九月，杭州城寇大出，由蛮头山、凤凰山、九耀山、雷峰塔犯我军新垒，蒋益澧督诸军迎击，大破之。我军进壁天马山、南屏山、翁家山。时杭寇凶狡者，以邓光明、汪海洋为最，陈炳文次之。其计以杭州为老巢，以馀杭为犄角，均赖嘉兴、湖州之援，便资其接济。嘉兴入杭之路，则在馀杭，故我军议先克馀杭，扼截嘉、湖之路，以并合围。蒋益澧一军逼紥凤山、清波各门，扼其西面；馀杭一城已围其东南，而北路无重兵，两城之寇往来如故。
寇自大桥角战败，势渐蹙。秀成纠无锡、溧阳、宜兴贼八九万、船千馀艘，泊运河口；而自率悍党踞金匮县后宅，连营互进。李鹤章谓寇以河为固，不宜浪战，宜结营制之。我军叠败坊前、梅村、安镇、鸿山之寇，而寇之大股全集西路，志在保无锡以援苏州。郎中潘增玮进攻蠡口、黄埭之策，程学启乃与戈登攻破蠡口，进击黄埭，毁其四垒，擒斩伪天将万国镇。五龙桥者在宝带桥西五里，由澹台湖鲇鱼口达太湖以通浙之要隘也。学启率戈登会水师先后破寇六营。於是我军紥永安桥而娄门路断，紥宝带桥而葑门路断，克五龙桥而盘门、太湖之路又断。寇乃句结浙党，图扑吴江，以扰我后。学启率水陆军击破嘉、湖援寇，擒斩伪贵王陈得胜及悍党四十馀，追至平望，断其桥。从此攻苏之军无牵掣之患。
伪平东王何明亮等以刘典屯绩溪，不克上犯徽、歙，遂由宁国千秋关窜浙江，陷昌化，扰於潜。其前窜广德者，复折踞孝丰。刘典遣军出绩溪昱岭关援剿。江宁军自攻克江东桥、上方桥，而城东数隘未下。近城者曰中和桥，曰双桥，曰七桥瓮，稍远者曰方山、土山，曰上方门、高桥门，迤南则为秣陵，以至博望镇，皆金陵外辅也。国荃以东路未平，不能制寇死命，令诸军东渡。提督萧衍庆过河破五垒，城寇出争，击退之，遂克上方门、高桥门、双桥门。右路方山、土山之寇亦弃垒而奔。七桥瓮踞寇仓皇欲遁，而城中忽出大股来援，两军相搏，总兵萧孚泗乘夜纵火，寇冒火突出，遂克七桥瓮。其博望镇，总兵朱南桂已先五日袭取之。博望镇既失，则秣陵关之势孤；七桥瓮既失，则中和桥之势孤。总兵伍维寿等南略秣陵关，寇弃垒奔溃。自是锺山西南无一寇巢。
伪奉王古隆贤诣朱品隆降，收复石埭、太平、景德三城，徽州肃清。馀寇窜踞宁国、广德、孝丰之间，势甚涣散。宗棠饬刘典由昌化、於潜趋临安，进剿孝丰，为规取湖州之地。十月，易开俊克宁国县城。自是东坝黎立新上书请为内应，建平张胜禄上书请献城池。鲍超等遂合趋东坝，绕垒环攻。杨辅清从乱军中逸出，寇立献伪城。东坝既克，建平张胜禄等即於是日斩伪跟王蓝仁得，举城降，而溧水寇杨英清亦缴械降，遂收二城。国荃克淳化镇、解谿、龙都、湖墅、三岔镇等隘，毁寇垒二十馀。江宁城东南百里内寇巢略尽。
苏州军自黄埭攻浒墅关，破王瓜泾、观音庙寇垒，直抵浒墅，击走伪来王陆顺德，进毁十里亭。虎丘、枫桥寇皆遁。蹑至阊门，寇大恐。李鹤章败寇无锡鸭城桥，破西仓寇垒，直抵茅塘桥。李侍贤调常州陈坤书来援，城寇黄子澄出迎，我军纵击败之。秀成闻浒关已失，退屯北望亭，谋返苏州老巢。坤书还走常州，侍贤遁宜兴、溧阳，我军乘之，下寇垒百馀。鸿章督军攻娄门寇。苏州四年自我军连克要隘，乃於胥、葑、娄等门凭河筑垒数十，娄门外石垒尤坚。至是我军由南北岸而进，秀成等突出娄门拒战，程学启与常胜军分队以应，援寇遁入城。水师会攻娄葑门外寇垒二十馀皆下。我军连克齐盘门各垒，三面薄城，寇众恟惧，而秀成及谭绍光犹图固守，他酋郜云官等皆有贰心，密请於鸿章乞反正，许之。学启、戈登单舸见云官等，命斩秀成、绍光以献；而云官不忍杀秀成，许图绍光。秀成觉之，涕泗握绍光手为别，乘夜率万人自胥门出走嘉善。郜云官杀谭绍光，率伪比王伍贵文，伪康王汪安均，伪宁王周文佳，伪天将范起发、张大洲、汪朅武、汪有为，开齐化门迎降，鸿章受之。云官等未薙发，要总兵、副将等官，并请自领其众屯守盘、齐、胥、阊四门。程学启虑其不可制，密请於鸿章诛之，立复苏省。
秀成以轮船炸炮越无锡水师北窜。十一月，李鹤章克同城无锡、金匮，追擒黄子隆与子德懋并诛之。刘秉璋等攻浙西，平湖寇陈殿选献城乞降。连日乍浦贼熊建勋、海盐浦贼皆反正。十二月，秀成留苏州败党分布丹阳、句容间，自率数百骑潜入江宁太平门，苦劝秀全弃城同走。秀全侈然高座曰：“我奉天父、天兄命，令为天下万国独立真主，天兵众多，何惧之有？”秀成又曰：“粮道已绝，饥死可立待也！”秀全曰：“食天生甜露，自能救饥。”甜露，杂草也。秀成以秀全恋老巢不肯去，非口舌所能争，乃贻书溧阳约李侍贤，锐意走江西。