“以柔道行之”，确实是刘秀治理国家的一大特色。
还是在他建国之前出镇河北时，就首先清除苛政，理结冤狱，罢黜贪官，延揽人才，广施恩泽，取悦于民。东汉王朝建立后，刘秀面临的是“百姓虚耗，十有二存”的残破局面。为此，他顺应民心，实行宽松的统治。
减轻赋税。为恢复被破坏了农村经济，建武六年（30），他就下令实行“三十税一”的田赋制度。每逢突发性的自然灾害，他都要下令减免徭役，对于那些鳏、寡、孤、独、笃、癃、贫而不能自给的，官府经常发给粮食。
解放奴婢。奴婢问题是秦汉以来的重要社会问题，刘秀称帝后，曾先后九次颁布诏令，要求释放奴婢，禁止虐待和杀害奴婢，敢于阻挡者予以严惩。这个政策针对积存已久的问题，在严重缺少劳力的情况下，免奴婢为庶民对恢复和发展社会生产，具有积极作用。特别是诏书中提出“天地之性人为贵”的观点，尊重奴婢的人格，提高奴婢的地位，表现出以人为本的思想，具有进步意义。
停止武力。长期的戎马生活，使他迫切希望摆脱鞍马劳顿的辛苦，体会息肩思乐的幸福；长期的动荡混战，使他希望尽快恢复生产，重建家园。在他当政的33年中，除了在建国初十几年时间外，他确实也没有发动过任何战争。
强化皇权除了经济上的恢复，政治上的重建也是东汉政权所面临的一个重要任务。刘秀推行了一系列有利于集权统治的措施，以此来巩固统治。
加强中央集权。刘秀提高尚书的权力，把原来地位较低的事务性官员变为政务官，设置尚书台，掌管全国政事，直接对皇帝负责。他限制三司（太尉、司徒、司空）的权力，让他们各有职掌，各负其责，不可逾越，并逐渐削弱他们的权力，有时甚至只是“备员”（充数）而已。他在宫廷内设置中常侍、黄门侍郎、小黄门、中黄门等宦官职务，由他们掌管传达皇帝的号令和诏书，阅览尚书进呈的文书。这样，尚书权高位低，三公有职无权，宦官只供驱使，大权便集于皇帝一身。这里需要说明的是，宦官虽然只供驱使，但实际上权力要大得多，这便为东汉中后期的宦官乱政埋下了祸根。
精简地方机构。建武六年（30）刘秀就下诏要精简机构、裁减吏员，诏令颁布的当年，就“并省四百余县，吏职减损，十置其一”。这不仅节省了国家财政开支，而且加强了中央对地方的控制。另外他又恢复了汉武帝时期开始实行的“刺史”制度，除首都和京畿地区外，其他十二州，每州设一刺史，遵照皇帝的命令，代表中央，巡行郡国。从而强化了中央对地方的监督与控制。
废除地方兵权。刘秀取消了三种地方军队——材官（步兵）、骑士（骑兵）、楼船（水兵），撤消了地方军长官郡都尉，让地方士兵一律退伍还乡，从事农业生产。中央军队称南北军，由中央直接控制，重大的军事行动由京都兵担任。这样，既有利于把军权集中在中央，又能防止地方上的叛乱。
合理安置功臣。历史上的开国皇帝，周围都会聚集着一批一同创帝业打江山的功臣。开国皇帝与开国元勋之间往往有着十分复杂的关系，如果处理不好，就会使之或骄纵妄为，尾大不掉，甚至危及皇权；或心存疑惧，产生二心，甚至另立旗号。在这方面，西汉初的历史留下了深刻的教训，以致韩信发出“狡兔死，良狗烹；高鸟尽，良弓藏；敌国破，谋臣亡”的感慨，道尽了众多开国元勋的辛酸史。
