初，秀成入江宁说秀全出走，不听，秀成忧粮食不继，遣党百计偷运。国荃约杨岳斌水陆巡逻，遇奸民运米入城，辄夺之。秀成遣养子李士贵率党数千出太平门赴句容接粮入城，伏兵要之，寇弃粮走。国荃锐意合围，江宁城延亘百馀里，自我军驻师雨花台，夺取附近诸隘，东、西、南三面为官军所据，惟锺山石垒未克，城北两门尚未合围。秀成自将出锺山南，攻朱洪章营，败退登山。沈鸿宾等挟火球箭掷垒中，寇突火跳，遂克锺山石垒，寇所署伪天保城者也。国荃分檄诸将屯太平门、洪山、北固山，塞神策门，馀玄武湖阻水为围。於是江宁四面成包举之势，寇援及粮路皆绝。
二月，寇以运粮路绝，日驱妇孺出城以谋节食。城西北多园圃，豫种麦济饥。初，程学启进攻嘉兴，破小西门、北门寇营，歼除净尽，擒伪天将刘得福、慕天义贾慕仁。而湖州寇屡窜南木、坛丘、四亭子、新塍，思犯盛泽、平望，以图嘉兴，不得逞；又犯盛泽，围王江泾后路营，亦为我军所败，而城守甚固，我军多伤亡；又遇雨不能进攻，学启急思复嘉兴，分门攻击，增筑月墙，寇拚死抗拒；又以地雷巨炮轰蹋城垣百馀丈，击毁炮台，贼争负土填城缺。湖州贼又自新塍来援，学启会军猛攻，肉薄登城，丸创其首，部将大愤，纵横刺射，寇众溃，遂克嘉兴。伪荣王廖发受、伪挺王刘得功皆伏诛。援寇黄文金还湖州。
寇之分窜江西者，叠经我军截杀，阑入金溪。道员席宝田由安仁驰击，复其县城。寇由泸溪趋建昌，宝田会军败之，寇蔓延於新城、南丰。提督黄仁翼进攻新城，克之，馀窜入福建建宁县境。南丰之寇亦经宝田击败，斩伪天侯张在朋，寇弃垒狂奔，退至城下，合围攻之。
蒋益澧克杭州，康国器等同日收馀杭，寇分窜德清、武康等处。宗棠饬军分路进取。三月，罗大春等各率所部扑垒环攻，降人杨芸桂开门迎纳官军。援贼回斗，炮击之，败走。德清寇鏖战四时亦大败。武康、德清皆复。我军进逼石门，踞寇邓光明降。其图窜孝义之寇，亦截杀无算。鲍超等会克句容，伪汉王项大英、伪列王方成宗皆伏诛。伪守王方海宗遁金坛宝堰，宝堰南距金坛城四十五里，北达丹阳。方海宗与伪显王袁得厚合谋阻进兵之路，鲍超攻之，闭垒不出；乃负草填壕，一跃而入，寇向金坛、丹阳遁去。
鲍超进攻金坛，设伏茅山，大败追寇，城寇丧胆，启南门遁走，遂复其城。败寇二三千，屯踞南渡，伪植王林得英约会常州西路孟河、吕城诸寇，欲由金坛归并广德，同踞南渡。鸿章檄道员吴毓芬等会水陆军分三路夜袭其巢，阵斩林得英及秫天安黄有才等，殄寇殆尽。其攻丹阳者，为镇江、扬州防军，援寇一由常州运河，一由江阴孟河大至，詹启纶、张文德会击败之，援寇退屯丹阳东北一带。丹阳一城多聚巨酋，伪然王陈时永为陈玉成叔父，伪来王赖桂芳为洪秀全妻弟。因其内閧，我军乘之，陈时永创仆，斩之。其党自缚赖桂芳及伪广王李恺瞬、伪列王金友顺、伪梁王凌郭钧、伪邹王周林保，并伪义安福、燕、豫诸目，献军前乞降，皆骈诛，遂克其城。至是常州、镇江各属俱告肃清。
寇自德清、武康、石门克后，李侍贤及伪听王陈炳文、伪康王汪海洋等仍坚踞湖州。是时浙江惟湖州、长兴、安吉三城未下，湖州寇於附城二三十里修筑坚垒，复於长兴、安吉各隘连营数十里，相为犄角。高连升击之於湖州境，寇分窜昌化、分水，防军刘明珍截斩数百。李侍贤绕越老竺岭，窜皖南绩溪，复间道走歙西，窜屯溪；陈炳文、汪海洋由歙北窜浙境，分犯淳化、遂安。遂安防军截击歙南小川，窜寇败还杨村。唐义训等进剿失利，於是岭内遍地皆寇，徽、休、祁、黟岌岌难保。寇前队由龙湾、婺源窜江西，后之续至者络绎不绝。国藩调石埭、青阳防军入岭援徽，檄鲍超率全军援江西。
陈坤书之踞常州四年矣，自苏军力攻，以炸炮毁城，寇死守，取旧棺败船堵城缺，以枪炮拒我军。时城西寇垒二十里夹河环列，刘铭传等攻破十四垒，馀垒皆不战而溃，而河干寇垒二十馀又为张树声等所破，於是寇西道皆绝，惟小南门、西门附城十馀垒，我军复击平之。陈坤书塞门不纳败党，恐官军夺入，悍贼皆死城下。城围既合，筑长墙，伏奇兵，备大举，水陆军发炮轰城，风烟迷漫，寇如坠雾中。俄，城坏数十丈，寇以人塞缺口，炸丸迸裂，人与砖石齐起天际，然旋散旋集，盖苏省各路败寇，积年麕聚於此，犹图万死一生计也。鸿章益挥军迫登，我军偕藤牌喷筒直前，寇倾火药，以长矛格刺，军士十坠六七。龚生阳突入，擒陈坤书，周盛波擒伪列王费天将，战城上良久，寇大溃，縋城出者复为我军所歼，我军亦死亡千数百人。常州之失以咸丰十年四月初六日，越四年而复，日月皆不爽，亦一奇也。陈坤书凌迟处死，枭示东门。