卫所军丁的总数，在政府是军事秘密，绝对不许人知道。[12]甚至掌治军政的兵部尚书，和专司纠察的给事、御史也不许预闻。[13]我们现在就《明太祖实录》卷二二三记载看，洪武二十五年的军数如下表（2）。
总数超过一百二十万。洪武二十六年以后的军数，按卫所添设的数量估计，应该在一百八十万以上。明成祖以后的军数，约在二百八十万左右。[14]万历时代的军数如下表[15]：
各镇军马数额表
*原额：永乐以后 现额：万历初年
▲包括马驼牛骡在内
明初卫所军士的来源，大概可分四类，《明史》卷九〇《兵志》二记：
其取兵有从征，有归附，有谪发。从征者诸将所部兵，既定其地，因以留戍。归附则胜国及僭伪诸降卒。谪发以罪迁隶为兵者。其军皆世籍。
从征和归附两项军士都是建国前后的旧军。谪发一项则纯以罪人充军。名为恩军[16]，亦称长生军[17]。如永乐初屠杀建文诸臣，一人得罪，蔓连九族外亲姻连都充军役[18]。成化四年（1468）项忠平荆、襄农民暴动，俘获三万余人，户选一丁戍湖广边卫（《明史》卷一八七《项忠传》）。都是著例。
除以上三项外，第四类是垛集军，是卫军最大的来源。《明史》卷九二《兵志》四说：
明初垛集令行，民出一丁为军，卫所无缺伍，且有羡丁。……成祖即位，遣给事等官分阅天下军，重定垛集军更代法。初三丁已上垛正军一，别有贴户，正军死，贴户丁补。至是令正军、贴户更代，贴户单丁者免，当军家蠲其一丁徭。
平民一被佥发充军，便世世子孙都入军籍，不许变易。民籍和军籍的区分极为严格[19]。民户有一丁被垛为军，政府优免他的原籍老家的一丁差徭，以为弥补。军士赴戍所时，宗族为其治装，名为封桩钱[20]。在卫军士除本身为正军外，其子弟称为余丁或军余，将校的子弟则称为舍人。宣德四年（1429）定例免在营余丁一丁差役，令其供给军士盘缠（《大明会典》卷一五五）。边军似乎较受优待，如辽东旧制，每一军佐以三余丁[21]。内地的余丁亦称帮丁，专识操守卒往来费用[22]。日常生活则概由政府就屯粮支给，按月发米，称为月粮。其多少以地位高下分等差。洪武时令在京在外各卫马军月支米二石，步军总旗一石五斗，小旗一石二斗，军一石。守城者如数给，屯田者半之[23]。恩军家四口以上一石，三口以下六斗，无家口者四斗。月盐有家口者二斤，无者一斤（《明史》卷八二《食货志》六俸饷）。衣服则岁给冬衣棉布棉花夏衣夏布，在出征时则例给胖袄鞋裤（《明史》卷一七七《王复传》）。
三 京军
明初定都南京，集全国卫军精锐于京师。有事以京军为主力，抽调各地卫军为辅。又因蒙古人时图恢复，侵犯北边，命将于沿边安置重兵防守，分封诸子出王边境，大开屯田，且耕且守。靖难役后，明成祖迁都北京，以首都置于国防前线，成为全国的军事中心。定制立三大营，一曰五军，一曰三千，一曰神机，合称为京军。
五军营的组织，太祖时设大都督府，节制中外诸军，京城内外置大小二场，分教四十八卫卒。洪武四年（1371）士卒之数二十万七千八百有奇。洪武十三年分大都督府为前、后、中、左、右五军都督府。成祖北迁后，增为七十二卫。永乐八年（1410）亲征本雅失里，分步骑军为中军，左、右掖，左、右哨，称为五军。除在京卫所外，每年又分调中都、山东、河南、大宁各都司兵十六万人，轮番到京师操练，称为班军。
三千营以边外降丁三千人组成。
神机营专用火器，永乐时平交阯得到火器，立营肄习。后来又得到都督谭广进马五千，置营名“五千”，掌操演火器。
三大营在平时，五军肄营阵，三千肄巡哨，神机肄火器。在皇帝亲征时，大营居中，五军分驻，步内骑外，骑外为神机，神机外为长围，周二十里，樵采其中。
皇帝侍卫亲军有锦衣卫和十二卫亲军。御马监又有武骧，腾骧，左、右卫，称四卫军。
明初京军总数在八十万以上[24]。永乐时征安南，用兵至八十万（《明史》卷一五四《张辅传》）。正统中征麓川，用兵亦十五万（《明史》卷一七一《王骥传》）。永乐、宣德二朝六次对蒙古用兵，都以京军为主力。到正统十四年（1449）土木之变，丧没几尽。《明史》卷一七〇《于谦传》说：
时京师劲甲精骑皆陷没。所余疲卒不及十万。人心恐慌，上下无固志。