初，寇自咸丰十年破江宁长围，迭陷苏、常、嘉、湖，上窜江西、湖北，扌虏胁溃兵、游匪以百万计，尽得东南财赋之区，日以强大。自去岁屡战屡败，各城精锐散亡不下十万。今年春夏间窜皖北，我军截杀解散又十数万。其自九洑洲过江，仅存四五万人。秀全惊惶失措，赖秀成回江宁主持守局；而秀成以苏州为分地，事急回援。今巢穴已失，党羽又孤，踉跄而走，随行仅两万馀人，欲赴金陵，解围无术。力劝秀全突围上窜回粤，以图再举。常州陈坤书、溧阳李侍贤皆听秀成为进止，而杭州陈炳文系安徽人，邓光明湖南人，闻秀成有回粤之谋，皆不原从，秀全亦屡劝不听。
国荃自四月间掘地道，至是始成，而寇附城筑墙号“月围”，下穿横洞以防隧道。故城崩，而犹阻月围横洞不能克。刘铭传进攻常州西路，奔牛踞寇邵志伦，罗墅湾踞寇夏登山、万锡阶，石桥湾踞寇张邦振皆诣我军乞降，收众万六千人。惟孟河贼尚踞汛城，辄出犯降人垒，铭传一鼓下之。潘鼎新克屿城，李鸿章等破常州东门、南门石垒。明日，张树声傍城东北筑垒，破小门、土门。连日嘉兴、桐乡、石门寇犯屿城，海宁寇犯澉浦、海盐，伪章王林绍璋自句容援常州，均为我军击走。
程学启克平望镇。平望东连嘉兴，西接湖州，南通杭郡，为苏、浙枢纽，浙寇精锐多聚守此，今被我军攻克，嘉兴藩篱已失，踞寇夺气。寇犯镇江甘棠桥张文德垒，冯子材等助击破之，斩李秀成养子伪冈天义黄酋。十二月，伪会王蔡元隆献城降，左宗棠受之，改名元吉。海宁濒海，为杭州东北屏蔽。元吉拥众，致攻杭之师未能合围；今幡然附款，杭州之势益孤，东北两面围渐合。嘉兴贼伪荣王廖发受呈降书，程学启虑有狡谋，诫军严备。杭州踞寇伪听王陈炳文遣人诣降，而无降书，宗棠趣蒋益澧攻城益急。
秀成会李侍贤犯江西，既以溧阳至饶州浮梁数百里处处乏食，虑裹粮疾趋为难；因趣侍贤持二十日粮，道长兴、广德、宁国入江西，先踞腴区待己。於是侍贤遣党西窜，行甚疾。曾国藩遣军屯休宁，沈宝桢遣军屯婺源、玉山拒之。四月，川督骆秉璋破贼天全，生擒伪翼王石达开，磔於市。自洪秀全倡乱，封五伪王：冯云山、萧朝贵皆败死，杨秀清、韦昌辉自相贼杀，石达开避祸出奔，自树一帜，历犯浙江、福建、两湖、两广诸省，并扰及滇、黔，蓄意入川，以图窃据，至是为川军擒戮。凡伪五王前后皆诛灭矣。
三年正月，蒋益澧饬降人蔡元吉袭桐乡不下。桐乡为杭、嘉要道，益澧遣将分屯东北门，伪朝将何培章来降，遂收桐乡，令培章率降众屯乌镇、双桥，阻杭、嘉道，绝寇粮。湖、杭寇皆来争，击走之。我军进屯嘉兴，联络苏师，规复郡城。广德、宁国寇窜犯浙江昌化，副将刘明珍不知寇众寡，进击，创矛，退扼河桥。寇寻分党：一窜徽州绩溪，一窜淳安，谋渡威坪河进窥遂安。时侍贤上犯，冀冲过徽州，就食江西。其大势趋重遂安，扰及开化马金街，其地与休宁、婺源、常山、玉山接壤。王开琳自徽州进遂安，连破寇於中州昏口。黄少春驰入县城，败寇遂安城北，蹙入郭村，歼之。寇后队仍由章村窜昏口，少春击破之新桥，开琳复绕出昏口败之。其窜往开化华埠仅千馀。
侍贤句合黄文金及广德馀党由宁国上窜，陷绩溪，退踞雄路、孔灵等处，图扑徽州。唐义训自徽州出紥吴山铺，败之，毁雄路寇馆。援寇至，我军奋击，再破之，县城立复。鸿章派郭松林、戈登等攻宜兴、荆溪，寇开城出拒，枪子伤松林右肘。我军屯三里桥，与常胜军会击，伪代王黄精忠由溧阳来援，拚死相扑，我军屹立不动，以洋枪排击之，寇死伤相继，无退志。我军三路包抄，寇始夺路狂奔，城寇势益不支，开西门而逸，遂复两县城。是城濒太湖西岸，当江、浙冲道，为常郡后路。自是常郡寇益蹙，苏州、无锡之防益固。
戈登进围溧阳。溧阳为李侍贤老巢，又江宁后路要隘。常州、金坛在其北，句容、丹阳值其西，长兴、广德当其南，面面寇巢，前与鲍超东坝、溧水之师相隔绝，后距李鸿章常州军亦稍远。孤军深入，李鸿章戒戈登慎进止。寻溧阳酋吴人杰降，戈登复其城。郭松林等进攻金坛，败伪列王古宗成、伪襄王刘官方於杨巷。是时常州陈坤书合丹阳、句容之寇十馀万，由西路绕出常州之北，日犯我军，李鹤章督军击败之。寇以我军城围日紧，分犯江阴、常熟、无锡，以图分我兵势。李鹤章撤围师，坚守勿战，别调军援三县。李鹤章等寻解无锡城围。江阴守将骆秉忠与杨鼎勋等内外夹攻，寇亦败走；乃并趋常熟，北自杨舍、福山，南自颜山、王庄，数十里皆寇。黄翼升会同城军夹击，克王庄、颜山、陈市寇垒，追杀二十馀里。寇由大河回扑常熟，水师截之，首尾不能相顾，掩杀无算。常熟之围立解。