曾国荃连日破平下关、草鞋峡、燕子矶，收宝金圩，距芜湖、金柱关百里内已无寇踪。进攻克九洑洲，寇之在中关者，附城为垒，卒不稍动。其坚踞九洑洲者，下有列船，上有伪城，群炮轰发不息；复於东、西、南三面分伏洋枪队，伺间出击，我军多损伤。彭楚汉等负创角战，乘风纵火，夜二鼓，扑墙而入，聚歼无一脱者。九洑洲既克，谋者谓浙军攻富阳，沪军攻苏州，江宁亦宜速合围，使备多力分。国藩亦主合围制敌为上策。秀成南渡后，连营於江阴、无锡数十里，声言援江阴攻常熟。鸿章督诸军攻破七十五垒，顾山以西寇皆尽。
寇自失九洑洲，下关江上接济已断，粮食渐乏，谍赴苏州、嘉兴，力图接济。秀全以城围日逼，留秀成共守老巢，缓援苏州。六月，秀全遣党出仪凤门犯鲍超营，出太平门犯刘连捷营，不克而退。七月，犯下关，亦为我军击卻。八月，国荃攻印子山，破其石垒，阵斩伪佩王冯真林。明日，破七桥瓮石垒一、土垒三，伪梯王练茶发伏诛。国荃调江浦、浦口防军，别募万人，为火举围城之计。是日程学启会水师逼娄、葑，规取苏州。
初，建德南窜寇败於汪村，伪匡王赖文鸿创而堕马，群寇卫之遁。越二日，复败於分流木塔曹家渡，自是浮梁北路稍靖。先是黄文金纠合诸酋由皖入江，分扰鄱阳、浮梁、祁门、都昌境内，每为我军所扼，不得深入；乃折而西趋湖口，分三路：上路由文桥，中路由梧桐岭，下路由太平关，而文桥寇势最盛，文金亲踞其中。寻自文桥扑犯坚山大营，江忠义会诸军直前迎击，破其七垒，文金窜皖南，江西肃清。
文金绕越池州围青阳。八月，富阳寇与新桥寇互相犄角，抗我围师。蒋益澧督诸军日夜轰击，先破寇援，毁倚城大垒及大小诸卡，城寇不支，逃入新桥，城立复。我军复由鸡笼山绕出新桥，并力追杀，寇垒悉数芟夷。江阴踞寇日久负嵎，我军攻之，势渐蹙。是月陈坤书及潮武齐区五大股众十馀万分道来援，亘数十里，西自江边，东至山口，沿途紥木城十馀，其中营垒大小百馀，守御坚固。我军水陆分攻，郭松林潜自山后噪而入，纵横冲突。铭传直捣中坚，寇大溃。有内应者，夜三鼓，梯城而入。伪广王李恺顺坠水死，遂克其城。
秀成自江宁返苏，谋解城围，与程学启、戈登战苏州宝带桥，败北，奔至盘门。我军毁沿途诸卡，秀成率大股来争，我军力击败之。初，寇於娄门外附城筑十九垒，学启屯外跨塘，效力不能及寇垒，乃移壁永安桥，城中出夷人百馀，发炸炮助之。未几，寇分门大出，水陆军力御，寇败退。学启以寇垒既多且固，不得前；而城东南宝带桥为太湖锁钥，寇立石营一、土营三，悉力拒守，遂谋先破之以挫其势。乃分水陆军为三路，先破土营，寇弃垒走，石营亦旋溃。秀成亲率援师抵御，学启督军卻之。我军攻无锡贼，败之芙蓉山。伪潮王黄子隆出拒，再败走，刃及其肩，几成擒；郭松林追及城下，破平西北两城垒，烧寇船百馀艘。
蒋益澧既克富阳，移师杭州，康国器趋馀杭。伪归王邓光明、伪听王陈炳文、伪享王刘酋及伪朝将汪海洋，於附城要隘筑垒树棚，自前仓桥、女儿桥、老人畈、东塘、西谿埠、观音桥、三墩，直至武林门、北新关，横至古荡，连营四十馀里，以拒我军。海洋自杭州上援馀杭，为我军击败。寇旋由前仓渡河，结垒西葛村，我军再击走之。我军攻杭州江干十里街，破街口寇垒。我水陆军大举攻青阳。初，黄文金在都昌、湖口等处战败而东，遂略地池州，直薄青阳城外，近城半里，环筑六十六垒；又数里，筑七十馀垒。曾国藩调水陆军进攻，江忠义督所部渡河，从山后缘岩而上，骤攻寇垒。寇纠众抄我军后路，忠义挥众荡决，寇败若潮涌，平一百三十馀垒，殄万馀，寇遁归石埭一带，城围立解。
李侍贤、林绍璋等合股内犯，由无锡南门至坊前梅村三十里；高桥大股亦分众七八千人扰至西高山，出芙蓉山后；城寇出北门犯塘头东亭。官军分路迎剿，设伏诱击，寇大乱，败走，陆寇歼诛殆尽，夺寇船六十馀、民船五百馀。秀成自苏州率伪纳王郜云官、伪来王陆顺德、伪趋王黄章桂、伪祥王黄隆芸、伪纪王黄金爱来援，进逼大桥角营。夷酋白齐文以轮船大炮为寇前驱，李鹤章以连珠喷筒破之。寇水陆皆败，毙万馀。别股犯缑山，亦败走。秀成子及宿祥玉、黄隆芸皆溺死，秀成顿足大哭。程学启再败寇於齐、娄、葑三门，追至护城河边始敛军。