刘秀是靠着血与火的激烈争战创立帝业的。在这个过程中，一大批足智多谋、骁勇善战的将军立下了赫赫战功。其中，最著名的是“云台二十八将”，即邓禹、马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇（yǎn）、杜藏、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱佑、任光、祭遵、李忠、景丹、万修、盖延、邳彤、铫(yáo)期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆等28人。
刘秀对这些功臣中有较高政治才能的，仍加重用，让他们参议国事。如邓禹，善于谋略，器量恢宏，刘秀经常委以重任。刘秀即位，任命邓禹为大司徒，封丰臣侯，食邑万户。建武四年(28)春，邓禹奉命率军南攻，收降刘嘉，击败延岑。建武十三年(37)，天下平定，邓禹被封为高密侯。
另一方面刘秀对那些虽屡建军功却缺少治国才干的功臣，不授以实职实权，只让他们享受荣华富贵，优游享乐以尽天年。如马成，在刘秀征讨河北时，他弃官步行，追到满阳才赶上刘秀。他杀李宪，败隗嚣，破河池，平定武都，曾被封为平舒侯、扬武将军，最后被封为全椒侯。再如马武，他是一个文化水平不高的草莽英雄，但在战斗中却每次都冲锋在前，勇猛无敌，屡立战功。刘秀称帝后，拜为侍中、骑都尉，封山都侯。刘秀有一次和功臣饮宴欢聚，他问道：“如果你们没碰上时局大变动，会取得什么样的成就？”邓禹首先说：“我年轻时汉代鸟篆文铜壶曾读书求学，可以做个郡文学博士。”刘秀认为邓禹太谦虚，就说：“你是世家子弟，品德志向都很高尚，何愁不做个掾功曹？”其他的人也都一一做了回答。马武则不假思索地说：“我有勇力有胆量，可以当个守尉，专管捉拿强盗。”刘秀听了，笑着对马武说：“你呀，只要不做贼，不被人逮住，能当上一个乡村里的亭长，那就很不错了。”从这件事可以看出刘秀与这些功臣之间的密切关系。尽管如此，刘秀仍只是奖功封侯，而不授予实际权力。
刘秀对这些功臣既督以洁身自爱，又与之其乐融融，难怪清初学者王夫之发出“三代以下，君臣交尽其美，唯东汉为盛焉”的赞叹了！
限制外戚权力。西汉二百多年间，外戚曾多次专权，对汉朝统治威胁最大的有两次：一次在开国之初的吕后专政；另一次是西汉末年，外戚王氏由公而王，继而居摄称帝。刘秀少通经史，对此非常熟悉，尤其后一次是他亲历目睹的。与对待功臣的态度相类，他对外戚也是十分谨慎的。
在建国之初，他考虑到外戚是他进行统一战争和巩固政权的依靠力量，因而对外戚也多加任用和封赏。如皇后阴丽华异母兄阴识，在刘秀即位后被任命为骑都尉，改封为阴乡侯；皇后同母弟阴兴一直追随刘秀征战，后任卫尉，赐爵关内侯。但统治稳定之后，刘秀便开始抑制外戚势力，防止他们结党营私。如卫尉阴兴和新阳侯阴就，地位显赫，又非常敬重有才能的人，冯衍就是其中的一个。冯衍能诗善文，尤擅辞赋，颇得阴氏兄弟赏识，彼此多有来往，诸王也格外敬重他。刘秀鉴于西汉外戚交接宾客、扰乱朝政的教训，下令将外戚结交的宾客，皆依法治罪，重者处死，轻者贬官。冯衍也因此得罪，罢官归家，潦倒而死。这样，宾客不敢轻易结交外戚，外戚也不敢轻易招揽宾客了。到他统治后期，对外戚的限制就更加严厉了。在太子太傅的选择上，他明确表示不用外戚阴识，而用正谏之臣张佚。在临终前四个月，他甚至派司空告礼高庙，降太后吕雉尊号，宣布她不宜配食高庙。这样，外戚的参政权力被限制、削弱，威胁便得到了有效的控制，皇权便得到了有效的加强。