同治二年，谕沿海督臣举水师将才。又令曾国藩所部内江水师，都兴阿所部扬防水师，有胜外海水师之任者，各举以闻。四年，在山东省仿长江战船之式，造长龙、舢板船，於黄河水性驾驶合宜。以水师泊黄、运二河，防堵逸寇，必须分段扼守，而地势绵长，不敷调遣。复由山东增造长龙船，并增舢板船十艘，以武职大员督领巡防。五年，改造江南海口之红单广艇三十艘，合原有广艇凡四十艘，分防海口。六年，整顿福建台湾海防，增置龙艚等船。
七年，曾国藩议改水师之制，以江南水师，向分外海、内河二支，外海水师六千七百七十六名，武员一百十八人，内河水师八千二十一名，武员一百三十三人。船数则近稽道光二十四年江南旧例，水师船二百七十五艘，朽坏居多，别造舢板船一百三十五艘，大船十二艘，约计各船不过载兵二千数百人，而额定之兵数，尚有万馀人。徒费饷项，有水师之名，无舟楫之实，宜大为变通，讲求实际。江苏水师，其营制饷章，悉仿长江水师之例，外海之红单广艇，亦略增其饷，与李鸿章、丁日昌诸臣协力筹办，期於外防与内盗并谋，旧制与新章兼顾。俟章程既定，沿海福建、广东各省水师，均可酌改行之。
八年，部臣定议，从曾国藩所陈，改江苏水师为内洋、外海、里河三大支，以资控御。里河水师，以原设提标右营，太湖左营、右营及增设淞北、淞南二营为五营，隶提督统辖。舢板船每营船数不等，一律兴修，不得缺额。所有太湖七营，改为里河五营，其裁员归并提标序补。马新贻等续议，九江水师营改城守营，设陆汛四处。鄱阳营改陆汛二处。洞庭水师营改龙阳城守营。岳州水师营酌留水兵，隶陆路管辖。荆州水师营酌留弁兵有差。九年，谕定安等以宁灵各军，运饷艰难，增造炮船，由黄河运送。所有大小战船三十二艘，编为一营，设统带等官。
十年，沈葆桢以外海兵船制成，应简知兵大员督率操练。寻以福建水师提督李成谋为兵船统领。是年，曾国藩以江南水师章程初议十四条，嗣由马新贻等增为二十五条，乃删减归并定为二十一条。外海六营，以次巡哨。内洋五营，分定汛界。里河五营，分定汛界。淞南营、淞北营、太湖左营、太湖右营酌增战船。水师营所遗陆汛，移并留防。京口三营陆汛炮堤，分别管辖。改定辖营，及留设守备，要汛多留陆兵。定将弁处分则例。规定各营船数。酌定外委员数。酌定裁缺薪粮。营官建衙署地方，各营座船之数，官兵额定数目，书吏名数，雨蓬旗帜等费，官兵粮额，各船酌用枪炮数目，各船酌用火药枪炮弹，综计饷项之数，下所司核议行之。十一年，丁宝桢调拨福建省所制安澜兵轮赴山东洋面巡缉。瑞麟调拨福建省小号兵轮赴奉天海口巡缉。
光绪四年，裁去广东轮拖巡船水勇二千三百馀人。五年，以各省举办水师，奉天、直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东次第驻泊兵轮，编制水师，而沿海各省形势不同，操法未能一律，吴淞口为南北海疆適中之地，乃命江南提督李朝斌为外海兵轮统领，督率各省大小兵轮，定期在吴淞口会操。六年，以新置蚊炮船便利合用，续向外洋购置数十艘，募福建、广东沿海精壮之民为水师，分屯北洋各海口。七年，以奉天旅顺口原有旗营，艇船朽坏，弁兵疲弱，悉行裁汰，归陆师巡防，别以快炮防海。时丁汝昌由英国率战舰回国，为中国水军航外海之始，乃擢丁汝昌为水师提督。
八年，以江南形势，先海后江，朝议拟以长江水师提督驻吴淞口，狼山、福山、崇明三镇标隶之，以江南提督移驻淮、徐，改福建水师提督为闽浙水师提督。寻左宗棠、彭玉麟议覆，以海防不外战守二端，战宜厚集兵力，守宜因势设险，仍循旧制为宜。福建水师自裁兵加饷后，实存水师六千九百馀人，旗营水师三百馀人，各营拖罾、龙艚、快艇等大小战船实存四十艘，台湾、澎湖战船六艘，大小兵轮十艘，宜联合浙江省水师会操，官制则仍循其旧。
九年，以广东内河之肇庆河面县长六百馀里，仅有小巡船二十馀艘，不敷分布，九龙洋面水浅，大船难於行驶，乃於二处各增设浅水兵轮船。十年，试造尖底舢板船，分布海口。旋以船质弱小，罢之。十一年，彭玉麟以海防日亟，议设水师总统於吴淞，分设二镇：一驻直隶大沽，凡盛京、直隶、山东、江南各海口战船隶之；一驻福建厦门，凡浙江、福建、台湾、广东各海口战船隶之。两镇每年周巡海口，会哨於吴淞。是为南北洋水师建议之始。十二年，议裁减浙江沿海水师。旋浙抚刘秉璋以旧额战船二百五十馀艘，粤寇乱后，购造不及半数。光绪八年，裁水师船十三艘，停修旧船三艘，已符裁兵三成之数。惟巡洋之红单船十一艘，不在额设裁减之例。十四年，因台湾疆土日辟，改安平水师副将为台东陆路副将，改鹿港游击为安平水师游击，任新设地方镇守之职。十五年，以福建内河水师炮船旧额共九十八艘，频年裁撤，实存三十艘。每船配置水师六人，专任巡缉内洋。十六年，调拨福建海坛水师驻防福清县属，以靖海盗。十七年，於湖南选锋水师中、前、后、左、右营内，拨一千六百馀人，分防省城及岳州等处，拨长胜、毅安水师四百馀人，分防辰州、沅州、常德等处，拨澄湘水师三百馀人，分防衡州等处，以专责成。是年，因奉天辽河下游旧有巡船，上游则仅有陆队兼巡，未有水师。乃增置长龙炮船一艘，舢板船八艘，於练军内选拨弁勇，梭巡辽河上下及省南之洋河。