皖西寇犯休宁，分掠建德，西侵江西鄱阳、彭泽，东扰池州，围青阳，续由江浦县新河口迤逦西窜巢、含、全椒之间。南岸则金柱关，时踞皖南寇约有三起：一为胡、黄、古、赖诸寇，即踞宁国、太平、石埭、旌德者也；一为花旗，此广东匪，前由广东、湖南、江西入浙、皖者也；一为谭星，即兰谿抗官军者也。徽防诸军纷纷告警。当曾国藩之视师东下也，寇攻常熟益急，谭绍光又益以炮船二百艘，突地攻城，降将骆国忠悉力扼守。鸿章遣军攻太仓、昆山分寇势，别遣英将戈登助剿福山，会潘鼎新等水陆军夺石城，夜毁城垒，翌日寇入西山，而福山火起，乃开门悉锐出击，寇尽溃，擒斩悍酋孝天义朱衣点。常熟、昭文城围立解。太平踞寇图祁门。江西军王沐败寇於徽州屯谿。草市寇再败於严寺街、长林、潜口等处，死近万人，退奔休宁、蓝田一带，西通渔亭。未几，寇复进踞潜口，祁门防军御之黟县渔亭，大破之，阵斩伪天将刘官福。
寇之初起也，禁令严明，听民耕种，故取江南数郡之粮出金柱关，江北数郡之粮出裕谿口，并输江宁。今耕者废业，烟火断绝，寇行无人之境，而安庆、芜湖、庐州、宁国、东西梁山、金柱关、裕谿口，暨浙之金华、绍兴，山川筋络必争之地，寇悉丧失，我军足制其死命。昔年寇之所至，筑垒如城，掘濠如川，近乃日近草率，群酋受封至九十馀王之多，各争雄长，败不相救，识者知其亡无日矣。
寇复由宁国绕出青阳，分扰建德、东流。三月，由东流犯江西彭泽，进逼祁门；由建德窥饶州，犯梅林营垒。刘典督军败之，遂大破潜口寇屯。徽州、休宁解严。乃赴渔亭，会克黟县，斩伪絇天义古文佑。追寇出岭外，平寇垒二十馀，岭内一律肃清。太仓踞寇伪会王蔡元隆诈降郊迎，我军至城下，伏起，枪伤李鹤章，程学启殿军而退。鸿章檄戈登会攻太仓，克之。黄文金合许家山各处寇十馀万，由祁门进逼，与参将韩进春血战四时，阵斩伪孝王胡鼎文，群寇夺气。
寇攻庐州，犯舒城。李秀成将由舒城、六安上窜，一出黄州，一出汉口，扰犯湖北，掣我南岸之师以援北岸，掣我下游之师以援上游，皆为解金陵围计也。湖北为数省枢纽，曾国藩调成大吉回屯滠口，檄水师赴武汉严防。秀成来犯石涧埠，进逼我军，昼夜猛攻，相持不下。寇复於前营增百垒，层层合围。彭玉麟派队来援，会军夹击，尽平群垒，秀成遁走。其犯庐江、舒城者悉败走。悍寇马融和自豫间道犯桐城，我军败之三里街，遁往孔城，与秀成合而为一。秀成遣伪富天豫张承得等围六安，败死，六安者淮南要冲也。馀寇走庐州，鲍超追击，会攻巢县，先破东关、铜城徬二隘，遂克其城。金山、和州相继皆下。
李侍贤自金陵败遁，纠悍党数万屡犯金柱关。花津、上驷渡、万顷湖、涂家渡及燕子矶、伏龙桥、护驾墩、湾沚、黄池诸处寇垒，皆为我军所覆。自是寇不敢轻渡西岸，遁溧水、丹阳一带。四月，水师杨政谟袭破杭州闸口寇船，登岸进毁望江门寇垒，寇大震，急招新城寇还救。蒋益澧进攻富阳，富阳一城为杭州上游关键，贼严防御，船垒相辅。杭州援寇屯新桥，与城寇相为犄角。秀成令陈炳文等舍苏州、常、昭，急援富阳，并纠苏、常、嘉兴悍党由馀杭趋临安，窜新城，扰富阳军后路。魏喻义等督兵进击，寇复乘雾分道攻扑新城，大败，向临安遁走。伪慕王谭绍光、伪来王陆顺德等率大股犯太仓双凤镇，攻昆山后路，图解城围。我军鏖战三昼夜，破之。伪天将夏天义率悍党数万久踞昆山、新阳县城，鸿章督率程学启、戈登会水师大破昆山寇垒二十四，毙万馀。有正义镇者，为苏城援昆山必由之路，学启攻之，破石垒二。寇见归路已断，夺路狂奔，遂进克同城昆山新阳。王沐自黟县回援景德，寇败於陈家畈、包家踠，窜安宁岭外。
时江宁攻围久，百计欲解城围，既分股由徽、宁窥伺江西，由含、和一带图犯湖北，而由湖北下窜之捻，自蕲水分为四枝，一回窜黄州，一扑宿松，越潜、太，以扑庐、桐。寇、捻句合，凶焰甚张。此皆李秀成所规画也。我军克复福山后，江阴县属扬厙汛为江边险要，寇纠众死守，以蔽江阴。我军水陆会攻，斩赵尚林等，立复汛城，而漍北、漍西、塘市屯寇均弃垒遁还无锡、常州。我军克复建德，连复巢、含、和三城。於是皖北寇全遁，皖南寇势亦衰。
初，秀成自六安败后，率众东窜，声言回救苏州。国荃急争江宁老巢，攻其必救，使城下之寇不暇远趋苏郡，而北岸之寇亦不敢专注扬州；乃率军分六路并进，潜袭雨花台及聚宝南门石垒，肉薄登城，遂夺雨花台，乘胜猛攻东、西、南各卡九垒，皆克之。群寇溃奔，我军追击於长干桥，蹙入水者无数。未几，城寇出，又败退，毙六千馀，寇势从此衰减。秀成在江北，闻雨花台失，益惶惧，又以昆山新克，苏州亦受逼，乃与诸伪王改图南渡。於是天长、六合、来安次第解围。而寇之分踞乔林小店者，冒雨掠舟，喧阗不绝。五月，浦口寇弃城遁走，而江浦寇忽献书乞降，鲍超等察其诈，引军急进，水师次江浦。寇闻风亦宵遁，九洑洲伪城踞寇闭门不纳，寇骇窜芦苇中，溺死者无算。江浦、浦口两城寇，尽蹙之入江，江北肃清。