二月，韦国宗等攻陷武昌，巡抚陶恩培等死之。寇溯汉江而上，以岳家口、仙桃镇为老巢。上以胡林翼巡抚湖北，国藩进吴城镇，屡书与议东南大势，以武昌据金陵上游，宜厚集兵力为恢复计。四月，陷德安府，杨霈退走襄阳，上褫其职，以官文为湖广总督。国藩屯南康，思整军出江谋进取，然寇已由都昌陷饶州，别由东流、建德窥乐平，屯景德镇，东犯祁门、休宁诸处。而湘军仅万馀人，水陆分为四：李孟群等水师回援武昌，塔齐布留攻九江，罗泽南入江西攻饶州，国藩收萧捷三水师三营屯南康。罗泽南奔走往来，克广信府，收景德。寇之踞徽州者，与土匪相结，据险以抗我军。浙军出境击寇，复徽州，乘胜克休宁、黟县、婺源，生擒伪将军、两司马等八名。秀全命北固山、镇江、瓜洲、金山四路，约期进犯扬州。托明阿伏兵九洑洲，迎击破之，断铁锁船链，焚船三百。诸路寇被创而遁。饶州之寇分据乐平、德兴、弋阳，江西军率水陆师往剿。寇出五队来扑，不克而奔，郡城立复。秀全以金陵山三山为滨江要区，以精卒守之，水师不能上驶。托明阿督水师总兵吴全美沿江扫荡，焚船二百馀艘，获拖罟、快蟹等船二十五艘、大小炮八十馀尊，生擒伪先锋陈长顺等六十一名。吴全美乘势上山，蹋平营卡。江西肃清，水师始棹行无阻。
五月，秀全谋袭金口，断楚军粮道。林翼督军屡战，斩其伪丞相陈大为等，进屯纸坊，逼省城小东门。寇潜自他门出掠。林翼建议先攻汉阳，扼涢口、蔡店要隘，绝窜湘之路；开濬江堤，以水师腹背攻之，则汉阳可破，而鄂省咽喉已通，不难并力於武昌矣。初，寇由府河入湘，所过州邑悉残破无完土，复为官文伏军所狙击，分途溃退。六月，收复云梦、应城，二城者府河出入要道也，寇失之，大恐。我军进攻德安，断其出入，寇始不敢窥伺荆襄。七月，塔齐布卒於军。寇陷义宁，国藩遣罗泽南出奇兵复之。寇严守襄河蔡店，上通德安，下达汉镇，互为应援。十二月，彭玉麟克蔡店，水陆并进，毁襄河铁索浮桥，蹋平南岸敌巢，而下游塘角、汉阳、大别山营垒焚毁殆尽，德安之寇益蹙。林翼既克蔡店，而汉川为蔡店后路，寇据此游行冲突，德安亦资以通声气。林翼与官父会军克复汉川，武汉首尾始联络一气。
芜湖之陷几二载矣，江、皖往来道梗。寇以为上下关键，水则联舰，陆则砌台，我军屡攻不能拔。是月，向荣督军分道击之，县城始复。楚南军亦攻复湖口、都昌。八月，按察使李孟群守金口，崇宁寇句结武昌城党分道来扑，陆营失守，林翼亦败於奓山，退保大军山。寇势复炽，分扰汉阳，并绕道袭陷汉川。九月，官文、林翼檄调罗泽南援武汉，泽南上书请率所部以行，谓：“得武昌乃可控制江、皖，屏蔽江西，而后内湖外江声息可通，攻九江始操胜券。”国藩从之，乃部署援师五千人，自义宁趋通城。寇闻我军至桂口，分众来援，设木城重壕自固。泽南会军克之，进攻崇阳。桂口寇退入崇阳，密约通山来援。桂口与湖南、江西、湖北交界，形势奥衍，米粮充足。曩伪丞相锺酋义宁败后，踞此修土木城，跨山引涧，袤斜六里，欲踞一隅以掣三省之师，伺隙而动。泽南移得胜之兵先夺是隘，进克崇阳，焚寇垒，驰赴羊楼司扼敌上窜。
十月，克复庐州。庐州陷已三年矣，守之者为伪豫王胡以晃，与我军大小数百战，死伤万馀，皆受创而去，是月始克之。其据德安者，众不过数千，恃武汉为下游奥主，襄、府二河群蚁聚。我军胜东挫西，疲於奔命。至是官文督兵力战，守城寇党陆长年、马超群潜赴大营投诚，约为内应。值大风雨，放火开门纳师，遂复其城。时寇之牵制我军者三路：自随、枣至襄阳为北路，武昌上下为南路，汉川中路。尾潜、沔，首德安为尤要，屡收屡陷。官文督军分四道齐集汉川，克之，遂率兵东下，与林翼合谋武汉。石达开自安庆率三万人上援武昌。泽南会林翼夹攻，连克蒲圻、咸宁；至金口，会攻武昌，破城外敌垒，驻军洪山。寇之踞武昌者，城外大垒八、小垒二。林翼与战，泽南袭之，破大垒一、小垒二。李孟群亦薄攻汉南，与官文军相声援。水师往来南北烧敌船，都兴阿以马队护之。群帅辑和，寇益不得逞。汉阳城外自龟山沿河而下，敌船林立。上游入江之梁子湖，下游金牛镇，群寇赴援。水陆各军督团勇犁巢扫穴，武汉外患至此尽除。
秀全以瓜、镇屡挫败，图往援，十一月，出龙脖子等处。向荣饬张国樑败之仙鹤门、甘家巷，又战七霞街，毙伪丞相周少魁等四十名；追至石埠桥，馘二千馀，逃入城不敢复出。秀全於对江九洑洲筑石垒，浚深壕，悉锐守之，为金陵屏蔽。寇窜江北，以此为出路，屡攻之未下也。六合知县温绍原克其垒，后复为寇据，同治二年始复之。瓜洲、镇江一水相望，两城往来无阻，并时有合窜扬州图北犯意。扬州军与瓜洲相持已二年馀，托明阿以日战无效，谕士民筑长围於瓜洲之北以扼之，至是围成。寇水路分扑，大败去，夺其簰船，生擒伪参护郑金柱等十名。吉尔杭阿既克上海，移军镇江，是月营小九华山。又於黄鹤山、京畿岭筑城置炮台以逼之，并为地道轰城，寇死拒不得入。