抓捕窦宪的前一天晚上，和帝亲自御临北宫，命令司徒兼卫尉官丁鸿，严兵守卫，紧闭城门；命令执金吾、五校尉等，分头捉拿郭璜、郭举父子和邓叠、邓磊兄弟，清除了外围。第二天，派谒者仆射直入窦家，宣读诏书，收回窦宪的大将军印绶，改封为冠军侯，并限令与其弟窦固、窦景等各回封地。郭璜等人下狱处死，和帝感念窦太后的养育之恩，没有公开处死窦氏兄弟，回到封地后皆迫令自杀。四兄弟中只有窦环没有参与策划谋反，被免了死罪。
一场轰轰烈烈的夺权斗争就这样以和帝的胜利而告终。和帝致胜的原因，概括起来，太致有这样几个方面：
有群众基础。窦氏所为已是天怒人怨，群臣之谏已可见朝廷上下反对窦氏的情绪，同时也为和帝夺回政权做了舆论上的准备。
组织严密。和帝是经过周密观察和细致考虑才选中了郑众，而刘庆则是被窦太后陷害其母废立的皇太子，自然对窦氏深恶痛绝。在“窦氏父子兄弟并为卿、校，充满朝廷”的情况下，择人不当，或稍漏口风，后果将不堪设想。
措施得当。把窦宪调回京师收捕，避免造成地方混乱和军事火并。待窦宪回到京师后，一夜间，对几大要员全面出击又分别系捕，既避免了互相串连，又免得夜长梦多。
因此，整个过程干净利落，并没有引起朝野的极大恐慌与混乱。而这一切都是由一个14岁的孩子主要策划的！我们不得不感佩于和帝刘肇的机智、敏锐、干练与稳重。
汉代伎乐木俑诛除异已窦氏为维护专权，安插了大量党羽，因此朝廷上下多有附臣与亲信。当初，和帝在长安召见窦宪，朝臣甚至议论称之“万岁”，尚书韩棱愤怒指责“礼无人臣称万岁之制”，才算止住了这场闹剧。这一方面说明窦氏权势的贵盛，另一方面也说明时臣趋炎附势的风气。因而，和帝执掌政权后，立即清理窦氏残党余孽，太尉宋由因为窦氏党而被罢免，后自杀。其他亲朋故旧，凡是依仗窦家的关系而做官的，统统被罢免回家。
当然，这里也免不了有一些携私怨报私仇，从而蒙冤至死的。班固是其中的显例。
班固，字孟坚，扶风安陵（令陕西泾阳县南）人，其父班彪为东汉著名历史学家。汉章帝即位后，因“雅好文章”而更加器重班固。
汉和帝永元元年（89），窦宪以车骑将军领兵伐北匈奴，班固随军出发，任中护军，参与军中谋议。汉军出塞三千余里，大败北匈奴，一直追到燕然山，班固作《封燕山铭》，刻石记功，史称“燕然勒铭”。
窦宪谋杀和帝的案件本与班固毫无关系，但班固既为窦氏幕府人物，自然遭到株连，因而被免官。但洛阳令种兢因私恨却将班固下狱并致死。
值得注意的是，汉和帝了解了这些情况，下诏谴责了种兢公报私仇的恶劣做法，并将害死班固的狱吏处死抵罪，表现出处理事务公平公正、见错必究的精神。
信用宦官东汉时期，为了加强中央集权，在宫廷内设置了中常侍、黄门侍郎、大黄门、小黄门等宦官职务。他们负责掌管传达皇帝的号令和诏书，阅览尚书进呈的文书。
在和帝夺回政权的过程中，中常侍钩盾令郑众直接参与了策划和实施，在论功行赏时，郑众自然是首功。于是，郑众被升迁为大长秋。是汉代皇后的宫名，用以名官，称其官署为“长秋寺”。这是皇后近侍官首领，一般由皇帝亲信充任，负责宣达旨意，管理宫中事务。而在进行策勋班赏的过程中，和帝注意到，郑众总是推辞的多，接受的少，这种谦逊仁爱之心，很得和帝的赞赏。因此，和帝以后便经常同他讨论国家大事，国家一些大政方针的决策便较多地掺杂着宦官的力量。所以史书上说“宦官用权自此始矣”！
当然，和帝重用宦官，还有一些客观因素。这就是，这时期他所信任、倚重的一些朝臣和宗王或年老体弱，或寿短命微，陆续退出了历史舞台。从永元四年（92）到永元八年（96），相继故去的就有10位：
司徒袁安，永元四年三月死。
司空任隗，永元四年八月死。
千乘王刘伉，永元五年正月死。
太傅邓彪，永元五年正月死。
广宗王刘万岁，永元五年正月死。
太尉尹睦，永元五年十月死。
司徒丁鸿，永元六年正月死。
城阳王刘淑，永元六年五月死。
乐成王刘党，永元八年四月死。
陈敬王刘羡，永元八年十二月死。
这一串黑色的数据，是不是意味着刘氏政权的日薄西山呢？
亲理政事在一举扫平了外戚窦氏集团的势力之后，汉和帝开始亲理政事。他每天早起临朝，深夜批阅奏章，从不荒怠政事，从他亲政的所作所为，尚不失为一个英明有为的君主。
安定边疆。西北有西域都护班超大破焉耆，西域降附者五十余国；东北有乌桓校尉任尚大破南单于，将辽东收归，改为渤海郡。和帝一朝，曾多次平定过少数民族的叛乱。
宽缓为政。和帝当政时期，曾多次下诏赈灾救难、减免赋税、安置流民、勿违农时。在法制上也主张宽刑。他任用的掌管刑狱的廷尉陈宠，便是一个富于同情心的仁爱之人，每次断案，都依据经典，而“务从宽恕”。
和帝对有过失之人，也能根据情况，从宽处理。永元九年（97），窦太后死。由于宫廷紧守秘密，和帝为梁贵人所生的事实始终没予公开。太后死后，梁家才敢奏明朝廷，为梁贵人讨一个说法。这时和帝也才知道了自己的身世之谜。但在如何安置窦太后的问题上，三公上奏：“请依光武黜吕太后故事，贬窦太后尊号，不宜合葬先帝。”而和帝却念对自己的养育之恩，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应有所降黜。于是不降尊号，谥为章德皇后。而对梁贵人、宋贵人的问题也都妥善安置。梁贵人被追封皇太后。
注重德教风化。章帝时，居巢侯刘般死，按规定应由长子刘恺袭爵，但为满足父亲的遗愿，他坚持让弟弟刘宪袭封，自己则逃往外地。执政官上奏请示收回刘恺封国，章帝嘉其义，特许等待他。而刘恺始终没有回来，十多年后，执政官又提起此事。对此，侍中贾逵上书说：“孔子曾说‘能以礼让，治理国家有什么难的呢？’有司没有推究刘恺此举的乐善之心，而是以平常之法加以处理，这样做恐怕不能助长礼让的风气，成就宽弘的教化啊！”和帝深以为然，下诏说：“王法崇善，成人之美。”于是不仅同意刘宪袭爵，而且征刘恺为郎。