百般回护宦官们被封赏后，更加“负势贪放”。延熹二年（159）九月，借着“灾异数见”的机会，白马令李云公开上书，认为“今官位错乱，小人谄害，财货公行，政化日损”，矛头指向宦官政治。桓帝览奏后非常震怒，让有司逮捕李云，并诏使黄门北寺狱办理此案，使中常侍管霸与御史、廷尉调查处理，当时弘农府属官杜众感于李云以忠获罪，上书“愿与云同日死”，桓帝更加气愤，把他们一同下狱。大鸿胪陈蕃、太常杨秉等均上疏言“其意归于忠国而已”，也被桓帝下诏“切责”，并免官遣归乡里，甚至连宦官管霸都说：“李云野泽愚儒，杜众郡中小吏，出于狂戆，愚而刚直，不足加罪。”但桓帝却不依不饶，最终将二人处死。此后，“嬖宠益横”。
桓帝如此回护这些宦官，是有其原因的。
一是这些宦官在消除梁冀势力、夺回领导权的过程中，为自己立了大功，不能亏待了他们。
二是近臣除了外戚就是宦官，外戚既已清除，便只有宦官，依赖的思维定势和平庸的政治素质，使他只能倚重宦官。
三是宦官给他带来了更多的享受。梁皇后在世时非常专横，再加上有梁太后和梁将军的势力，刘志不敢轻举妄动，甚至连宫中嫔妃都很难接触。梁皇后死后，他又先后立邓猛、窦妙为皇后。这两个人虽然也嫉妒成性，但无奈没有了梁皇后那样的后台，桓帝也就不再以为意。所以邓皇后与郭贵人争风吃醋，桓帝干脆废掉了邓皇后，让她在暴室中忧愤而死；继立的窦皇后不满于他总是临幸其他嫔妃，桓帝干脆再也不到她那里去了。桓帝把更多的时间和精力花费在那些贵人、嫔妃以及新选的采女身上，而宦官们投其所好，便从全国各地挑选来大量的采女供他享乐，历史记载，他的宫女竟至五六千人！
对党人：百种非难
自从东汉发生“党锢之祸”后，“党人”一词才广泛地流传开了。其实，这一词的最早使用是屈原的《离骚》，诗曰：
惟夫党人之乐兮，路幽昧以险隘。
意思是说就是因为那些朋比为奸的小人们苟且偷安，所以楚国政治的道路才越来越黑暗危险。“党”是结党营私的意思，因而孔子说：“君子群而不党。”
汉桓帝时期，由于外戚宦官轮流执政，特别是后期宦官专权，社会动乱，政治黑暗，一些正直官僚和太学生密切配合，遥相呼应，他们臧否（zàng pǐ）人物，抨击时政，成为一个与宦官相对立的群体。这些人被以宦官为代表的人们诬称为“党人”。
政治的黑暗，官场的腐败，既阻碍了士人的仕进之路，隐逸避世这是逃避现实，明哲保身，也是不苟同，不愿合作。李固、杜乔被害后，其弟子郭亮、董班、杨匡一同归隐，“终身不仕”。延熹二年（159），桓帝征召安阳人魏桓，乡人劝他应召，他说：“干禄求进，是为了实现自己的意志。现在后宫数千人，能减少一人吗？马棚中有万匹马，能牵走一匹吗？皇帝身边近臣权豪众多，能去掉一个吗？”都答：“不能。”魏桓于是慨叹道：“既然如此，让我活着去，死了回来，有什么用呢！”于是隐逸不出。这反映了一部分士人的共同心理。
与世抗争官吏如李固、杜乔，学者如郭泰、贾彪，他们迎面直上，拯世救民，宁为玉碎，不为瓦全。这些人在桓帝时期，虽然没有建立统一的组织，也没有明确的行动纲领，但他们有着共同的目的，这就是要革除弊政；他们有着共同的追求，这就是要挽救王朝的命运。
对于前一种人，朝廷觉得很放心，有时资助他们一下，有时也拿来表彰表彰。
对于后一种人，汉桓帝采取了两种对待方式：
不理不睬。如永寿元年（155），司隶、冀州等地发生饥荒，甚至出现了人吃人的现象。太学生刘陶上疏痛斥桓帝“妄假利器，委授国柄”，朱穆、李膺等人“履正清平，贞高绝俗”，“宜还本朝，挟辅王室”。但奏书上达后，并没有引起注意。延熹九年（166）太尉陈蕃上疏抨击宦官“肆行贪虐，奸媚左右”，为蒙冤的官员鸣不平，劝谏桓帝“割塞近习与政之源，引纳尚书朝省之士，简练清高，斥黜佞邪”，也没有被采纳。
不依不饶。延熹八年（165），陈蕃任太尉，李膺复职，二人均不满宦官执政。有人告发宦官张让的弟弟张朔贪残无道，张朔惧怕李膺威严，逃往洛阳，藏到哥哥家。李膺亲自带领吏卒到张让家搜查，在夹墙中搜出了张朔，投入狱中，把案子审理清楚，就把张朔杀了。张让向桓帝哭诉，桓帝立即召来李膺，责以“不先请便加诛”。李膺力争，桓帝知道张朔确实有罪，也就不便再追问了。但张让心中却增加了一分仇恨。由于李膺、陈蕃、王畅执政清廉，打击宦官的力度大，所以太学生都把他们当作榜样。当时太学之中传诵着这样的歌谣东汉朱雀羽人飞龙彩绘陶灯：“天下模楷，李元礼；不畏强御，陈仲举；天下俊秀，王叔茂。”
延熹九年（166），河内方士张成，得知朝廷要公布大赦令，便纵容儿子去杀掉仇人。李膺接到报案，立即派人将凶手捉拿归案，这时朝廷赦免令也下来了。经审理，李膺了解事情真相后非常愤怒，一切查实后，立即处理了张成。张成平素与宦官交往密切，桓帝也让他算过卦。于是宦官让张成弟子牢修向桓帝上书，诬告李膺和太学生、名士往来频繁，结成朋党，诽谤朝廷，败坏风俗。桓帝接到牢修的上书，非常生气，立即下令在全国范围内，逮捕党人。
太尉陈蕃拒绝执行诏令，桓帝更加愤怒，便把李膺等人关进黄门北寺狱。这件案子所涉及的有太仆杜密、御史中丞陈翔和陈寔（shì）、范滂等200多人。陈蕃因上书极谏，以“辟召非其人”之罪，被免官。
这就是历史上有名的“党锢之祸”。党锢之祸共发生了两次，这是第一次，第二次发生在汉灵帝时期。
当时因党人案件牵连被捕的，都是天下有名望的贤士。被捕的党人在狱中受尽折磨，他们的头颈、手、脚都被上了刑具，叫做“三木”，然后被蒙住头一个个拷打，在狱中关押了一年多。