者，或侵蚀修船帑银，或赁与商人谋利。令督抚严惩。又谕浙江艍缯船拆修视江苏省之例，艄船视江苏省沙唬船之例，量加津贴。五年，复申禁沿海战船缺少赁用之弊。六年，以台湾远隔重洋，修造战船，仍循旧制。其福建各船厂，兴泉道之泉厂，与兴、泉、永三府协办，汀漳龙道之漳厂，与汀、漳、龙三府协办，盐法道承修之福建厂，与延、邵、建三府协办。七年，裁江苏黄浦营弁兵，改为提标水师右营。八年，加福建三船厂津贴银。十二年，加台湾船厂运费。十四年，令外海、内河水师战船、哨船修竣后，承修官以船身丈尺及器具报有司毋损。
十五年，以闽、浙海洋绵亘数千里，远达异域，所有外海商船，内洋贾舶，藉水师为巡护，尤恃两省总巡大员，督饬弁兵，保商靖盗。而旧法未尽周详，自二月出巡，至九月撤巡，为时太久。乃令各镇总兵官每阅两月会哨一次。其会哨之月，上汛则先巡北洋，后巡南洋。下汛则先巡南洋，后巡北洋。定海、崇明、黄岩、温州、海坛、金门、南澳各水师总兵官，南北会巡，指定地方，蝉递相联，后先上下，由督抚派员稽察。至台澎水师，仍循曩例。
十六年，令福建三江口营大小战船，按季整洗。十七年，令各省水师，除江南省沙唬船、巡快船，福建省艍船，轻便易使，广东虎门协营沙礁迂曲外，其沿海各省战船，一律制备头巾插花，借助风力，以资巡哨。巡船则仿民船，随时修整。五十四年，以外海、内河战船，旧例酌留一半为捕盗之用，其馀各船，次第届期改造，咸令展期三月，福建、浙江、江南、山东各省，咸展期半年。五十五年，以搜捕海盗，战船拙滞，允水师将弁之请，仿民船改制战船，以期迅捷。五十八年，因广东海盗充斥，自南澳至琼、崖，千有馀里，水师战船，虽有大小百数十号，仅能分防本营洋面，不敷追捕，致商船报劫频闻。历年捕盗，俱赁用东莞米艇，而船只不多，民间苦累。乃筹款十五万两，制造二千五百石大米艇四十七艘，二千石中米艇二十六艘，一千五百石小米艇二十艘，限三月造竣，按通省水师营，视海道远近，分布上下洋面，配兵巡缉，以佐旧船所不及。五十九年，以浙江定海县之舟山外有五奎山，外洋船只，皆於此寄泊，实为海滨要区，於定海镇标内，酌拨弁兵，更番戍守。六十年，以沿海战船过於累重，不便捕盗，每届修造，需费尤多，通饬各督抚，届修造之年，俱仿商船之式改造，以所节浮费，为外洋缉捕之用。
嘉庆二年，浙江战船俱仿民船改造。山东战船亦仿浙省行之。其馀沿海战船，於应行拆造之年，一律改小，仿民船改造，以利操防。五年，谕各省水师，向设统巡、总巡、分巡及专汛各员，出洋巡哨。奉行日久，有以千总等代巡之弊。嗣后令总兵官为统巡，副将、参将、游击为总巡，都司、守备为分巡，遇有事故，以次代巡，不得以微员擅代。山东水师，向未有统巡等职名，亦一律行之。九年，因各省师船向遵部颁定式，仅能就近海巡查，不能放洋远出，多改雇商船，出洋捕盗。廷臣建议，战船改商船制度，以收实用。旋谕江苏省滨海之区，屡有盗劫，所有旧式战船，令疆臣仿广东、福建、浙江之例，即行改制。十一年，谕沿海疆吏，当乾隆五十五年，曾严饬统兵官实力训练舟师，乃日久玩生，弁兵於操驾事宜，全不练习，遇放洋之时，雇用舵工，名为舟师，不谙水务。嗣后通饬所辖各营，勒期训练，一切帆舵各技，务皆娴习。其最优者，不次擢用，惰者惩之。二十一年，规复天津水师营汛，以闽、浙、两广、两江各省所裁水师，遵旧制募足额数，改隶天津水师，分营管辖。二十二年，增设天津水师总兵官，以专责成。
道光四年，谕福建疆臣，前以闽省战船迟重，驾驶不便，曾裁汰十五船，其馀俟拆修之年，令承修官仿同安梭船式，一律改造。嗣后闽洋米艇，缉捕仍不得力，其已改造之胜字六号米艇八艘无须裁汰外，所有届修之捷字六号十二艘，存营之胜字一号十号两艘，修竣之胜字三号一艘，悉行裁撤。十年，令直隶、浙江、福建统兵官，增拨哨船，梭巡南北洋面。是年，定水师人员一年试验之制，各统兵官随带出洋，亲加考验。又严定改用外海水师人员之制，其外省世职，及陆路呈改人员，有才具可用，或曾立功绩者，由督抚保题。十三年，整顿浙江省水师，增造阔船、舢板船。十五年，以各省水师废弛，惮於出巡，致盗案叠出，严饬水师提、镇实力训练缉捕。十八年，以各省战船每届修造之年，承办各员，冒领中饱，不能如式制造，或以旧代新，或操驾不勤，驯至朽腐，令统兵大臣核实办理。十九年，令督、抚、提、镇禁将弁扣索之弊，并甄汰劣员，如有呈改召募，不得瞻徇。