二十年，以各省战船修造草率，并有迟延积压各弊。福建船厂所修成字四号大船，甫经拆造，即致破坏。自道光六年至二十年，积压各船至三十艘之多。承修各员，悉予惩处。各厂应修之船，一律严催。其水师各船巡洋之馀，各提、镇大员，饬将弁操练燂洗，毋任久泊海壖。又因广东虎门海口为海防中路要区，以西境之香山，东境之大鹏，为左右两翼，嘉庆十五年，设水师提督，节制各路。香山副将所辖水师，兵力稍厚。大鹏参将所辖弁兵，仅九百馀人。道光十年，又分为二营，其所辖大屿山及尖沙嘴洋面，为夷船聚泊之所，乃择要建炮台二座，与水师相依护，以澄海副将改为大鹏协副将，移驻九龙山，增额设水师，兼守炮台，增造大号中号米艇四艘，快船二艘，在水师各协营，抽配弁兵，巡缉洋面。
二十一年，以外夷船坚炮利，旧设外海水师，强弱不敌，等於虚设，拟改水师为陆师，专防内地。寻以海盗滋扰，全恃水师缉捕，广东之虎门，为外海藩篱，尤藉舟师之力，乃定议缓裁。
二十二年，以海上用兵，专恃炮火，令各疆臣训练弁兵，一律以施放炮位有准，为弁兵去取。又以海上用兵二载，闽、粤、江、浙水师，迭致挫败，令四川、湖广等省，采购巨木，速制坚船，驶往闽、浙等省，防守海疆。寻因各省战船，如快蟹、拖风、捞缯、八桨等船，仅能用於江湖港汊，新造之船，亦止备内河巡缉，难於海上冲锋。惟潘仕成捐资新制之船，坚固適用，炮亦得力，并仿美利坚国兵船制造船样一艘，又仿英吉利国中等兵船之式，调取各省工匠，改造大船。其例修师船，一律停造，以资挹注。并以船炮图说，饬江苏、福建、浙江三省督抚详勘，何者利用，由广东省制成，分运各省。又因湖北省所辖长江千馀里，旧设宜昌镇标，荆州、汉阳各水师营，战船不能载炮。广东匠役何礼贵曾为外洋造船，能造火轮及各式战船，饬赴湖北，择何项战船利於长江驾驶，即就海船之式，量为变通。裕泰拟造之开浪船，於海战未宜，罢之。
二十三年，饬沿海各提、镇，於每岁出洋及巡洋事毕，所经历情形，悉以上闻。三十年，因浙江省水师废弛，饬有司整治船炮，严禁奸民接济海盗，并令沿海将领，按时出洋会哨。又令山东疆臣，以三汛师船，四县水勇，合而为一，统以专员，往来策应，并於扼要岛屿，设置大炮。
咸丰元年，以长江辖境绵长，令张亮基等购置船炮，择要驻守。三年，调广东外海水师拖罟战船，及快蟹、大扒等船百艘，统以大员，由海道驶赴江宁，助剿粤寇。是年，江忠源疏请广制战船，以靖江面。旋令两广督臣，以广东拖罟船式咨行四川、湖广各督抚，或在本省，或在湖北宜昌一带，迅简工匠，造水师船百馀艘，每船载兵五十人，於三月内竣事。兼饬湖南、湖北二省，购船募兵，与长江下游艇船，协力防江。旋以所购民船不合用，乃收买江船之巨者，仿广东船式，安置炮位，与广东所募红单船，及赁用拖罟船，驶赴江南剿寇。又以广东内河及滨海各厅县，均有捐造缉捕快蟹船，道光间，江海捕盗，悉藉其力。船头藏巨炮，旁列子母炮，勇丁咸技艺精练，洵水战最长。令各船由海道至长江会师。是年，曾国藩试造师船於湖南，以规模过小，乃就广东之拖罟船、快蟹船二种，参酌其制，先造十艘，续增二、三十艘，以能载千斤之炮为度。至拖罟船，则由两湖督抚如式制造。
四年，令广东赁用之红单船二十三艘，并修治十九艘，凡四十二艘，统一武员，驶入长江。是年，以粤寇窜扰东南，水师不敷剿堵，下游惟广东红单、拖罟等船渐集瓜洲，上游惟曾国藩新造战船，自湖南顺流而下，已达武昌。其九江、安庆等处，尚无战舰，令张亮基、骆秉章购置江船及钓钩等船，裕瑞、夏廷樾在四川采购材料，与骆秉章商办。旋骆秉章以四川造船，江险而途远，水程不便，仍在湖南购料制造。两湖绅士丁善庆，遵曾国藩所定之式，已成大板艇五十号，长龙等船亦次第告成。长江剿寇，在江南取胜者，以红单船、拖罟船二种为最，体势雄壮，置炮最多，而能顺风不能逆风，宜江面宽阔，不宜港汊。在湖南取胜者，以舢板船、长龙船、快蟹船三种为最，往来轻便，搜捕尤宜，而风急水溜，一下难於遽上，势散而力单。令湖南水师沿江攻剿，与江南水师会合，各用其所长，以期制胜。
六年，以曾国藩在江西所造战船，最为得力，令福济选择将弁，率工匠赴庐州仿造，所需洋炮，在上海拨款办解。六年，胡林翼以长江水师，自五年春间回驻武、汉以后，战舰无多，乃与骆秉章协商，督率船炮局各员，尽力筹谋，水师复振。湖南绅局所制船械，交至营中者，大小战船凡三百馀艘，火药四十馀万斤，炮子一百四十万斤，其馀各械咸备，请优诏奖之。水师重在炮位，广东运到洋炮二百尊，续运六百尊，配置各师船，自武、汉至九江，所向克捷。惟长江水战，上下游形势不同，武、汉以上，利用轻便战船，浔、皖以下，江面渐广，利用巨舰，秋冬风劲宜巨舰，春夏宜小艇，船炮之大小，宜因时因地而损益之。请令两广督臣，续购大小洋炮，自四百斤至一千五百斤，凡八百尊，尽易旧式炮位，以利东征。八年，以天津原设水师，道光间，先后裁撤，乃筹复设，以重海防。令福建、广东疆吏，各抽调大号战舰，备齐炮械，由海道驶赴天津，设水师三千人。十年，令清淮筹防局筹款，为防湖水师常年经费，增设淮扬水师营，以保两淮盐场，兼佐陆军。芜湖孤悬水中，令曾国藩筹设宁国水师，以攻芜湖，为克金陵之本。增设太湖水师，为克苏州之本。